Quinoa regression test code coverage report
Current view: top level - DiffEq/Dirichlet - MixDirichlet.hpp (source / functions) Hit Total Coverage
Commit: Quinoa_v0.3-957-gb4f0efae0 Lines: 59 59 100.0 %
Date: 2021-11-11 13:17:06 Functions: 10 120 8.3 %
Legend: Lines: hit not hit | Branches: + taken - not taken # not executed Branches: 30 60 50.0 %

           Branch data     Line data    Source code
       1                 :            : // *****************************************************************************
       2                 :            : /*!
       3                 :            :   \file      src/DiffEq/Dirichlet/MixDirichlet.hpp
       4                 :            :   \copyright 2012-2015 J. Bakosi,
       5                 :            :              2016-2018 Los Alamos National Security, LLC.,
       6                 :            :              2019-2021 Triad National Security, LLC.
       7                 :            :              All rights reserved. See the LICENSE file for details.
       8                 :            :   \brief     Mixture Dirichlet SDE
       9                 :            :   \details   This file implements the time integration of a system of stochastic
      10                 :            :     differential equations (SDEs), whose invariant is the [Dirichlet
      11                 :            :     distribution](http://en.wikipedia.org/wiki/Dirichlet_distribution), with
      12                 :            :     various constraints to model multi-material mixing process in turbulent
      13                 :            :     flows.
      14                 :            : 
      15                 :            :     In a nutshell, the equation integrated governs a set of scalars,
      16                 :            :     \f$0\!\le\!Y_\alpha\f$, \f$\alpha\!=\!1,\dots,N-1\f$,
      17                 :            :     \f$\sum_{\alpha=1}^{N-1}Y_\alpha\!\le\!1\f$, as
      18                 :            : 
      19                 :            :     @m_class{m-show-m}
      20                 :            : 
      21                 :            :     \f[
      22                 :            :        \mathrm{d}Y_\alpha(t) = \frac{b_\alpha}{2}\big[S_\alpha Y_N -
      23                 :            :        (1-S_\alpha)Y_\alpha\big]\mathrm{d}t + \sqrt{\kappa_\alpha Y_\alpha
      24                 :            :        Y_N}\mathrm{d}W_\alpha(t), \qquad \alpha=1,\dots,N-1
      25                 :            :     \f]
      26                 :            : 
      27                 :            :     @m_class{m-hide-m}
      28                 :            : 
      29                 :            :     \f[
      30                 :            :        \begin{split}
      31                 :            :        \mathrm{d}Y_\alpha(t) = \frac{b_\alpha}{2}\big[S_\alpha Y_N -
      32                 :            :        (1-S_\alpha)Y_\alpha\big]\mathrm{d}t + \sqrt{\kappa_\alpha Y_\alpha
      33                 :            :        Y_N}\mathrm{d}W_\alpha(t), \\ \alpha=1,\dots,N-1
      34                 :            :        \end{split}
      35                 :            :     \f]
      36                 :            : 
      37                 :            :     with parameter vectors \f$b_\alpha > 0\f$, \f$\kappa_\alpha > 0\f$, and \f$0
      38                 :            :     < S_\alpha < 1\f$, and \f$Y_N = 1-\sum_{\alpha=1}^{N-1}Y_\alpha\f$. Here
      39                 :            :     \f$\mathrm{d}W_\alpha(t)\f$ is an isotropic vector-valued [Wiener
      40                 :            :     process](http://en.wikipedia.org/wiki/Wiener_process) with independent
      41                 :            :     increments. The invariant distribution is the Dirichlet distribution,
      42                 :            :     provided the parameters of the drift and diffusion terms satisfy
      43                 :            :     \f[
      44                 :            :       (1-S_1) b_1 / \kappa_1 = \dots = (1-S_{N-1}) b_{N-1} / \kappa_{N-1}.
      45                 :            :     \f]
      46                 :            :     To keep the invariant distribution Dirichlet, the above constraint on the
      47                 :            :     coefficients must be satisfied. For more details on the Dirichlet SDE, see
      48                 :            :     https://doi.org/10.1155/2013/842981.
      49                 :            : */
      50                 :            : // *****************************************************************************
      51                 :            : #ifndef MixDirichlet_h
      52                 :            : #define MixDirichlet_h
      53                 :            : 
      54                 :            : #include <vector>
      55                 :            : #include <cmath>
      56                 :            : #include <cfenv>
      57                 :            : 
      58                 :            : #include "InitPolicy.hpp"
      59                 :            : #include "MixDirichletCoeffPolicy.hpp"
      60                 :            : #include "RNG.hpp"
      61                 :            : #include "Particles.hpp"
      62                 :            : 
      63                 :            : namespace walker {
      64                 :            : 
      65                 :            : extern ctr::InputDeck g_inputdeck;
      66                 :            : extern std::map< tk::ctr::RawRNGType, tk::RNG > g_rng;
      67                 :            : 
      68                 :            : //! \brief MixDirichlet SDE used polymorphically with DiffEq
      69                 :            : //! \details The template arguments specify policies and are used to configure
      70                 :            : //!   the behavior of the class. The policies are:
      71                 :            : //!   - Init - initialization policy, see DiffEq/InitPolicy.h
      72                 :            : //!   - Coefficients - coefficients policy, see DiffEq/DirCoeffPolicy.h
      73                 :            : template< class Init, class Coefficients >
      74                 :            : class MixDirichlet {
      75                 :            : 
      76                 :            :   private:
      77                 :            :     using ncomp_t = tk::ctr::ncomp_t;
      78                 :            :     using eq = tag::mixdirichlet;
      79                 :            : 
      80                 :            :   public:
      81                 :            :     //! Number of derived variables computed by the MixDirichlet SDE
      82                 :            :     //! \details Derived variables: Nth scalar, density, specific volume.
      83                 :            :     static const std::size_t NUMDERIVED = 3;
      84                 :            : 
      85                 :            :     //! \brief Constructor
      86                 :            :     //! \param[in] c Index specifying which MixDirichlet SDE to construct. There
      87                 :            :     //!   can be multiple dirichlet ... end blocks in a control file. This index
      88                 :            :     //!   specifies which MixDirichlet SDE to instantiate. The index corresponds
      89                 :            :     //!   to the order in which the dirichlet ... end blocks are given the
      90                 :            :     //!   control file.
      91                 :         32 :     explicit MixDirichlet( ncomp_t c ) :
      92                 :            :       m_c( c ),
      93                 :         32 :       m_depvar( g_inputdeck.get< tag::param, eq, tag::depvar >().at(c) ),
      94                 :            :       // subtract the number of derived variables computed, see advance()
      95                 :         32 :       m_ncomp( g_inputdeck.get< tag::component >().get< eq >().at(c) -
      96                 :            :                NUMDERIVED ),
      97                 :            :       m_offset(
      98                 :         32 :         g_inputdeck.get< tag::component >().offset< eq >(c) ),
      99         [ +  - ]:         32 :       m_rng( g_rng.at( tk::ctr::raw(
     100                 :         32 :         g_inputdeck.get< tag::param, eq, tag::rng >().at(c) ) ) ),
     101                 :         32 :       m_norm( g_inputdeck.get< tag::param, eq, tag::normalization >().at(c) ),
     102                 :            :       m_b(),
     103                 :            :       m_S(),
     104                 :            :       m_kprime(),
     105                 :            :       m_k(),
     106                 :            :       m_rho(),
     107                 :            :       m_r(),
     108                 :         32 :       coeff( m_ncomp,
     109                 :         32 :              m_norm,
     110         [ +  - ]:         32 :              g_inputdeck.get< tag::param, eq, tag::b >().at(c),
     111         [ +  - ]:         32 :              g_inputdeck.get< tag::param, eq, tag::S >().at(c),
     112         [ +  - ]:         32 :              g_inputdeck.get< tag::param, eq, tag::kappaprime >().at(c),
     113         [ +  - ]:         32 :              g_inputdeck.get< tag::param, eq, tag::rho >().at(c),
     114         [ +  - ]:        224 :              m_b, m_S, m_kprime, m_rho, m_r, m_k ) {}
     115                 :            : 
     116                 :            :     //! Initalize SDE, prepare for time integration
     117                 :            :     //! \param[in] stream Thread (or more precisely stream) ID 
     118                 :            :     //! \param[in,out] particles Array of particle properties 
     119                 :         32 :     void initialize( int stream, tk::Particles& particles ) {
     120                 :            : 
     121                 :            :       // Ensure the size of the parameter vector holding the pure-fluid
     122                 :            :       // densities is N = K+1 = m_ncomp+1
     123 [ -  + ][ -  - ]:         32 :       Assert( m_rho.size() == m_ncomp+1, "Size mismatch" );
         [ -  - ][ -  - ]
     124                 :            : 
     125                 :            :       //! Set initial conditions using initialization policy
     126                 :         32 :       Init::template init< eq >( g_inputdeck, m_rng, stream, particles, m_c,
     127         [ +  - ]:         32 :                                  m_ncomp, m_offset );
     128                 :            : 
     129                 :            :       fenv_t fe;
     130                 :         32 :       feholdexcept( &fe );
     131                 :            : 
     132                 :         32 :       const auto npar = particles.nunk();
     133         [ +  + ]:     400032 :       for (auto p=decltype(npar){0}; p<npar; ++p) {
     134                 :            :         // Violating boundedness here is a hard error as indicates a problem
     135                 :            :         // with the initial conditions
     136         [ +  + ]:    1600000 :         for (ncomp_t i=0; i<m_ncomp+1; ++i) {
     137         [ +  - ]:    1200000 :           auto y = particles( p, i, m_offset );
     138 [ +  - ][ -  + ]:    1200000 :           if (y < 0.0 || y > 1.0) Throw( "IC scalar out of bounds" );
         [ -  - ][ -  - ]
                 [ -  - ]
     139                 :            :         }
     140                 :            :         // Initialize derived instantaneous variables
     141         [ +  - ]:     400000 :         derived( particles, p );
     142                 :            :       }
     143                 :            : 
     144                 :         32 :       feclearexcept( FE_UNDERFLOW );
     145                 :         32 :       feupdateenv( &fe );
     146                 :         32 :     }
     147                 :            : 
     148                 :            :     //! \brief Advance particles according to the MixDirichlet SDE
     149                 :            :     //! \param[in,out] particles Array of particle properties
     150                 :            :     //! \param[in] stream Thread (or more precisely stream) ID
     151                 :            :     //! \param[in] dt Time step size
     152                 :            :     //! \param[in] moments Map of statistical moments
     153                 :       9568 :     void advance( tk::Particles& particles,
     154                 :            :                   int stream,
     155                 :            :                   tk::real dt,
     156                 :            :                   tk::real,
     157                 :            :                   const std::map< tk::ctr::Product, tk::real >& moments )
     158                 :            :     {
     159                 :            :       // Update SDE coefficients
     160                 :       9568 :       coeff.update( m_depvar, m_ncomp, m_norm, DENSITY_OFFSET, VOLUME_OFFSET,
     161         [ +  - ]:       9568 :                     moments, m_rho, m_r, m_kprime, m_b, m_k, m_S );
     162                 :            : 
     163                 :            :       fenv_t fe;
     164                 :       9568 :       feholdexcept( &fe );
     165                 :            : 
     166                 :            :       // Advance particles
     167                 :       9568 :       const auto npar = particles.nunk();
     168         [ +  + ]:  119609568 :       for (auto p=decltype(npar){0}; p<npar; ++p) {
     169                 :            :         // Generate Gaussian random numbers with zero mean and unit variance
     170         [ +  - ]:  239200000 :         std::vector< tk::real > dW( m_ncomp );
     171         [ +  - ]:  119600000 :         m_rng.gaussian( stream, m_ncomp, dW.data() );
     172                 :            : 
     173                 :            :         // Advance all m_ncomp (=N=K+1) scalars
     174         [ +  - ]:  119600000 :         auto& yn = particles( p, m_ncomp, m_offset );
     175         [ +  + ]:  358800000 :         for (ncomp_t i=0; i<m_ncomp; ++i) {
     176         [ +  - ]:  239200000 :           auto& y = particles( p, i, m_offset );
     177                 :  239200000 :           tk::real d = m_k[i] * y * yn * dt;
     178         [ +  + ]:  239200000 :           if (d < 0.0) d = 0.0;
     179                 :  239200000 :           d = std::sqrt( d );
     180                 :  239200000 :           auto dy = 0.5*m_b[i]*( m_S[i]*yn - (1.0-m_S[i])*y )*dt + d*dW[i];
     181                 :  239200000 :           y += dy;
     182                 :  239200000 :           yn -= dy;
     183                 :            :         }
     184                 :            :         // Compute derived instantaneous variables
     185         [ +  - ]:  119600000 :         derived( particles, p );
     186                 :            :       }
     187                 :            : 
     188                 :       9568 :       feclearexcept( FE_UNDERFLOW );
     189                 :       9568 :       feupdateenv( &fe );
     190                 :       9568 :     }
     191                 :            : 
     192                 :            :   private:
     193                 :            :     //! Offset of particle density in solution array relative to YN
     194                 :            :     static const std::size_t DENSITY_OFFSET = 1;
     195                 :            :     //! Offset of particle specific volume in solution array relative to YN
     196                 :            :     static const std::size_t VOLUME_OFFSET = 2;
     197                 :            : 
     198                 :            :     const ncomp_t m_c;                  //!< Equation system index
     199                 :            :     const char m_depvar;                //!< Dependent variable
     200                 :            :     const ncomp_t m_ncomp;              //!< Number of components, K = N-1
     201                 :            :     const ncomp_t m_offset;             //!< Offset SDE operates from
     202                 :            :     const tk::RNG& m_rng;               //!< Random number generator
     203                 :            :     const ctr::NormalizationType m_norm;//!< Normalization type
     204                 :            : 
     205                 :            :     //! Coefficients
     206                 :            :     std::vector< kw::sde_b::info::expect::type > m_b;
     207                 :            :     std::vector< kw::sde_S::info::expect::type > m_S;
     208                 :            :     std::vector< kw::sde_kappa::info::expect::type > m_kprime;
     209                 :            :     std::vector< kw::sde_kappa::info::expect::type > m_k;
     210                 :            :     std::vector< kw::sde_rho::info::expect::type > m_rho;
     211                 :            :     std::vector< kw::sde_r::info::expect::type > m_r;
     212                 :            : 
     213                 :            :     //! Coefficients policy
     214                 :            :     Coefficients coeff;
     215                 :            : 
     216                 :            :     //! \brief Return density for mass fractions
     217                 :            :     //! \details This function returns the instantaneous density, rho,
     218                 :            :     //!   based on the multiple mass fractions, Y_c.
     219                 :            :     //! \param[in] particles Array of particle properties
     220                 :            :     //! \param[in] p Particle index
     221                 :            :     //! \return Instantaneous value of the density, rho
     222                 :            :     //! \details This is computed based 1/rho = sum_{i=1}^N Y_i/R_i, where R_i
     223                 :            :     //!   are the constant pure-fluid densities and the Y_i are the mass
     224                 :            :     //!   fractions, of the N materials.
     225                 :  120000000 :     tk::real rho( const tk::Particles& particles, ncomp_t p ) const {
     226                 :            :       // start computing density
     227                 :  120000000 :       tk::real d = 0.0;
     228         [ +  + ]:  480000000 :       for (ncomp_t i=0; i<m_ncomp+1; ++i)
     229                 :  360000000 :         d += particles( p, i, m_offset ) / m_rho[i];
     230                 :            :       // return particle density
     231                 :  120000000 :       return 1.0/d;
     232                 :            :     }
     233                 :            : 
     234                 :            :     //! Compute instantaneous values derived from particle mass fractions
     235                 :            :     //! \param[in,out] particles Particle properties array
     236                 :            :     //! \param[in] p Particle index
     237                 :  120000000 :     void derived( tk::Particles& particles, ncomp_t p ) const {
     238                 :            :       // compute instantaneous fluid-density based on particle mass fractions
     239                 :  120000000 :       auto density = rho( particles, p );
     240                 :            :       //// Compute and store instantaneous density
     241                 :  120000000 :       particles( p, m_ncomp+DENSITY_OFFSET, m_offset ) = density;
     242                 :            :       // Store instantaneous specific volume
     243                 :  120000000 :       particles( p, m_ncomp+VOLUME_OFFSET, m_offset ) = 1.0/density;
     244                 :  120000000 :     }
     245                 :            : 
     246                 :            : };
     247                 :            : 
     248                 :            : } // walker::
     249                 :            : 
     250                 :            : #endif // MixDirichlet_h

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