Quinoa all test code coverage report
Current view: top level - IO - MeshReader.hpp (source / functions) Hit Total Coverage
Commit: Quinoa_v0.3-957-gb4f0efae0 Lines: 32 33 97.0 %
Date: 2021-11-09 15:14:18 Functions: 13 15 86.7 %
Legend: Lines: hit not hit | Branches: + taken - not taken # not executed Branches: 42 96 43.8 %

           Branch data     Line data    Source code
       1                 :            : // *****************************************************************************
       2                 :            : /*!
       3                 :            :   \file      src/IO/MeshReader.hpp
       4                 :            :   \copyright 2012-2015 J. Bakosi,
       5                 :            :              2016-2018 Los Alamos National Security, LLC.,
       6                 :            :              2019-2021 Triad National Security, LLC.
       7                 :            :              All rights reserved. See the LICENSE file for details.
       8                 :            :   \brief     Polymorphic mesh reader class for connecting to various readers
       9                 :            :   \brief     Polymorphic mesh reader class for connecting to various lower
      10                 :            :     level, specific mesh readers.
      11                 :            : */
      12                 :            : // *****************************************************************************
      13                 :            : #ifndef MeshReader_h
      14                 :            : #define MeshReader_h
      15                 :            : 
      16                 :            : #include <vector>
      17                 :            : #include <array>
      18                 :            : #include <string>
      19                 :            : #include <memory>
      20                 :            : 
      21                 :            : #include "Types.hpp"
      22                 :            : #include "MeshDetect.hpp"
      23                 :            : #include "ExodusIIMeshReader.hpp"
      24                 :            : 
      25                 :            : #ifdef HAS_OMEGA_H
      26                 :            :   #include "Omega_h_MeshReader.hpp"
      27                 :            : #endif
      28                 :            : 
      29                 :            : namespace tk {
      30                 :            : 
      31                 :            : //! Polymorphic mesh reader class for connecting to various mesh readers
      32                 :            : //! \details This class uses runtime polymorphism without client-side
      33                 :            : //!   inheritance: inheritance is confined to the internals of the this class,
      34                 :            : //!   invisible to client-code. The class exclusively deals with ownership
      35                 :            : //!   enabling client-side value semantics. Credit goes to Sean Parent at Adobe.
      36                 :            : //! \see http://sean-parent.stlab.cc/papers-and-presentations/#value-semantics-and-concept-based-polymorphism.
      37                 :            : //! \see For example client code that models a MeshReader, see
      38                 :            : //!   tk::ExodusIIMeshReader or tk::Omega_h_MeshReader.
      39 [ +  - ][ +  - ]:         16 : class MeshReader {
         [ +  - ][ +  - ]
         [ +  - ][ +  - ]
         [ -  + ][ +  - ]
         [ +  - ][ +  - ]
      40                 :            : 
      41                 :            :   public:
      42                 :            :     //! Constructor
      43                 :            :     //! \param[in] filename Input mesh filename
      44                 :            :     //! \details Dispatch constructor call to various low level mesh readers by
      45                 :            :     //!    creating child class and assigning to base to be used in polymorphic
      46                 :            :     //!    fashion.
      47         [ +  + ]:        910 :     explicit MeshReader( const std::string& filename ) {
      48         [ +  + ]:        910 :       auto meshtype = detectInput( filename );
      49         [ +  + ]:        909 :       if (meshtype == MeshReaderType::EXODUSII) {
      50                 :            :         using R = ExodusIIMeshReader;
      51 [ +  - ][ +  - ]:       1808 :         self = std::make_unique< Model<R> >( R(filename) );
      52                 :            :       #ifdef HAS_OMEGA_H
      53         [ +  - ]:          5 :       } else if (meshtype == MeshReaderType::OMEGA_H) {
      54                 :            :         using R = Omega_h_MeshReader;
      55 [ +  - ][ -  + ]:         11 :         self = std::make_unique< Model<R> >( R(filename) );
                 [ -  + ]
      56                 :            :       #endif
      57 [ -  - ][ -  - ]:          0 :       } else Throw( "Mesh type not implemented or not supported" );
         [ -  - ][ -  - ]
         [ -  - ][ -  - ]
      58                 :        909 :     }
      59                 :            : 
      60                 :            :     //! Public interface to return the total number of nodes in mesh file
      61         [ +  - ]:        233 :     std::size_t npoin() { return self->npoin(); }
      62                 :            : 
      63                 :            :     //! Public interface to read part of the mesh (graph and coords) from file
      64                 :            :     //! \details Total number of PEs defaults to 1 for a single-CPU read, this
      65                 :            :     //!    PE defaults to 0 for a single-CPU read.
      66                 :            :     void readMeshPart( std::vector< std::size_t >& ginpoel,
      67                 :            :                        std::vector< std::size_t >& inpoel,
      68                 :            :                        std::vector< std::size_t >& triinp,
      69                 :            :                        std::unordered_map< std::size_t, std::size_t >& lid,
      70                 :            :                        tk::UnsMesh::Coords& coord, 
      71                 :            :                        int numpes=1, int mype=0 )
      72 [ +  - ][ -  - ]:        673 :     { self->readMeshPart( ginpoel, inpoel, triinp, lid, coord, numpes, mype ); }
      73                 :            :     //! ...
      74                 :            :     std::vector< std::size_t > triinpoel(
      75                 :            :      std::map< int, std::vector< std::size_t > >& bface,
      76                 :            :      const std::map< int, std::vector< std::size_t > >& faceid,
      77                 :            :      const std::vector< std::size_t >& ginpoel,
      78                 :            :      const std::vector< std::size_t >& triinp )
      79 [ +  - ][ -  - ]:        666 :     { return self->triinpoel( bface, faceid, ginpoel, triinp ); }
      80                 :            : 
      81                 :            :     //! Public interface to side sets from mesh file
      82                 :            :     void
      83                 :            :     readSidesetFaces( std::map< int, std::vector< std::size_t > >& bface,
      84                 :            :                       std::map< int, std::vector< std::size_t > >& faces )
      85         [ +  - ]:        240 :     { self->readSidesetFaces( bface, faces ); }
      86                 :            : 
      87                 :            :     //! Public interface to read face connectivity of boundary faces from file
      88                 :            :     void readFaces( std::vector< std::size_t >& conn )
      89         [ +  - ]:          7 :     { self->readFaces( conn ); }
      90                 :            : 
      91                 :            :     //! Public interfaces to read node list of all side sets from mesh file
      92                 :            :     std::map< int, std::vector< std::size_t > > readSidesetNodes()
      93         [ +  - ]:        144 :     { return self->readSidesetNodes(); }
      94                 :            : 
      95                 :            :     //! Copy assignment
      96                 :            :     MeshReader& operator=( const MeshReader& x )
      97                 :            :     { MeshReader tmp(x); *this = std::move(tmp); return *this; }
      98                 :            :     //! Copy constructor
      99 [ +  - ][ +  - ]:          8 :     MeshReader( const MeshReader& x ) : self( x.self->copy() ) {}
         [ +  - ][ +  - ]
         [ +  - ][ +  - ]
         [ +  - ][ +  - ]
                 [ +  - ]
     100                 :            :     //! Move assignment
     101                 :            :     MeshReader& operator=( MeshReader&& ) noexcept = default;
     102                 :            :     //! Move constructor
     103 [ -  + ][ -  + ]:          2 :     MeshReader( MeshReader&& ) noexcept = default;
     104                 :            : 
     105                 :            :   private:
     106                 :            :     //! \brief Concept is a pure virtual base class specifying the requirements
     107                 :            :     //!   of polymorphic objects deriving from it
     108                 :            :     struct Concept {
     109                 :            :       Concept() = default;
     110                 :         10 :       Concept( const Concept& ) = default;
     111                 :            :       virtual ~Concept() = default;
     112                 :            :       virtual Concept* copy() const = 0;
     113                 :            :       virtual std::size_t npoin() = 0;
     114                 :            :       virtual void readMeshPart(
     115                 :            :                      std::vector< std::size_t >&,
     116                 :            :                      std::vector< std::size_t >&,
     117                 :            :                      std::vector< std::size_t >&,
     118                 :            :                      std::unordered_map< std::size_t, std::size_t >&,
     119                 :            :                      tk::UnsMesh::Coords&,
     120                 :            :                      int, int ) = 0;
     121                 :            :       virtual void
     122                 :            :         readSidesetFaces( std::map< int, std::vector< std::size_t > >&,
     123                 :            :                           std::map< int, std::vector< std::size_t > >& ) = 0;
     124                 :            :      virtual std::vector< std::size_t >
     125                 :            :         triinpoel( std::map< int, std::vector< std::size_t > >&,
     126                 :            :                    const std::map< int, std::vector< std::size_t > >&,
     127                 :            :                    const std::vector< std::size_t >&,
     128                 :            :                    const std::vector< std::size_t >& ) = 0;
     129                 :            :       virtual void readFaces( std::vector< std::size_t >& ) const = 0;
     130                 :            :       virtual std::map< int, std::vector< std::size_t > >
     131                 :            :         readSidesetNodes() = 0;
     132                 :            :     };
     133                 :            : 
     134                 :            :     //! \brief Model models the Concept above by deriving from it and overriding
     135                 :            :     //!   the the virtual functions required by Concept
     136                 :            :     template< typename T >
     137 [ +  - ][ -  - ]:         10 :     struct Model : Concept {
     138 [ +  - ][ +  - ]:        909 :       Model( T x ) : data( std::move(x) ) {}
     139                 :         20 :       Concept* copy() const override { return new Model( *this ); }
     140                 :        233 :       std::size_t npoin() override { return data.npoin(); }
     141                 :        673 :       void readMeshPart( std::vector< std::size_t >& ginpoel,
     142                 :            :                          std::vector< std::size_t >& inpoel,
     143                 :            :                          std::vector< std::size_t >& triinp,
     144                 :            :                          std::unordered_map< std::size_t, std::size_t >& lid,
     145                 :            :                          tk::UnsMesh::Coords& coord, 
     146                 :            :                          int numpes, int mype ) override
     147                 :        673 :         { data.readMeshPart( ginpoel, inpoel, triinp, lid, coord, numpes,
     148                 :        673 :                              mype ); }
     149                 :        666 :       std::vector< std::size_t > triinpoel(
     150                 :            :         std::map< int, std::vector< std::size_t > >& bface,
     151                 :            :         const std::map< int, std::vector< std::size_t > >& faceid,
     152                 :            :         const std::vector< std::size_t >& ginpoel,
     153                 :            :         const std::vector< std::size_t >& triinp ) override
     154                 :        666 :       { return data.triinpoel( bface, faceid, ginpoel, triinp ); }
     155                 :            :       void
     156                 :        240 :         readSidesetFaces( std::map< int, std::vector< std::size_t > >& bface,
     157                 :            :                           std::map< int, std::vector< std::size_t > >& faces )
     158                 :        240 :         override { data.readSidesetFaces( bface, faces ); }
     159                 :          7 :       void readFaces( std::vector< std::size_t >& conn )
     160                 :          7 :         const override { data.readFaces( conn ); }
     161                 :        144 :       std::map< int, std::vector< std::size_t > > readSidesetNodes() override
     162                 :        144 :         { return data.readSidesetNodes(); }
     163                 :            :       T data;
     164                 :            :     };
     165                 :            : 
     166                 :            :     std::unique_ptr< Concept > self;    //!< Base pointer used polymorphically
     167                 :            : };
     168                 :            : 
     169                 :            : } // tk::
     170                 :            : 
     171                 :            : #endif // MeshReader_h

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