Quinoa all test code coverage report
Current view: top level - LinearSolver - ConjugateGradients.hpp (source / functions) Hit Total Coverage
Commit: Quinoa_v0.3-957-gb4f0efae0 Lines: 40 40 100.0 %
Date: 2021-11-11 18:25:50 Functions: 5 5 100.0 %
Legend: Lines: hit not hit | Branches: + taken - not taken # not executed Branches: 0 0 -

           Branch data     Line data    Source code
       1                 :            : // *****************************************************************************
       2                 :            : /*!
       3                 :            :   \file      src/LinearSolver/ConjugateGradients.hpp
       4                 :            :   \copyright 2012-2015 J. Bakosi,
       5                 :            :              2016-2018 Los Alamos National Security, LLC.,
       6                 :            :              2019-2021 Triad National Security, LLC.
       7                 :            :              All rights reserved. See the LICENSE file for details.
       8                 :            :   \brief     Charm++ chare array for distributed conjugate gradients
       9                 :            :   \details   Charm++ chare array for asynchronous distributed
      10                 :            :     conjugate gradients linear solver.
      11                 :            : 
      12                 :            :     There are a potentially large number of ConjugateGradients Charm++ chares.
      13                 :            :     Each ConjugateGradient chare gets a chunk of the full load, due to partiting
      14                 :            :     the mesh, on which the solve is performed.
      15                 :            : 
      16                 :            :     The implementation uses the Charm++ runtime system and is fully
      17                 :            :     asynchronous, overlapping computation and communication. The algorithm
      18                 :            :     utilizes the structured dagger (SDAG) Charm++ functionality.
      19                 :            : */
      20                 :            : // *****************************************************************************
      21                 :            : #ifndef ConjugateGradients_h
      22                 :            : #define ConjugateGradients_h
      23                 :            : 
      24                 :            : #include "Types.hpp"
      25                 :            : #include "CSR.hpp"
      26                 :            : 
      27                 :            : #include "NoWarning/conjugategradients.decl.h"
      28                 :            : 
      29                 :            : namespace tk {
      30                 :            : 
      31                 :            : //! \brief ConjugateGradients Charm++ chare array used to perform a distributed
      32                 :            : //!   linear solve with the conjugate gradients algorithm
      33                 :            : class ConjugateGradients : public CBase_ConjugateGradients {
      34                 :            : 
      35                 :            :   public:
      36                 :            :     #if defined(__clang__)
      37                 :            :       #pragma clang diagnostic push
      38                 :            :       #pragma clang diagnostic ignored "-Wunused-parameter"
      39                 :            :     #elif defined(STRICT_GNUC)
      40                 :            :       #pragma GCC diagnostic push
      41                 :            :       #pragma GCC diagnostic ignored "-Wunused-parameter"
      42                 :            :     #endif
      43                 :            :     // Include Charm++ SDAG code. See http://charm.cs.illinois.edu/manuals/html/
      44                 :            :     // charm++/manual.html, Sec. "Structured Control Flow: Structured Dagger".
      45                 :            :     ConjugateGradients_SDAG_CODE
      46                 :            :     #if defined(__clang__)
      47                 :            :       #pragma clang diagnostic pop
      48                 :            :     #elif defined(STRICT_GNUC)
      49                 :            :       #pragma GCC diagnostic pop
      50                 :            :     #endif
      51                 :            : 
      52                 :            :     //! Constructor
      53                 :            :     explicit ConjugateGradients(
      54                 :            :       const CSR& A,
      55                 :            :       const std::vector< tk::real >& x,
      56                 :            :       const std::vector< tk::real >& b,
      57                 :            :       const std::vector< std::size_t >& gid,
      58                 :            :       const std::unordered_map< std::size_t, std::size_t >& lid,
      59                 :            :       const NodeCommMap& nodecommmap );
      60                 :            : 
      61                 :            :     #if defined(__clang__)
      62                 :            :       #pragma clang diagnostic push
      63                 :            :       #pragma clang diagnostic ignored "-Wundefined-func-template"
      64                 :            :     #endif
      65                 :            :     //! Constructor taking a tuple of {A,x,b} by rvalue reference
      66                 :         21 :     explicit ConjugateGradients(
      67                 :            :       std::tuple< tk::CSR,
      68                 :            :                   std::vector< tk::real >,
      69                 :            :                   std::vector< tk::real > >&& system,
      70                 :            :       const std::vector< std::size_t >& gid,
      71                 :            :       const std::unordered_map< std::size_t, std::size_t >& lid,
      72                 :         21 :       const NodeCommMap& nodecommmap ) :
      73                 :         21 :       ConjugateGradients( std::move(std::get<0>(system)),
      74                 :         21 :                           std::move(std::get<1>(system)),
      75                 :         21 :                           std::move(std::get<2>(system)),
      76                 :         21 :                           gid, lid, nodecommmap ) {}
      77                 :            : 
      78                 :            :     //! Migrate constructor
      79                 :         53 :     explicit ConjugateGradients( CkMigrateMessage* ) {}
      80                 :            :     #if defined(__clang__)
      81                 :            :       #pragma clang diagnostic pop
      82                 :            :     #endif
      83                 :            : 
      84                 :            :     //! Solve linear system
      85                 :            :     void solve( std::size_t maxit, tk::real tol, CkCallback c );
      86                 :            : 
      87                 :            :     //! Initialize linear solve: set initial guess and boundary conditions
      88                 :            :     void init( const std::vector< tk::real >& x,
      89                 :            :                const std::vector< tk::real >& b,
      90                 :            :                const std::unordered_map< std::size_t,
      91                 :            :                        std::vector< std::pair< bool, tk::real > > >& bc,
      92                 :            :                std::size_t ignorebc,
      93                 :            :                CkCallback cb );
      94                 :            : 
      95                 :            :     //! Setup solver
      96                 :            :     void setup( CkCallback c );
      97                 :            : 
      98                 :            :     //! Compute the norm of the right hand side
      99                 :            :     void normb( tk::real n );
     100                 :            : 
     101                 :            :     //! Compute rho = (r,r)
     102                 :            :     void rho( tk::real r );
     103                 :            : 
     104                 :            :     //! Receive contributions to r = b - A * x on chare-boundaries
     105                 :            :     void comres( const std::vector< std::size_t >& gid,
     106                 :            :                  const std::vector< std::vector< tk::real > >& rc );
     107                 :            : 
     108                 :            :     //! Receive contributions to boundary conditions on chare-boundaries
     109                 :            :     void combc( const std::unordered_map< std::size_t,
     110                 :            :                        std::vector< std::pair< bool, tk::real > > >& bc );
     111                 :            : 
     112                 :            :     //! Receive contributions to q = A * p on chare-boundaries
     113                 :            :     void comq( const std::vector< std::size_t >& gid,
     114                 :            :                const std::vector< std::vector< tk::real > >& qc );
     115                 :            : 
     116                 :            :     void comx( const std::vector< std::size_t >& gid,
     117                 :            :                const std::vector< std::vector< tk::real > >& xc );
     118                 :            : 
     119                 :            :     //! Compute the dot product (p,q)
     120                 :            :     void pq( tk::real d );
     121                 :            : 
     122                 :            :     //! Compute the norm of the residual: (r,r)
     123                 :            :     void normres( tk::real r );
     124                 :            : 
     125                 :            :     //! Access solution
     126                 :        801 :     std::vector< tk::real > solution() const { return m_x; }
     127                 :            : 
     128                 :            :     //! Return convergence flag
     129                 :        801 :     bool converged() const { return m_converged; }
     130                 :            : 
     131                 :            :     /** @name Pack/unpack (Charm++ serialization) routines */
     132                 :            :     ///@{
     133                 :            :     //! \brief Pack/Unpack serialize member function
     134                 :            :     //! \param[in,out] p Charm++'s PUP::er serializer object reference
     135                 :        159 :     void pup( PUP::er &p ) override {
     136                 :        159 :       p | m_A;
     137                 :        159 :       p | m_x;
     138                 :        159 :       p | m_b;
     139                 :        159 :       p | m_gid;
     140                 :        159 :       p | m_lid;
     141                 :        159 :       p | m_nodeCommMap;
     142                 :        159 :       p | m_r;
     143                 :        159 :       p | m_rc;
     144                 :        159 :       p | m_nr;
     145                 :        159 :       p | m_bc;
     146                 :        159 :       p | m_bcc;
     147                 :        159 :       p | m_bcmask;
     148                 :        159 :       p | m_nb;
     149                 :        159 :       p | m_p;
     150                 :        159 :       p | m_q;
     151                 :        159 :       p | m_qc;
     152                 :        159 :       p | m_nq;
     153                 :        159 :       p | m_initres;
     154                 :        159 :       p | m_solved;
     155                 :        159 :       p | m_normb;
     156                 :        159 :       p | m_it;
     157                 :        159 :       p | m_maxit;
     158                 :        159 :       p | m_tol;
     159                 :        159 :       p | m_rho;
     160                 :        159 :       p | m_rho0;
     161                 :        159 :       p | m_alpha;
     162                 :        159 :       p | m_converged;
     163                 :        159 :       p | m_xc;
     164                 :        159 :       p | m_nx;
     165                 :        159 :     }
     166                 :            :     //! \brief Pack/Unpack serialize operator|
     167                 :            :     //! \param[in,out] p Charm++'s PUP::er serializer object reference
     168                 :            :     //! \param[in,out] c ConjugateGradients object reference
     169                 :            :     friend void operator|( PUP::er& p, ConjugateGradients& c ) { c.pup(p); }
     170                 :            :     ///@}
     171                 :            : 
     172                 :            :   private:
     173                 :            :     //! Sparse matrix
     174                 :            :     CSR m_A;
     175                 :            :     //! Solution/unknown
     176                 :            :     std::vector< tk::real > m_x;
     177                 :            :     //! Right hand side
     178                 :            :     std::vector< tk::real > m_b;
     179                 :            :     //! Global node IDs
     180                 :            :     std::vector< std::size_t > m_gid;
     181                 :            :     //! Local node IDs associated to global ones
     182                 :            :     std::unordered_map< std::size_t, std::size_t > m_lid;
     183                 :            :     //! Global mesh node IDs shared with other chares associated to chare IDs
     184                 :            :     NodeCommMap m_nodeCommMap;
     185                 :            :     //! Auxiliary vector for CG solve
     186                 :            :     std::vector< tk::real > m_r;
     187                 :            :     //! Receive buffer for communication of r = b - A * x
     188                 :            :     std::unordered_map< std::size_t, std::vector< tk::real > > m_rc;
     189                 :            :     //! Counter for assembling m_r
     190                 :            :     std::size_t m_nr;
     191                 :            :     //! Dirichlet boundary conditions
     192                 :            :     std::unordered_map< std::size_t,
     193                 :            :         std::vector< std::pair< bool, tk::real > > > m_bc;
     194                 :            :     //! Dirichlet boundary conditions communication buffer
     195                 :            :     std::unordered_map< std::size_t,
     196                 :            :         std::vector< std::pair< bool, tk::real > > > m_bcc;
     197                 :            :     //! Dirichlet boundary condition mask
     198                 :            :     std::vector< tk::real > m_bcmask;
     199                 :            :     //! Counter for assembling boundary conditions
     200                 :            :     std::size_t m_nb;
     201                 :            :     //! Auxiliary vector for CG solve
     202                 :            :     std::vector< tk::real > m_p;
     203                 :            :     //! Auxiliary vector for CG solve
     204                 :            :     std::vector< tk::real > m_q;
     205                 :            :     //! Receive buffer for communication of q = A * p
     206                 :            :     std::unordered_map< std::size_t, std::vector< tk::real > > m_qc;
     207                 :            :     //! Counter for assembling m_q
     208                 :            :     std::size_t m_nq;
     209                 :            :     //! Charm++ callback to continue with when the setup is complete
     210                 :            :     CkCallback m_initres;
     211                 :            :     //! Charm++ callback to continue with when the solve is complete
     212                 :            :     CkCallback m_solved;
     213                 :            :     //! L2 norm of the right hand side
     214                 :            :     tk::real m_normb;
     215                 :            :     //! Iteration count
     216                 :            :     std::size_t m_it;
     217                 :            :     //! Max iteration count
     218                 :            :     std::size_t m_maxit;
     219                 :            :     //! Stop tolerance
     220                 :            :     tk::real m_tol;
     221                 :            :     //! Helper scalar for CG algorithm
     222                 :            :     tk::real m_rho;
     223                 :            :     //! Helper scalar for CG algorithm
     224                 :            :     tk::real m_rho0;
     225                 :            :     //! Helper scalar for CG algorithm
     226                 :            :     tk::real m_alpha;
     227                 :            :     //! Convergence flag: true if linear smoother converged to tolerance
     228                 :            :     bool m_converged;
     229                 :            :     //! Receive buffer for solution
     230                 :            :     std::unordered_map< std::size_t, std::vector< tk::real > > m_xc;
     231                 :            :     //! Counter for assembling the solution on chare boundaries
     232                 :            :     std::size_t m_nx;
     233                 :            : 
     234                 :            :     //! Initiate computationa of dot product of two vectors
     235                 :            :     void dot( const std::vector< tk::real >& a,
     236                 :            :               const std::vector< tk::real >& b,
     237                 :            :               CkCallback c );
     238                 :            : 
     239                 :            :     //! Initiate A * x for computing the residual, r = b - A * x
     240                 :            :     void residual();
     241                 :            :     //! Finish computing the initial residual, r = b - A * x
     242                 :            :     void initres();
     243                 :            : 
     244                 :            :     //! Apply boundary conditions
     245                 :            :     void apply( CkCallback cb );
     246                 :            : 
     247                 :            :     //! Initiate computing q = A * p
     248                 :            :     void qAp();
     249                 :            :     //! Finish computing q = A * p
     250                 :            :     void q();
     251                 :            : 
     252                 :            :     //! Start next linear solver iteration
     253                 :            :     void next();
     254                 :            : 
     255                 :            :     //! Assemble solution on chare boundaries
     256                 :            :     void x();
     257                 :            : };
     258                 :            : 
     259                 :            : } // tk::
     260                 :            : 
     261                 :            : #endif // ConjugateGradients_h

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