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       1                 :            : #ifndef QUINOA_MESH_ADAPTER_H
       2                 :            : #define QUINOA_MESH_ADAPTER_H
       3                 :            : 
       4                 :            : #include <stddef.h>
       5                 :            : #include <vector>
       6                 :            : 
       7                 :            : #include "DerivedData.hpp"
       8                 :            : 
       9                 :            : #include "AMR_types.hpp"
      10                 :            : #include "tet_store.hpp"
      11                 :            : #include "node_connectivity.hpp"
      12                 :            : 
      13                 :            : #ifdef ENABLE_NODE_STORE
      14                 :            : #include "node_store.hpp"
      15                 :            : #endif
      16                 :            : 
      17                 :            : #include "refinement.hpp"
      18                 :            : //#include "derefinement.hpp"
      19                 :            : 
      20                 :            : #include "Refinement_State.hpp"
      21                 :            : 
      22                 :            : namespace AMR {
      23                 :            :     class mesh_adapter_t {
      24                 :            : 
      25                 :            :         public:
      26                 :            : 
      27                 :            :             //! Default constructor for migration
      28                 :       8957 :             mesh_adapter_t() {}
      29                 :            : 
      30                 :            :             //! Constructor taking a mesh graph
      31                 :       2128 :             explicit mesh_adapter_t( const std::vector< std::size_t >& inpoel ) :
      32         [ +  - ]:       2128 :                 node_connectivity( tk::npoin_in_graph(inpoel) )
      33                 :            :             {
      34         [ +  - ]:       2128 :                 consume_tets( inpoel );
      35         [ +  - ]:       2128 :                 tet_store.generate_edges();
      36                 :       2128 :             }
      37                 :            : 
      38                 :            :             void init_node_store(coord_type* m_x, coord_type* m_y, coord_type* m_z);
      39                 :            : 
      40                 :            :             // FIXME: Set these in a better way
      41                 :            :             real_t derefinement_cut_off = 0.2;
      42                 :            :             real_t refinement_cut_off = 0.9;
      43                 :            : 
      44                 :            :             AMR::tet_store_t tet_store;
      45                 :            :             AMR::node_connectivity_t node_connectivity;
      46                 :            : 
      47                 :            : #ifdef ENABLE_NODE_STORE
      48                 :            :             // for coord tracking type stuff (debugging)
      49                 :            :             AMR::node_store_t node_store;
      50                 :            : #endif
      51                 :            : 
      52                 :            :             AMR::refinement_t refiner;
      53                 :            : 
      54                 :            :             std::pair< bool, std::size_t > check_same_face(std::size_t tet_id,
      55                 :            :               const std::unordered_set<std::size_t>& inactive_nodes);
      56                 :            :             void consume_tets(const std::vector<std::size_t>& tetinpoel );
      57                 :            : 
      58                 :            :             void evaluate_error_estimate();
      59                 :            :             void mark_uniform_refinement();
      60                 :            :             void mark_uniform_derefinement();
      61                 :            :             void mark_error_refinement(
      62                 :            :               const std::vector< std::pair< edge_t, edge_tag > >& remote );
      63                 :            : 
      64                 :            :             void mark_error_refinement_corr( const EdgeData& edges );
      65                 :            :             int detect_compatibility(
      66                 :            :                     int num_locked_edges,
      67                 :            :                     int num_intermediate_edges,
      68                 :            :                     AMR::Refinement_Case refinement_case,
      69                 :            :                     int normal=0
      70                 :            :             );
      71                 :            : 
      72                 :            :             void lock_intermediates();
      73                 :            : 
      74                 :            :             void mark_refinement();
      75                 :            :             void perform_refinement();
      76                 :            : 
      77                 :            :             void refinement_class_one(int num_to_refine, size_t tet_id);
      78                 :            :             void refinement_class_two(edge_list_t edge_list, size_t tet_id);
      79                 :            :             void refinement_class_three(size_t tet_id);
      80                 :            : 
      81                 :            :             void lock_tet_edges(size_t tet_id);
      82                 :            :             void deactivate_tet_edges(size_t tet_id);
      83                 :            :             void deactivate_deref_tet_edges(size_t tet_id);
      84                 :            :             bool check_valid_refinement_case(size_t child_id);
      85                 :            : 
      86                 :            :             void mark_derefinement();
      87                 :            :             void perform_derefinement();
      88                 :            :             //std::vector< std::size_t >& get_active_inpoel();
      89                 :            : 
      90                 :            :             void print_tets();
      91                 :            : 
      92                 :            :             void reset_intermediate_edges();
      93                 :            :             void update_tet_edges_lock_type(size_t tet_id, AMR::Edge_Lock_Case check, AMR::Edge_Lock_Case new_case);
      94                 :            :             void remove_edge_locks(int intermediate = 0);
      95                 :            :             void remove_normals();
      96                 :            : 
      97                 :            :             size_t convert_derefine_edges_to_points(
      98                 :            :                     size_t num_edges_to_derefine,
      99                 :            :                     AMR::Refinement_Case  refinement_case);
     100                 :            : 
     101                 :            :     };
     102                 :            : }
     103                 :            : 
     104                 :            : #endif //QUINOA_MESH_ADAPTER_H