Quinoa all test code coverage report
Current view: top level - PDE/Integrate - Initialize.cpp (source / functions) Hit Total Coverage
Commit: Quinoa_v0.3-957-gb4f0efae0 Lines: 61 61 100.0 %
Date: 2021-11-09 15:14:18 Functions: 3 3 100.0 %
Legend: Lines: hit not hit | Branches: + taken - not taken # not executed Branches: 38 52 73.1 %

           Branch data     Line data    Source code
       1                 :            : // *****************************************************************************
       2                 :            : /*!
       3                 :            :   \file      src/PDE/Integrate/Initialize.cpp
       4                 :            :   \copyright 2012-2015 J. Bakosi,
       5                 :            :              2016-2018 Los Alamos National Security, LLC.,
       6                 :            :              2019-2021 Triad National Security, LLC.
       7                 :            :              All rights reserved. See the LICENSE file for details.
       8                 :            :   \brief     Functions for initialization of system of PDEs in DG methods
       9                 :            :   \details   This file contains functionality for setting initial conditions
      10                 :            :      and evaluating known solutions used in discontinuous Galerkin methods for
      11                 :            :      various orders of numerical representation.
      12                 :            : */
      13                 :            : // *****************************************************************************
      14                 :            : 
      15                 :            : #include <array>
      16                 :            : #include <vector>
      17                 :            : #include <iostream>
      18                 :            : #include "Data.hpp"
      19                 :            : #include "Initialize.hpp"
      20                 :            : #include "Quadrature.hpp"
      21                 :            : #include "Inciter/InputDeck/InputDeck.hpp"
      22                 :            : 
      23                 :            : namespace inciter {
      24                 :            : 
      25                 :            : extern ctr::InputDeck g_inputdeck;
      26                 :            : 
      27                 :            : } // inciter::
      28                 :            : 
      29                 :            : void
      30                 :       1050 : tk::initialize( ncomp_t system,
      31                 :            :                 ncomp_t ncomp,
      32                 :            :                 ncomp_t offset,
      33                 :            :                 const Fields& L,
      34                 :            :                 const std::vector< std::size_t >& inpoel,
      35                 :            :                 const UnsMesh::Coords& coord,
      36                 :            :                 const InitializeFn& solution,
      37                 :            :                 Fields& unk,
      38                 :            :                 real t,
      39                 :            :                 const std::size_t nielem )
      40                 :            : // *****************************************************************************
      41                 :            : //! Initalize a system of DGPDEs by projecting the exact solution in the DG
      42                 :            : //! solution space
      43                 :            : //! \details This is the public interface exposed to client code.
      44                 :            : //! \param[in] system Equation system index
      45                 :            : //! \param[in] ncomp Number of scalar components in this PDE system
      46                 :            : //! \param[in] offset Offset this PDE system operates from
      47                 :            : //! \param[in] L Block diagonal mass matrix
      48                 :            : //! \param[in] inpoel Element-node connectivity
      49                 :            : //! \param[in] coord Array of node coordinates
      50                 :            : //! \param[in] solution Function to call to evaluate known solution or initial
      51                 :            : //!   conditions at x,y,z,t
      52                 :            : //! \param[in,out] unk Array of unknowns
      53                 :            : //! \param[in] t Physical time
      54                 :            : //! \param[in] nielem Number of internal elements
      55                 :            : // *****************************************************************************
      56                 :            : {
      57                 :       1050 :   const auto ndof = inciter::g_inputdeck.get< tag::discr, tag::ndof >();
      58                 :       1050 :   const auto rdof = inciter::g_inputdeck.get< tag::discr, tag::rdof >();
      59                 :            : 
      60                 :            :   // Number of quadrature points for volume integration
      61                 :       1050 :   auto ng = tk::NGinit(ndof);
      62                 :            : 
      63                 :            :   // arrays for quadrature points
      64                 :            :   std::array< std::vector< real >, 3 > coordgp;
      65                 :            :   std::vector< real > wgp;
      66                 :            : 
      67         [ +  - ]:       1050 :   coordgp[0].resize( ng );
      68         [ +  - ]:       1050 :   coordgp[1].resize( ng );
      69         [ +  - ]:       1050 :   coordgp[2].resize( ng );
      70         [ +  - ]:       1050 :   wgp.resize( ng );
      71                 :            : 
      72                 :            :   // get quadrature point weights and coordinates for triangle
      73         [ +  - ]:       1050 :   GaussQuadratureTet( ng, coordgp, wgp );
      74                 :            : 
      75                 :            :   const auto& cx = coord[0];
      76                 :            :   const auto& cy = coord[1];
      77                 :            :   const auto& cz = coord[2];
      78                 :            : 
      79         [ +  + ]:    1078019 :   for (std::size_t e=0; e<nielem; ++e) {    // for all tets
      80                 :            :     // The volume of tetrahedron
      81                 :    1076969 :     auto vole = L(e, 0, offset);
      82                 :            : 
      83                 :            :     // Extract the element coordinates
      84                 :            :     std::array< std::array< real, 3>, 4 > coordel {{
      85                 :    1076969 :       {{ cx[ inpoel[4*e  ] ], cy[ inpoel[4*e  ] ], cz[ inpoel[4*e  ] ] }},
      86                 :    1076969 :       {{ cx[ inpoel[4*e+1] ], cy[ inpoel[4*e+1] ], cz[ inpoel[4*e+1] ] }},
      87                 :    1076969 :       {{ cx[ inpoel[4*e+2] ], cy[ inpoel[4*e+2] ], cz[ inpoel[4*e+2] ] }},
      88                 :    1076969 :       {{ cx[ inpoel[4*e+3] ], cy[ inpoel[4*e+3] ], cz[ inpoel[4*e+3] ] }} }};
      89                 :            : 
      90                 :            :     // right hand side vector
      91 [ +  - ][ -  - ]:    1076969 :     std::vector< real > R( ncomp*ndof, 0.0 );
      92                 :            : 
      93                 :            :     // Gaussian quadrature
      94         [ +  + ]:    3315813 :     for (std::size_t igp=0; igp<ng; ++igp)
      95                 :            :     {
      96                 :            :       // Compute the coordinates of quadrature point at physical domain
      97         [ +  - ]:    2238844 :       auto gp = eval_gp( igp, coordel, coordgp );
      98                 :            : 
      99                 :            :       // Compute the basis function
     100                 :            :       auto B =
     101         [ +  - ]:    2238844 :         eval_basis( ndof, coordgp[0][igp], coordgp[1][igp], coordgp[2][igp] );
     102                 :            : 
     103         [ -  + ]:    2238844 :       const auto s = solution( system, ncomp, gp[0], gp[1], gp[2], t );
     104                 :            : 
     105         [ +  - ]:    2238844 :       auto wt = wgp[igp] * vole;
     106                 :            : 
     107         [ +  - ]:    2238844 :       update_rhs( ncomp, ndof, wt, B, s, R );
     108                 :            :     }
     109                 :            : 
     110                 :            :     // Compute the initial conditions
     111         [ +  - ]:    1076969 :     eval_init(ncomp, offset, ndof, rdof, e, R, L, unk);
     112                 :            :   }
     113                 :       1050 : }
     114                 :            : 
     115                 :            : void
     116                 :    2238844 : tk::update_rhs( ncomp_t ncomp,
     117                 :            :                 const std::size_t ndof,
     118                 :            :                 const tk::real wt,
     119                 :            :                 const std::vector< tk::real >& B,
     120                 :            :                 const std::vector< tk::real >& s,
     121                 :            :                 std::vector< tk::real >& R )
     122                 :            : // *****************************************************************************
     123                 :            : //  Update the rhs by adding the initial analytical solution term
     124                 :            : //! \param[in] ncomp Number of scalar components in this PDE system
     125                 :            : //! \param[in] ndof Number of degrees of freedom
     126                 :            : //! \param[in] wt Weight of gauss quadrature point
     127                 :            : //! \param[in] B Vector of basis functions
     128                 :            : //! \param[in] s Vector of analytical solution at quadrature point
     129                 :            : //! \param[in,out] R Right-hand side vector
     130                 :            : // *****************************************************************************
     131                 :            : {
     132                 :            :   Assert( B.size() == ndof, "Size mismatch for basis function" );
     133                 :            :   Assert( s.size() >= ncomp, "Size mismatch for source term" );
     134                 :            : 
     135         [ +  + ]:    8725922 :   for (ncomp_t c=0; c<ncomp; ++c)
     136                 :            :   {
     137                 :            :     // DG(P0)
     138                 :    6487078 :     auto mark = c*ndof;
     139         [ +  + ]:    6487078 :     R[mark] += wt * s[c];
     140                 :            : 
     141         [ +  + ]:    6487078 :     if(ndof > 1)         //DG(P1)
     142                 :            :     {
     143         [ +  + ]:    5167778 :       R[mark+1] += wt * s[c] * B[1];
     144                 :    5167778 :       R[mark+2] += wt * s[c] * B[2];
     145                 :    5167778 :       R[mark+3] += wt * s[c] * B[3];
     146                 :            : 
     147         [ +  + ]:    5167778 :       if(ndof > 4)      //DG(P2)
     148                 :            :       {
     149                 :    3383184 :         R[mark+4] += wt * s[c] * B[4];
     150                 :    3383184 :         R[mark+5] += wt * s[c] * B[5];
     151                 :    3383184 :         R[mark+6] += wt * s[c] * B[6];
     152                 :    3383184 :         R[mark+7] += wt * s[c] * B[7];
     153                 :    3383184 :         R[mark+8] += wt * s[c] * B[8];
     154                 :    3383184 :         R[mark+9] += wt * s[c] * B[9];
     155                 :            :       }
     156                 :            :     }
     157                 :            :   }
     158                 :    2238844 : }
     159                 :            : 
     160                 :            : void
     161                 :    1076969 : tk::eval_init( ncomp_t ncomp,
     162                 :            :                ncomp_t offset,
     163                 :            :                const std::size_t ndof,
     164                 :            :                const std::size_t rdof,
     165                 :            :                const std::size_t e,
     166                 :            :                const std::vector< tk::real >& R,
     167                 :            :                const Fields& L,
     168                 :            :                Fields& unk )
     169                 :            : // *****************************************************************************
     170                 :            : //  Compute the initial conditions
     171                 :            : //! \param[in] ncomp Number of scalar components in this PDE system
     172                 :            : //! \param[in] offset Offset this PDE system operates from
     173                 :            : //! \param[in] ndof Number of degrees of freedom
     174                 :            : //! \param[in] rdof Total number of reconstructed degrees of freedom
     175                 :            : //! \param[in] e Element index
     176                 :            : //! \param[in] R Right-hand side vector
     177                 :            : //! \param[in] L Block diagonal mass matrix
     178                 :            : //! \param[in,out] unk Array of unknowns
     179                 :            : // *****************************************************************************
     180                 :            : {
     181         [ +  + ]:    2765396 :   for (ncomp_t c=0; c<ncomp; ++c)
     182                 :            :   {
     183                 :            :     // DG(P0)
     184                 :    1688427 :     auto mark = c*ndof;
     185                 :    1688427 :     auto rmark = c*rdof;
     186         [ +  + ]:    1688427 :     unk(e, rmark, offset) = R[mark] / L(e, mark,   offset);
     187                 :            : 
     188                 :            :     // if P0P1, initialize higher dofs to 0
     189         [ +  + ]:    1688427 :     if (rdof > ndof)
     190                 :            :     {
     191                 :      73085 :       unk(e, rmark+1, offset) = 0.0;
     192                 :      73085 :       unk(e, rmark+2, offset) = 0.0;
     193                 :      73085 :       unk(e, rmark+3, offset) = 0.0;
     194                 :            :     }
     195                 :            : 
     196         [ +  + ]:    1688427 :     if(ndof > 1)          // DG(P1)
     197                 :            :     {
     198         [ +  + ]:     369127 :       unk(e, rmark+1, offset) = R[mark+1] / L(e, mark+1, offset);
     199                 :     369127 :       unk(e, rmark+2, offset) = R[mark+2] / L(e, mark+2, offset);
     200                 :     369127 :       unk(e, rmark+3, offset) = R[mark+3] / L(e, mark+3, offset);
     201                 :            :  
     202         [ +  + ]:     369127 :       if(ndof > 4)        // DG(P2)
     203                 :            :       {
     204                 :     241656 :         unk(e, rmark+4, offset) = R[mark+4] / L(e, mark+4, offset);
     205                 :     241656 :         unk(e, rmark+5, offset) = R[mark+5] / L(e, mark+5, offset);
     206                 :     241656 :         unk(e, rmark+6, offset) = R[mark+6] / L(e, mark+6, offset);
     207                 :     241656 :         unk(e, rmark+7, offset) = R[mark+7] / L(e, mark+7, offset);
     208                 :     241656 :         unk(e, rmark+8, offset) = R[mark+8] / L(e, mark+8, offset);
     209                 :     241656 :         unk(e, rmark+9, offset) = R[mark+9] / L(e, mark+9, offset);
     210                 :            :       }
     211                 :            :     }
     212                 :            :   }
     213                 :    1076969 : }

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