Quinoa all test code coverage report
Current view: top level - PDE - Reconstruction.cpp (source / functions) Hit Total Coverage
Commit: -128-NOTFOUND Lines: 191 297 64.3 %
Date: 2024-11-08 10:37:44 Functions: 6 10 60.0 %
Legend: Lines: hit not hit | Branches: + taken - not taken # not executed Branches: 140 324 43.2 %

           Branch data     Line data    Source code
       1                 :            : // *****************************************************************************
       2                 :            : /*!
       3                 :            :   \file      src/PDE/Reconstruction.cpp
       4                 :            :   \copyright 2012-2015 J. Bakosi,
       5                 :            :              2016-2018 Los Alamos National Security, LLC.,
       6                 :            :              2019-2021 Triad National Security, LLC.
       7                 :            :              All rights reserved. See the LICENSE file for details.
       8                 :            :   \brief     Reconstruction for reconstructed discontinuous Galerkin methods
       9                 :            :   \details   This file contains functions that reconstruct an "n"th order
      10                 :            :     polynomial to an "n+1"th order polynomial using a least-squares
      11                 :            :     reconstruction procedure.
      12                 :            : */
      13                 :            : // *****************************************************************************
      14                 :            : 
      15                 :            : #include <array>
      16                 :            : #include <vector>
      17                 :            : #include <iostream>
      18                 :            : #include <iomanip>
      19                 :            : 
      20                 :            : #include "Vector.hpp"
      21                 :            : #include "Around.hpp"
      22                 :            : #include "Base/HashMapReducer.hpp"
      23                 :            : #include "Reconstruction.hpp"
      24                 :            : #include "MultiMat/MultiMatIndexing.hpp"
      25                 :            : #include "Inciter/InputDeck/InputDeck.hpp"
      26                 :            : #include "Limiter.hpp"
      27                 :            : 
      28                 :            : namespace inciter {
      29                 :            : extern ctr::InputDeck g_inputdeck;
      30                 :            : }
      31                 :            : 
      32                 :            : namespace tk {
      33                 :            : 
      34                 :            : void
      35                 :    1775600 : recoLeastSqExtStencil(
      36                 :            :   std::size_t rdof,
      37                 :            :   std::size_t e,
      38                 :            :   const std::map< std::size_t, std::vector< std::size_t > >& esup,
      39                 :            :   const std::vector< std::size_t >& inpoel,
      40                 :            :   const Fields& geoElem,
      41                 :            :   Fields& W,
      42                 :            :   const std::vector< std::size_t >& varList )
      43                 :            : // *****************************************************************************
      44                 :            : //  \brief Reconstruct the second-order solution using least-squares approach
      45                 :            : //    from an extended stencil involving the node-neighbors
      46                 :            : //! \param[in] rdof Maximum number of reconstructed degrees of freedom
      47                 :            : //! \param[in] e Element whoes solution is being reconstructed
      48                 :            : //! \param[in] esup Elements surrounding points
      49                 :            : //! \param[in] inpoel Element-node connectivity
      50                 :            : //! \param[in] geoElem Element geometry array
      51                 :            : //! \param[in,out] W Solution vector to be reconstructed at recent time step
      52                 :            : //! \param[in] varList List of indices in W, that need to be reconstructed
      53                 :            : //! \details A second-order (piecewise linear) solution polynomial is obtained
      54                 :            : //!   from the first-order (piecewise constant) FV solutions by using a
      55                 :            : //!   least-squares (LS) reconstruction process. This LS reconstruction function
      56                 :            : //!   using the nodal-neighbors of a cell, to get an overdetermined system of
      57                 :            : //!   equations for the derivatives of the solution. This overdetermined system
      58                 :            : //!   is solved in the least-squares sense using the normal equations approach.
      59                 :            : // *****************************************************************************
      60                 :            : {
      61                 :            :   // lhs matrix
      62                 :            :   std::array< std::array< tk::real, 3 >, 3 >
      63                 :    1775600 :     lhs_ls( {{ {{0.0, 0.0, 0.0}},
      64                 :            :                {{0.0, 0.0, 0.0}},
      65                 :            :                {{0.0, 0.0, 0.0}} }} );
      66                 :            :   // rhs matrix
      67                 :            :   std::vector< std::array< tk::real, 3 > >
      68                 :    1775600 :   rhs_ls( varList.size(), {{ 0.0, 0.0, 0.0 }} );
      69                 :            : 
      70                 :            :   // loop over all nodes of the element e
      71         [ +  + ]:    8878000 :   for (std::size_t lp=0; lp<4; ++lp)
      72                 :            :   {
      73                 :    7102400 :     auto p = inpoel[4*e+lp];
      74                 :            :     const auto& pesup = cref_find(esup, p);
      75                 :            : 
      76                 :            :     // loop over all the elements surrounding this node p
      77         [ +  + ]:  119404400 :     for (auto er : pesup)
      78                 :            :     {
      79                 :            :       // centroid distance
      80                 :  112302000 :       std::array< real, 3 > wdeltax{{ geoElem(er,1)-geoElem(e,1),
      81                 :  112302000 :                                       geoElem(er,2)-geoElem(e,2),
      82                 :  112302000 :                                       geoElem(er,3)-geoElem(e,3) }};
      83                 :            : 
      84                 :            :       // contribute to lhs matrix
      85         [ +  + ]:  449208000 :       for (std::size_t idir=0; idir<3; ++idir)
      86         [ +  + ]: 1347624000 :         for (std::size_t jdir=0; jdir<3; ++jdir)
      87                 : 1010718000 :           lhs_ls[idir][jdir] += wdeltax[idir] * wdeltax[jdir];
      88                 :            : 
      89                 :            :       // compute rhs matrix
      90         [ +  + ]:  657567000 :       for (std::size_t i=0; i<varList.size(); i++)
      91                 :            :       {
      92                 :  545265000 :         auto mark = varList[i]*rdof;
      93         [ +  + ]: 2181060000 :         for (std::size_t idir=0; idir<3; ++idir)
      94                 : 1635795000 :           rhs_ls[i][idir] +=
      95                 : 1635795000 :             wdeltax[idir] * (W(er,mark)-W(e,mark));
      96                 :            : 
      97                 :            :       }
      98                 :            :     }
      99                 :            :   }
     100                 :            : 
     101                 :            :   // solve least-square normal equation system using Cramer's rule
     102         [ +  + ]:   10378280 :   for (std::size_t i=0; i<varList.size(); i++)
     103                 :            :   {
     104                 :    8602680 :     auto mark = varList[i]*rdof;
     105                 :            : 
     106                 :    8602680 :     auto ux = tk::cramer( lhs_ls, rhs_ls[i] );
     107                 :            : 
     108                 :            :     // Update the P1 dofs with the reconstructioned gradients.
     109                 :            :     // Since this reconstruction does not affect the cell-averaged solution,
     110                 :            :     // W(e,mark+0) is unchanged.
     111                 :    8602680 :     W(e,mark+1) = ux[0];
     112                 :    8602680 :     W(e,mark+2) = ux[1];
     113                 :    8602680 :     W(e,mark+3) = ux[2];
     114                 :            :   }
     115                 :    1775600 : }
     116                 :            : 
     117                 :            : void
     118                 :    1775600 : transform_P0P1( std::size_t rdof,
     119                 :            :                 std::size_t e,
     120                 :            :                 const std::vector< std::size_t >& inpoel,
     121                 :            :                 const UnsMesh::Coords& coord,
     122                 :            :                 Fields& W,
     123                 :            :                 const std::vector< std::size_t >& varList )
     124                 :            : // *****************************************************************************
     125                 :            : //  Transform the reconstructed P1-derivatives to the Dubiner dofs
     126                 :            : //! \param[in] rdof Total number of reconstructed dofs
     127                 :            : //! \param[in] e Element for which reconstruction is being calculated
     128                 :            : //! \param[in] inpoel Element-node connectivity
     129                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
     130                 :            : //! \param[in,out] W Second-order reconstructed vector which gets transformed to
     131                 :            : //!   the Dubiner reference space
     132                 :            : //! \param[in] varList List of indices in W, that need to be reconstructed
     133                 :            : //! \details Since the DG solution (and the primitive quantities) are assumed to
     134                 :            : //!   be stored in the Dubiner space, this transformation from Taylor
     135                 :            : //!   coefficients to Dubiner coefficients is necessary.
     136                 :            : // *****************************************************************************
     137                 :            : {
     138                 :            :   const auto& cx = coord[0];
     139                 :            :   const auto& cy = coord[1];
     140                 :            :   const auto& cz = coord[2];
     141                 :            : 
     142                 :            :   // Extract the element coordinates
     143                 :            :   std::array< std::array< real, 3>, 4 > coordel {{
     144                 :    1775600 :     {{ cx[ inpoel[4*e  ] ], cy[ inpoel[4*e  ] ], cz[ inpoel[4*e  ] ] }},
     145                 :    1775600 :     {{ cx[ inpoel[4*e+1] ], cy[ inpoel[4*e+1] ], cz[ inpoel[4*e+1] ] }},
     146                 :    1775600 :     {{ cx[ inpoel[4*e+2] ], cy[ inpoel[4*e+2] ], cz[ inpoel[4*e+2] ] }},
     147                 :    1775600 :     {{ cx[ inpoel[4*e+3] ], cy[ inpoel[4*e+3] ], cz[ inpoel[4*e+3] ] }}
     148                 :    1775600 :   }};
     149                 :            : 
     150                 :            :   auto jacInv =
     151                 :    1775600 :     tk::inverseJacobian( coordel[0], coordel[1], coordel[2], coordel[3] );
     152                 :            : 
     153                 :            :   // Compute the derivatives of basis function for DG(P1)
     154                 :    1775600 :   auto dBdx = tk::eval_dBdx_p1( rdof, jacInv );
     155                 :            : 
     156         [ +  + ]:   10378280 :   for (std::size_t i=0; i<varList.size(); ++i)
     157                 :            :   {
     158                 :    8602680 :     auto mark = varList[i]*rdof;
     159                 :            : 
     160                 :            :     // solve system using Cramer's rule
     161                 :    8602680 :     auto ux = tk::cramer( {{ {{dBdx[0][1], dBdx[0][2], dBdx[0][3]}},
     162                 :    8602680 :                              {{dBdx[1][1], dBdx[1][2], dBdx[1][3]}},
     163                 :    8602680 :                              {{dBdx[2][1], dBdx[2][2], dBdx[2][3]}} }},
     164                 :    8602680 :                           {{ W(e,mark+1),
     165                 :    8602680 :                              W(e,mark+2),
     166                 :    8602680 :                              W(e,mark+3) }} );
     167                 :            : 
     168                 :            :     // replace physical derivatives with transformed dofs
     169                 :    8602680 :     W(e,mark+1) = ux[0];
     170                 :    8602680 :     W(e,mark+2) = ux[1];
     171                 :    8602680 :     W(e,mark+3) = ux[2];
     172                 :            :   }
     173                 :    1775600 : }
     174                 :            : 
     175                 :            : void
     176                 :    6508700 : THINCReco( std::size_t rdof,
     177                 :            :            std::size_t nmat,
     178                 :            :            std::size_t e,
     179                 :            :            const std::vector< std::size_t >& inpoel,
     180                 :            :            const UnsMesh::Coords& coord,
     181                 :            :            const Fields& geoElem,
     182                 :            :            const std::array< real, 3 >& ref_xp,
     183                 :            :            const Fields& U,
     184                 :            :            const Fields& P,
     185                 :            :            bool intInd,
     186                 :            :            const std::vector< std::size_t >& matInt,
     187                 :            :            [[maybe_unused]] const std::vector< real >& vfmin,
     188                 :            :            [[maybe_unused]] const std::vector< real >& vfmax,
     189                 :            :            std::vector< real >& state )
     190                 :            : // *****************************************************************************
     191                 :            : //  Compute THINC reconstructions at quadrature point for multi-material flows
     192                 :            : //! \param[in] rdof Total number of reconstructed dofs
     193                 :            : //! \param[in] nmat Total number of materials
     194                 :            : //! \param[in] e Element for which interface reconstruction is being calculated
     195                 :            : //! \param[in] inpoel Element-node connectivity
     196                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
     197                 :            : //! \param[in] geoElem Element geometry array
     198                 :            : //! \param[in] ref_xp Quadrature point in reference space
     199                 :            : //! \param[in] U Solution vector
     200                 :            : //! \param[in] P Vector of primitives
     201                 :            : //! \param[in] intInd Boolean which indicates if the element contains a
     202                 :            : //!   material interface
     203                 :            : //! \param[in] matInt Array indicating which material has an interface
     204                 :            : //! \param[in] vfmin Vector containing min volume fractions for each material
     205                 :            : //!   in this cell
     206                 :            : //! \param[in] vfmax Vector containing max volume fractions for each material
     207                 :            : //!   in this cell
     208                 :            : //! \param[in,out] state Unknown/state vector at quadrature point, modified
     209                 :            : //!   if near interfaces using THINC
     210                 :            : //! \details This function is an interface for the multimat PDEs that use the
     211                 :            : //!   algebraic multi-material THINC reconstruction. This particular function
     212                 :            : //!   should only be called for multimat.
     213                 :            : // *****************************************************************************
     214                 :            : {
     215                 :            :   using inciter::volfracDofIdx;
     216                 :            :   using inciter::densityDofIdx;
     217                 :            :   using inciter::momentumDofIdx;
     218                 :            :   using inciter::energyDofIdx;
     219                 :            :   using inciter::pressureDofIdx;
     220                 :            :   using inciter::velocityDofIdx;
     221                 :            :   using inciter::deformDofIdx;
     222                 :            :   using inciter::stressDofIdx;
     223                 :            :   using inciter::volfracIdx;
     224                 :            :   using inciter::densityIdx;
     225                 :            :   using inciter::momentumIdx;
     226                 :            :   using inciter::energyIdx;
     227                 :            :   using inciter::pressureIdx;
     228                 :            :   using inciter::velocityIdx;
     229                 :            :   using inciter::deformIdx;
     230                 :            :   using inciter::stressIdx;
     231                 :            : 
     232                 :            :   auto bparam = inciter::g_inputdeck.get< tag::multimat,
     233                 :    6508700 :     tag::intsharp_param >();
     234                 :    6508700 :   const auto ncomp = U.nprop()/rdof;
     235                 :            :   const auto& solidx = inciter::g_inputdeck.get< tag::matidxmap,
     236                 :            :     tag::solidx >();
     237                 :            : 
     238                 :            :   // Step-1: Perform THINC reconstruction
     239                 :            :   // create a vector of volume-fractions and pass it to the THINC function
     240                 :    6508700 :   std::vector< real > alSol(rdof*nmat, 0.0);
     241 [ +  - ][ -  - ]:    6508700 :   std::vector< real > alReco(nmat, 0.0);
     242         [ +  + ]:   19526100 :   for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
     243                 :   13017400 :     auto mark = k*rdof;
     244         [ +  + ]:   65087000 :     for (std::size_t i=0; i<rdof; ++i) {
     245                 :   52069600 :       alSol[mark+i] = U(e, volfracDofIdx(nmat,k,rdof,i));
     246                 :            :     }
     247                 :            :     // initialize with TVD reconstructions which will be modified if near
     248                 :            :     // material interface
     249                 :   13017400 :     alReco[k] = state[volfracIdx(nmat,k)];
     250                 :            :   }
     251         [ +  - ]:    6508700 :   THINCFunction(rdof, nmat, e, inpoel, coord, ref_xp, geoElem(e,0), bparam,
     252                 :            :     alSol, intInd, matInt, alReco);
     253                 :            : 
     254                 :            :   // check reconstructed volfracs for positivity
     255                 :            :   bool neg_vf = false;
     256         [ +  + ]:   19526100 :   for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
     257 [ -  + ][ -  - ]:   13017400 :     if (alReco[k] < 1e-16 && matInt[k] > 0) neg_vf = true;
     258                 :            :   }
     259         [ +  + ]:   19526100 :   for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
     260         [ -  + ]:   13017400 :     if (neg_vf) {
     261                 :            :       std::cout << "Material-id:        " << k << std::endl;
     262         [ -  - ]:          0 :       std::cout << "Volume-fraction:    " << std::setprecision(18) << alReco[k]
     263                 :            :         << std::endl;
     264                 :            :       std::cout << "Cell-avg vol-frac:  " << std::setprecision(18) <<
     265         [ -  - ]:          0 :         U(e,volfracDofIdx(nmat,k,rdof,0)) << std::endl;
     266                 :            :       std::cout << "Material-interface? " << intInd << std::endl;
     267         [ -  - ]:          0 :       std::cout << "Mat-k-involved?     " << matInt[k] << std::endl;
     268                 :            :     }
     269                 :            :   }
     270 [ -  + ][ -  - ]:    6508700 :   if (neg_vf) Throw("Material has negative volume fraction after THINC "
         [ -  - ][ -  - ]
         [ -  - ][ -  - ]
                 [ -  - ]
     271                 :            :     "reconstruction.");
     272                 :            : 
     273                 :            :   // Step-2: Perform consistent reconstruction on other conserved quantities
     274         [ +  + ]:    6508700 :   if (intInd)
     275                 :            :   {
     276                 :            :     auto rhobCC(0.0), rhobHO(0.0);
     277         [ +  + ]:     898842 :     for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
     278                 :            :     {
     279                 :     599228 :       auto alCC = U(e, volfracDofIdx(nmat,k,rdof,0));
     280         [ +  - ]:     599228 :       alCC = std::max(1e-14, alCC);
     281                 :            : 
     282         [ +  - ]:     599228 :       if (matInt[k])
     283                 :            :       {
     284         [ -  + ]:     599228 :         state[volfracIdx(nmat,k)] = alReco[k];
     285                 :     599228 :         state[densityIdx(nmat,k)] = alReco[k]
     286         [ -  + ]:     599228 :           * U(e, densityDofIdx(nmat,k,rdof,0))/alCC;
     287                 :     599228 :         state[energyIdx(nmat,k)] = alReco[k]
     288         [ -  + ]:     599228 :           * U(e, energyDofIdx(nmat,k,rdof,0))/alCC;
     289                 :     599228 :         state[ncomp+pressureIdx(nmat,k)] = alReco[k]
     290                 :     599228 :           * P(e, pressureDofIdx(nmat,k,rdof,0))/alCC;
     291         [ -  + ]:     599228 :         if (solidx[k] > 0) {
     292         [ -  - ]:          0 :           for (std::size_t i=0; i<3; ++i)
     293         [ -  - ]:          0 :             for (std::size_t j=0; j<3; ++j)
     294                 :          0 :               state[deformIdx(nmat,solidx[k],i,j)] =
     295                 :          0 :                 U(e, deformDofIdx(nmat,solidx[k],i,j,rdof,0));
     296                 :            : 
     297         [ -  - ]:          0 :           for (std::size_t i=0; i<6; ++i)
     298                 :          0 :             state[ncomp+stressIdx(nmat,solidx[k],i)] = alReco[k]
     299                 :          0 :               * P(e, stressDofIdx(nmat,solidx[k],i,rdof,0))/alCC;
     300                 :            :         }
     301                 :            :       }
     302                 :            : 
     303                 :     599228 :       rhobCC += U(e, densityDofIdx(nmat,k,rdof,0));
     304                 :     599228 :       rhobHO += state[densityIdx(nmat,k)];
     305                 :            :     }
     306                 :            : 
     307                 :            :     // consistent reconstruction for bulk momentum
     308         [ +  + ]:    1198456 :     for (std::size_t i=0; i<3; ++i)
     309                 :            :     {
     310                 :     898842 :       state[momentumIdx(nmat,i)] = rhobHO
     311                 :     898842 :         * U(e, momentumDofIdx(nmat,i,rdof,0))/rhobCC;
     312                 :     898842 :       state[ncomp+velocityIdx(nmat,i)] =
     313                 :     898842 :         P(e, velocityDofIdx(nmat,i,rdof,0));
     314                 :            :     }
     315                 :            :   }
     316                 :    6508700 : }
     317                 :            : 
     318                 :            : void
     319                 :          0 : THINCRecoTransport( std::size_t rdof,
     320                 :            :                     std::size_t,
     321                 :            :                     std::size_t e,
     322                 :            :                     const std::vector< std::size_t >& inpoel,
     323                 :            :                     const UnsMesh::Coords& coord,
     324                 :            :                     const Fields& geoElem,
     325                 :            :                     const std::array< real, 3 >& ref_xp,
     326                 :            :                     const Fields& U,
     327                 :            :                     const Fields&,
     328                 :            :                     [[maybe_unused]] const std::vector< real >& vfmin,
     329                 :            :                     [[maybe_unused]] const std::vector< real >& vfmax,
     330                 :            :                     std::vector< real >& state )
     331                 :            : // *****************************************************************************
     332                 :            : //  Compute THINC reconstructions at quadrature point for transport
     333                 :            : //! \param[in] rdof Total number of reconstructed dofs
     334                 :            : //! \param[in] e Element for which interface reconstruction is being calculated
     335                 :            : //! \param[in] inpoel Element-node connectivity
     336                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
     337                 :            : //! \param[in] geoElem Element geometry array
     338                 :            : //! \param[in] ref_xp Quadrature point in reference space
     339                 :            : //! \param[in] U Solution vector
     340                 :            : //! \param[in] vfmin Vector containing min volume fractions for each material
     341                 :            : //!   in this cell
     342                 :            : //! \param[in] vfmax Vector containing max volume fractions for each material
     343                 :            : //!   in this cell
     344                 :            : //! \param[in,out] state Unknown/state vector at quadrature point, modified
     345                 :            : //!   if near interfaces using THINC
     346                 :            : //! \details This function is an interface for the transport PDEs that use the
     347                 :            : //!   algebraic multi-material THINC reconstruction. This particular function
     348                 :            : //!   should only be called for transport.
     349                 :            : // *****************************************************************************
     350                 :            : {
     351                 :            :   auto bparam = inciter::g_inputdeck.get< tag::transport,
     352                 :          0 :     tag::intsharp_param >();
     353                 :          0 :   auto ncomp = U.nprop()/rdof;
     354                 :            : 
     355                 :            :   // interface detection
     356                 :          0 :   std::vector< std::size_t > matInt(ncomp, 0);
     357 [ -  - ][ -  - ]:          0 :   std::vector< tk::real > alAvg(ncomp, 0.0);
     358         [ -  - ]:          0 :   for (std::size_t k=0; k<ncomp; ++k)
     359                 :          0 :     alAvg[k] = U(e, k*rdof);
     360         [ -  - ]:          0 :   auto intInd = inciter::interfaceIndicator(ncomp, alAvg, matInt);
     361                 :            : 
     362                 :            :   // create a vector of volume-fractions and pass it to the THINC function
     363 [ -  - ][ -  - ]:          0 :   std::vector< real > alSol(rdof*ncomp, 0.0);
     364                 :            :   // initialize with TVD reconstructions (modified if near interface)
     365         [ -  - ]:          0 :   auto alReco = state;
     366         [ -  - ]:          0 :   for (std::size_t k=0; k<ncomp; ++k) {
     367                 :          0 :     auto mark = k*rdof;
     368         [ -  - ]:          0 :     for (std::size_t i=0; i<rdof; ++i) {
     369                 :          0 :       alSol[mark+i] = U(e,mark+i);
     370                 :            :     }
     371                 :            :   }
     372         [ -  - ]:          0 :   THINCFunction(rdof, ncomp, e, inpoel, coord, ref_xp, geoElem(e,0), bparam,
     373                 :            :     alSol, intInd, matInt, alReco);
     374                 :            : 
     375         [ -  - ]:          0 :   state = alReco;
     376                 :          0 : }
     377                 :            : 
     378                 :            : void
     379                 :    6508700 : THINCFunction( std::size_t rdof,
     380                 :            :                std::size_t nmat,
     381                 :            :                std::size_t e,
     382                 :            :                const std::vector< std::size_t >& inpoel,
     383                 :            :                const UnsMesh::Coords& coord,
     384                 :            :                const std::array< real, 3 >& ref_xp,
     385                 :            :                real vol,
     386                 :            :                real bparam,
     387                 :            :                const std::vector< real >& alSol,
     388                 :            :                bool intInd,
     389                 :            :                const std::vector< std::size_t >& matInt,
     390                 :            :                std::vector< real >& alReco )
     391                 :            : // *****************************************************************************
     392                 :            : //  Old version of the Multi-Medium THINC reconstruction function
     393                 :            : //! \param[in] rdof Total number of reconstructed dofs
     394                 :            : //! \param[in] nmat Total number of materials
     395                 :            : //! \param[in] e Element for which interface reconstruction is being calculated
     396                 :            : //! \param[in] inpoel Element-node connectivity
     397                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
     398                 :            : //! \param[in] ref_xp Quadrature point in reference space
     399                 :            : //! \param[in] vol Element volume
     400                 :            : //! \param[in] bparam User specified Beta for THINC, from the input file
     401                 :            : //! \param[in] alSol Volume fraction solution vector for element e
     402                 :            : //! \param[in] intInd Interface indicator, true if e is interface element
     403                 :            : //! \param[in] matInt Vector indicating materials which constitute interface
     404                 :            : //! \param[in,out] alReco Unknown/state vector at quadrature point, which gets
     405                 :            : //!   modified if near interface using MM-THINC
     406                 :            : //! \details This function computes the interface reconstruction using the
     407                 :            : //!   algebraic multi-material THINC reconstruction for each material at the
     408                 :            : //!   given (ref_xp) quadrature point. This function is based on the following:
     409                 :            : //!   Pandare A. K., Waltz J., & Bakosi J. (2021) Multi-Material Hydrodynamics
     410                 :            : //!   with Algebraic Sharp Interface Capturing. Computers & Fluids,
     411                 :            : //!   doi: https://doi.org/10.1016/j.compfluid.2020.104804.
     412                 :            : //!   This function will be removed after the newer version (see
     413                 :            : //!   THINCFunction_new) is sufficiently tested.
     414                 :            : // *****************************************************************************
     415                 :            : {
     416                 :            :   // determine number of materials with interfaces in this cell
     417                 :    6508700 :   auto epsl(1e-4), epsh(1e-1), bred(1.25), bmod(bparam);
     418                 :            :   std::size_t nIntMat(0);
     419         [ +  + ]:   19526100 :   for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
     420                 :            :   {
     421         [ +  + ]:   13017400 :     auto alk = alSol[k*rdof];
     422         [ +  + ]:   13017400 :     if (alk > epsl)
     423                 :            :     {
     424                 :    6754951 :       ++nIntMat;
     425         [ +  + ]:    6754951 :       if ((alk > epsl) && (alk < epsh))
     426                 :     185863 :         bmod = std::min(bmod,
     427         [ +  + ]:     306026 :           (alk-epsl)/(epsh-epsl) * (bred - bparam) + bparam);
     428         [ +  - ]:    6569088 :       else if (alk > epsh)
     429                 :    6569088 :         bmod = bred;
     430                 :            :     }
     431                 :            :   }
     432                 :            : 
     433         [ -  + ]:    6508700 :   if (nIntMat > 2) bparam = bmod;
     434                 :            : 
     435                 :            :   // compression parameter
     436                 :    6508700 :   auto beta = bparam/std::cbrt(6.0*vol);
     437                 :            : 
     438         [ +  + ]:    6508700 :   if (intInd)
     439                 :            :   {
     440                 :            :     // 1. Get unit normals to material interface
     441                 :            : 
     442                 :            :     // Compute Jacobian matrix for converting Dubiner dofs to derivatives
     443                 :            :     const auto& cx = coord[0];
     444                 :            :     const auto& cy = coord[1];
     445                 :            :     const auto& cz = coord[2];
     446                 :            : 
     447                 :            :     std::array< std::array< real, 3>, 4 > coordel {{
     448                 :     299614 :       {{ cx[ inpoel[4*e  ] ], cy[ inpoel[4*e  ] ], cz[ inpoel[4*e  ] ] }},
     449                 :     299614 :       {{ cx[ inpoel[4*e+1] ], cy[ inpoel[4*e+1] ], cz[ inpoel[4*e+1] ] }},
     450                 :     299614 :       {{ cx[ inpoel[4*e+2] ], cy[ inpoel[4*e+2] ], cz[ inpoel[4*e+2] ] }},
     451                 :     299614 :       {{ cx[ inpoel[4*e+3] ], cy[ inpoel[4*e+3] ], cz[ inpoel[4*e+3] ] }}
     452                 :     299614 :     }};
     453                 :            : 
     454                 :            :     auto jacInv =
     455                 :     299614 :       tk::inverseJacobian( coordel[0], coordel[1], coordel[2], coordel[3] );
     456                 :            : 
     457         [ +  - ]:     299614 :     auto dBdx = tk::eval_dBdx_p1( rdof, jacInv );
     458                 :            : 
     459                 :            :     std::array< real, 3 > nInt;
     460 [ -  + ][ -  - ]:     299614 :     std::vector< std::array< real, 3 > > ref_n(nmat, {{0.0, 0.0, 0.0}});
     461                 :            : 
     462                 :            :     // Get normals
     463         [ +  + ]:     898842 :     for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
     464                 :            :     {
     465                 :            :       // Get derivatives from moments in Dubiner space
     466         [ +  + ]:    2396912 :       for (std::size_t i=0; i<3; ++i)
     467                 :    1797684 :         nInt[i] = dBdx[i][1] * alSol[k*rdof+1]
     468                 :    1797684 :           + dBdx[i][2] * alSol[k*rdof+2]
     469                 :    1797684 :           + dBdx[i][3] * alSol[k*rdof+3];
     470                 :            : 
     471                 :     599228 :       auto nMag = std::sqrt(tk::dot(nInt, nInt)) + 1e-14;
     472                 :            : 
     473         [ +  + ]:    2396912 :       for (std::size_t i=0; i<3; ++i)
     474                 :    1797684 :         nInt[i] /= nMag;
     475                 :            : 
     476                 :            :       // project interface normal onto local/reference coordinate system
     477         [ +  + ]:    2396912 :       for (std::size_t i=0; i<3; ++i)
     478                 :            :       {
     479                 :            :         std::array< real, 3 > axis{
     480                 :    1797684 :           coordel[i+1][0]-coordel[0][0],
     481                 :    1797684 :           coordel[i+1][1]-coordel[0][1],
     482                 :    1797684 :           coordel[i+1][2]-coordel[0][2] };
     483                 :    1797684 :         ref_n[k][i] = tk::dot(nInt, axis);
     484                 :            :       }
     485                 :            :     }
     486                 :            : 
     487                 :            :     // 2. Reconstruct volume fractions using THINC
     488                 :     299614 :     auto max_lim = 1.0 - (static_cast<tk::real>(nmat-1)*1.0e-12);
     489                 :     299614 :     auto min_lim = 1e-12;
     490                 :            :     auto sum_inter(0.0), sum_non_inter(0.0);
     491         [ +  + ]:     898842 :     for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
     492                 :            :     {
     493         [ +  - ]:     599228 :       if (matInt[k])
     494                 :            :       {
     495                 :            :         // get location of material interface (volume fraction 0.5) from the
     496                 :            :         // assumed tanh volume fraction distribution, and cell-averaged
     497                 :            :         // volume fraction
     498         [ +  + ]:     599228 :         auto alCC(alSol[k*rdof]);
     499                 :            :         auto Ac(0.0), Bc(0.0), Qc(0.0);
     500         [ +  + ]:     599228 :         if ((std::abs(ref_n[k][0]) > std::abs(ref_n[k][1]))
     501 [ +  + ][ +  + ]:     599228 :           && (std::abs(ref_n[k][0]) > std::abs(ref_n[k][2])))
     502                 :            :         {
     503                 :     245734 :           Ac = std::exp(0.5*beta*ref_n[k][0]);
     504                 :     245734 :           Bc = std::exp(0.5*beta*(ref_n[k][1]+ref_n[k][2]));
     505                 :     245734 :           Qc = std::exp(0.5*beta*ref_n[k][0]*(2.0*alCC-1.0));
     506                 :            :         }
     507                 :            :         else if ((std::abs(ref_n[k][1]) > std::abs(ref_n[k][0]))
     508 [ +  + ][ +  + ]:     353494 :           && (std::abs(ref_n[k][1]) > std::abs(ref_n[k][2])))
     509                 :            :         {
     510                 :     262586 :           Ac = std::exp(0.5*beta*ref_n[k][1]);
     511                 :     262586 :           Bc = std::exp(0.5*beta*(ref_n[k][0]+ref_n[k][2]));
     512                 :     262586 :           Qc = std::exp(0.5*beta*ref_n[k][1]*(2.0*alCC-1.0));
     513                 :            :         }
     514                 :            :         else
     515                 :            :         {
     516                 :      90908 :           Ac = std::exp(0.5*beta*ref_n[k][2]);
     517                 :      90908 :           Bc = std::exp(0.5*beta*(ref_n[k][0]+ref_n[k][1]));
     518                 :      90908 :           Qc = std::exp(0.5*beta*ref_n[k][2]*(2.0*alCC-1.0));
     519                 :            :         }
     520                 :     599228 :         auto d = std::log((1.0-Ac*Qc) / (Ac*Bc*(Qc-Ac))) / (2.0*beta);
     521                 :            : 
     522                 :            :         // THINC reconstruction
     523         [ +  - ]:     599228 :         auto al_c = 0.5 * (1.0 + std::tanh(beta*(tk::dot(ref_n[k], ref_xp) + d)));
     524                 :            : 
     525                 :     599228 :         alReco[k] = std::min(max_lim, std::max(min_lim, al_c));
     526                 :            : 
     527                 :     599228 :         sum_inter += alReco[k];
     528                 :            :       } else
     529                 :            :       {
     530                 :          0 :         sum_non_inter += alReco[k];
     531                 :            :       }
     532                 :            :       // else, if this material does not have an interface close-by, the TVD
     533                 :            :       // reconstructions must be used for state variables. This is ensured by
     534                 :            :       // initializing the alReco vector as the TVD state.
     535                 :            :     }
     536                 :            : 
     537                 :            :     // Rescale volume fractions of interface-materials to ensure unit sum
     538                 :     299614 :     auto sum_rest = 1.0 - sum_non_inter;
     539         [ +  + ]:     898842 :     for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
     540         [ +  - ]:     599228 :       if(matInt[k])
     541                 :     599228 :         alReco[k] = alReco[k] * sum_rest / sum_inter;
     542                 :            :   }
     543                 :    6508700 : }
     544                 :            : 
     545                 :            : void
     546                 :          0 : THINCFunction_new( std::size_t rdof,
     547                 :            :                    std::size_t nmat,
     548                 :            :                    std::size_t e,
     549                 :            :                    const std::vector< std::size_t >& inpoel,
     550                 :            :                    const UnsMesh::Coords& coord,
     551                 :            :                    const std::array< real, 3 >& ref_xp,
     552                 :            :                    real vol,
     553                 :            :                    real bparam,
     554                 :            :                    const std::vector< real >& alSol,
     555                 :            :                    bool intInd,
     556                 :            :                    const std::vector< std::size_t >& matInt,
     557                 :            :                    std::vector< real >& alReco )
     558                 :            : // *****************************************************************************
     559                 :            : //  New Multi-Medium THINC reconstruction function for volume fractions
     560                 :            : //! \param[in] rdof Total number of reconstructed dofs
     561                 :            : //! \param[in] nmat Total number of materials
     562                 :            : //! \param[in] e Element for which interface reconstruction is being calculated
     563                 :            : //! \param[in] inpoel Element-node connectivity
     564                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
     565                 :            : //! \param[in] ref_xp Quadrature point in reference space
     566                 :            : //! \param[in] vol Element volume
     567                 :            : //! \param[in] bparam User specified Beta for THINC, from the input file
     568                 :            : //! \param[in] alSol Volume fraction solution vector for element e
     569                 :            : //! \param[in] intInd Interface indicator, true if e is interface element
     570                 :            : //! \param[in] matInt Vector indicating materials which constitute interface
     571                 :            : //! \param[in,out] alReco Unknown/state vector at quadrature point, which gets
     572                 :            : //!   modified if near interface using MM-THINC
     573                 :            : //! \details This function computes the interface reconstruction using the
     574                 :            : //!   algebraic multi-material THINC reconstruction for each material at the
     575                 :            : //!   given (ref_xp) quadrature point. This function succeeds the older version
     576                 :            : //!   of the mm-THINC (see THINCFunction), but is still under testing and is
     577                 :            : //!   currently experimental.
     578                 :            : // *****************************************************************************
     579                 :            : {
     580                 :            :   // compression parameter
     581                 :          0 :   auto beta = bparam/std::cbrt(6.0*vol);
     582                 :            : 
     583                 :            :   // If the cell is not material interface, return this function
     584         [ -  - ]:          0 :   if (not intInd) return;
     585                 :            : 
     586                 :            :   // If the cell is material interface, THINC reconstruction is applied
     587                 :            :   // Step 1. Get unit normals to material interface
     588                 :            :   // -------------------------------------------------------------------------
     589                 :            : 
     590                 :            :   // Compute Jacobian matrix for converting Dubiner dofs to derivatives
     591                 :            :   const auto& cx = coord[0];
     592                 :            :   const auto& cy = coord[1];
     593                 :            :   const auto& cz = coord[2];
     594                 :            : 
     595                 :            :   std::array< std::array< real, 3>, 4 > coordel {{
     596                 :          0 :     {{ cx[ inpoel[4*e  ] ], cy[ inpoel[4*e  ] ], cz[ inpoel[4*e  ] ] }},
     597                 :          0 :     {{ cx[ inpoel[4*e+1] ], cy[ inpoel[4*e+1] ], cz[ inpoel[4*e+1] ] }},
     598                 :          0 :     {{ cx[ inpoel[4*e+2] ], cy[ inpoel[4*e+2] ], cz[ inpoel[4*e+2] ] }},
     599                 :          0 :     {{ cx[ inpoel[4*e+3] ], cy[ inpoel[4*e+3] ], cz[ inpoel[4*e+3] ] }}
     600                 :          0 :   }};
     601                 :            : 
     602                 :            :   auto jacInv =
     603                 :          0 :     tk::inverseJacobian( coordel[0], coordel[1], coordel[2], coordel[3] );
     604                 :            : 
     605                 :          0 :   auto dBdx = tk::eval_dBdx_p1( rdof, jacInv );
     606                 :            : 
     607                 :            :   std::array< real, 3 > nInt;
     608                 :          0 :   std::array< real, 3 > ref_n{0.0, 0.0, 0.0};
     609                 :            :   auto almax(0.0);
     610                 :            :   std::size_t kmax(0);
     611                 :            : 
     612                 :            :   // Determine index of material present in majority
     613         [ -  - ]:          0 :   for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
     614                 :            :   {
     615         [ -  - ]:          0 :     auto alk = alSol[k*rdof];
     616         [ -  - ]:          0 :     if (alk > almax)
     617                 :            :     {
     618                 :            :       almax = alk;
     619                 :            :       kmax = k;
     620                 :            :     }
     621                 :            :   }
     622                 :            : 
     623                 :            :   // Get normals of material present in majority
     624                 :            :   // Get derivatives from moments in Dubiner space
     625         [ -  - ]:          0 :   for (std::size_t i=0; i<3; ++i)
     626                 :          0 :     nInt[i] = dBdx[i][1] * alSol[kmax*rdof+1]
     627                 :          0 :       + dBdx[i][2] * alSol[kmax*rdof+2]
     628                 :          0 :       + dBdx[i][3] * alSol[kmax*rdof+3];
     629                 :            : 
     630                 :          0 :   auto nMag = std::sqrt(tk::dot(nInt, nInt)) + 1e-14;
     631                 :            : 
     632         [ -  - ]:          0 :   for (std::size_t i=0; i<3; ++i)
     633                 :          0 :     nInt[i] /= nMag;
     634                 :            : 
     635                 :            :   // project interface normal onto local/reference coordinate system
     636         [ -  - ]:          0 :   for (std::size_t i=0; i<3; ++i)
     637                 :            :   {
     638                 :            :     std::array< real, 3 > axis{
     639                 :          0 :       coordel[i+1][0]-coordel[0][0],
     640                 :          0 :       coordel[i+1][1]-coordel[0][1],
     641                 :          0 :       coordel[i+1][2]-coordel[0][2] };
     642                 :          0 :     ref_n[i] = tk::dot(nInt, axis);
     643                 :            :   }
     644                 :            : 
     645                 :            :   // Step 2. Reconstruct volume fraction of majority material using THINC
     646                 :            :   // -------------------------------------------------------------------------
     647                 :            : 
     648                 :          0 :   auto al_max = 1.0 - (static_cast<tk::real>(nmat-1)*1.0e-12);
     649                 :          0 :   auto al_min = 1e-12;
     650                 :            :   auto alsum(0.0);
     651                 :            :   // get location of material interface (volume fraction 0.5) from the
     652                 :            :   // assumed tanh volume fraction distribution, and cell-averaged
     653                 :            :   // volume fraction
     654         [ -  - ]:          0 :   auto alCC(alSol[kmax*rdof]);
     655                 :            :   auto Ac(0.0), Bc(0.0), Qc(0.0);
     656         [ -  - ]:          0 :   if ((std::abs(ref_n[0]) > std::abs(ref_n[1]))
     657 [ -  - ][ -  - ]:          0 :     && (std::abs(ref_n[0]) > std::abs(ref_n[2])))
     658                 :            :   {
     659                 :          0 :     Ac = std::exp(0.5*beta*ref_n[0]);
     660                 :          0 :     Bc = std::exp(0.5*beta*(ref_n[1]+ref_n[2]));
     661                 :          0 :     Qc = std::exp(0.5*beta*ref_n[0]*(2.0*alCC-1.0));
     662                 :            :   }
     663                 :            :   else if ((std::abs(ref_n[1]) > std::abs(ref_n[0]))
     664 [ -  - ][ -  - ]:          0 :     && (std::abs(ref_n[1]) > std::abs(ref_n[2])))
     665                 :            :   {
     666                 :          0 :     Ac = std::exp(0.5*beta*ref_n[1]);
     667                 :          0 :     Bc = std::exp(0.5*beta*(ref_n[0]+ref_n[2]));
     668                 :          0 :     Qc = std::exp(0.5*beta*ref_n[1]*(2.0*alCC-1.0));
     669                 :            :   }
     670                 :            :   else
     671                 :            :   {
     672                 :          0 :     Ac = std::exp(0.5*beta*ref_n[2]);
     673                 :          0 :     Bc = std::exp(0.5*beta*(ref_n[0]+ref_n[1]));
     674                 :          0 :     Qc = std::exp(0.5*beta*ref_n[2]*(2.0*alCC-1.0));
     675                 :            :   }
     676         [ -  - ]:          0 :   auto d = std::log((1.0-Ac*Qc) / (Ac*Bc*(Qc-Ac))) / (2.0*beta);
     677                 :            : 
     678                 :            :   // THINC reconstruction
     679         [ -  - ]:          0 :   auto al_c = 0.5 * (1.0 + std::tanh(beta*(tk::dot(ref_n, ref_xp) + d)));
     680                 :            : 
     681                 :          0 :   alReco[kmax] = std::min(al_max, std::max(al_min, al_c));
     682                 :          0 :   alsum += alReco[kmax];
     683                 :            : 
     684                 :            :   // if this material does not have an interface close-by, the TVD
     685                 :            :   // reconstructions must be used for state variables. This is ensured by
     686                 :            :   // initializing the alReco vector as the TVD state.
     687         [ -  - ]:          0 :   for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
     688         [ -  - ]:          0 :     if (!matInt[k]) {
     689                 :          0 :       alsum += alReco[k];
     690                 :            :     }
     691                 :            :   }
     692                 :            : 
     693                 :            :   // Step 3. Do multimaterial cell corrections
     694                 :            :   // -------------------------------------------------------------------------
     695                 :            : 
     696                 :            :   // distribute remaining volume to rest of materials
     697                 :          0 :   auto sum_left = 1.0 - alsum;
     698                 :            :   real den = 0.0;
     699         [ -  - ]:          0 :   for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
     700 [ -  - ][ -  - ]:          0 :     if (matInt[k] && k != kmax) {
     701                 :          0 :       auto mark = k * rdof;
     702                 :          0 :       alReco[k] = sum_left * alSol[mark];
     703                 :          0 :       den += alSol[mark];
     704                 :            :     }
     705                 :            :   }
     706                 :            :   // the distributed volfracs might be below al_min, correct that
     707                 :            :   real err = 0.0;
     708         [ -  - ]:          0 :   for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
     709 [ -  - ][ -  - ]:          0 :     if (matInt[k] && k != kmax) {
     710                 :          0 :       alReco[k] /= den;
     711         [ -  - ]:          0 :       if (alReco[k] < al_min) {
     712                 :          0 :         err += al_min - alReco[k];
     713                 :          0 :         alReco[k] = al_min;
     714                 :            :       }
     715                 :            :     }
     716                 :            :   }
     717                 :            : 
     718                 :            :   // balance out errors
     719                 :          0 :   alReco[kmax] -= err;
     720                 :            : }
     721                 :            : 
     722                 :            : std::vector< tk::real >
     723         [ +  - ]:  181632632 : evalPolynomialSol( const std::vector< inciter::EOS >& mat_blk,
     724                 :            :                    int intsharp,
     725                 :            :                    std::size_t ncomp,
     726                 :            :                    std::size_t nprim,
     727                 :            :                    std::size_t rdof,
     728                 :            :                    std::size_t nmat,
     729                 :            :                    std::size_t e,
     730                 :            :                    std::size_t dof_e,
     731                 :            :                    const std::vector< std::size_t >& inpoel,
     732                 :            :                    const UnsMesh::Coords& coord,
     733                 :            :                    const Fields& geoElem,
     734                 :            :                    const std::array< real, 3 >& ref_gp,
     735                 :            :                    const std::vector< real >& B,
     736                 :            :                    const Fields& U,
     737                 :            :                    const Fields& P )
     738                 :            : // *****************************************************************************
     739                 :            : //  Evaluate polynomial solution at quadrature point
     740                 :            : //! \param[in] mat_blk EOS material block
     741                 :            : //! \param[in] intsharp Interface reconstruction indicator
     742                 :            : //! \param[in] ncomp Number of components in the PDE system
     743                 :            : //! \param[in] nprim Number of primitive quantities
     744                 :            : //! \param[in] rdof Total number of reconstructed dofs
     745                 :            : //! \param[in] nmat Total number of materials
     746                 :            : //! \param[in] e Element for which polynomial solution is being evaluated
     747                 :            : //! \param[in] dof_e Degrees of freedom for element
     748                 :            : //! \param[in] inpoel Element-node connectivity
     749                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
     750                 :            : //! \param[in] geoElem Element geometry array
     751                 :            : //! \param[in] ref_gp Quadrature point in reference space
     752                 :            : //! \param[in] B Basis function at given quadrature point
     753                 :            : //! \param[in] U Solution vector
     754                 :            : //! \param[in] P Vector of primitives
     755                 :            : //! \return High-order unknown/state vector at quadrature point, modified
     756                 :            : //!   if near interfaces using THINC
     757                 :            : // *****************************************************************************
     758                 :            : {
     759                 :            :   std::vector< real > state;
     760                 :            :   std::vector< real > sprim;
     761                 :            : 
     762         [ +  - ]:  181632632 :   state = eval_state( ncomp, rdof, dof_e, e, U, B );
     763         [ +  - ]:  181632632 :   sprim = eval_state( nprim, rdof, dof_e, e, P, B );
     764                 :            : 
     765                 :            :   // interface detection
     766 [ +  - ][ -  - ]:  181632632 :   std::vector< std::size_t > matInt(nmat, 0);
     767                 :            :   bool intInd(false);
     768         [ +  + ]:  181632632 :   if (nmat > 1) {
     769         [ +  - ]:   26152070 :     std::vector< tk::real > alAvg(nmat, 0.0);
     770         [ +  + ]:   84005970 :     for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
     771                 :   57853900 :       alAvg[k] = U(e, inciter::volfracDofIdx(nmat,k,rdof,0));
     772         [ +  - ]:   26152070 :     intInd = inciter::interfaceIndicator(nmat, alAvg, matInt);
     773                 :            :   }
     774                 :            : 
     775                 :            :   // consolidate primitives into state vector
     776         [ +  - ]:  181632632 :   state.insert(state.end(), sprim.begin(), sprim.end());
     777                 :            : 
     778         [ +  + ]:  181632632 :   if (intsharp > 0)
     779                 :            :   {
     780 [ +  - ][ +  - ]:    6205500 :     std::vector< tk::real > vfmax(nmat, 0.0), vfmin(nmat, 0.0);
         [ -  - ][ -  - ]
     781                 :            : 
     782                 :            :     // Until the appropriate setup for activating THINC with Transport
     783                 :            :     // is ready, the following two chunks of code will need to be commented
     784                 :            :     // for using THINC with Transport
     785                 :            :     //for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
     786                 :            :     //  vfmin[k] = VolFracMax(el, 2*k, 0);
     787                 :            :     //  vfmax[k] = VolFracMax(el, 2*k+1, 0);
     788                 :            :     //}
     789         [ +  - ]:    6205500 :     tk::THINCReco(rdof, nmat, e, inpoel, coord, geoElem,
     790                 :            :       ref_gp, U, P, intInd, matInt, vfmin, vfmax, state);
     791                 :            : 
     792                 :            :     // Until the appropriate setup for activating THINC with Transport
     793                 :            :     // is ready, the following lines will need to be uncommented for
     794                 :            :     // using THINC with Transport
     795                 :            :     //tk::THINCRecoTransport(rdof, nmat, el, inpoel, coord,
     796                 :            :     //  geoElem, ref_gp_l, U, P, vfmin, vfmax, state[0]);
     797                 :            :   }
     798                 :            : 
     799                 :            :   // physical constraints
     800         [ +  + ]:  181632632 :   if (state.size() > ncomp) {
     801                 :            :     using inciter::pressureIdx;
     802                 :            :     using inciter::volfracIdx;
     803                 :            :     using inciter::densityIdx;
     804                 :            : 
     805         [ +  + ]:   84005970 :     for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
     806         [ +  - ]:   57853900 :       state[ncomp+pressureIdx(nmat,k)] = constrain_pressure( mat_blk,
     807         [ +  - ]:   57853900 :         state[ncomp+pressureIdx(nmat,k)], state[densityIdx(nmat,k)],
     808         [ +  - ]:   57853900 :         state[volfracIdx(nmat,k)], k );
     809                 :            :     }
     810                 :            :   }
     811                 :            : 
     812                 :  181632632 :   return state;
     813                 :            : }
     814                 :            : 
     815                 :            : std::vector< tk::real >
     816         [ +  - ]:    1278456 : evalFVSol( const std::vector< inciter::EOS >& mat_blk,
     817                 :            :            int intsharp,
     818                 :            :            std::size_t ncomp,
     819                 :            :            std::size_t nprim,
     820                 :            :            std::size_t rdof,
     821                 :            :            std::size_t nmat,
     822                 :            :            std::size_t e,
     823                 :            :            const std::vector< std::size_t >& inpoel,
     824                 :            :            const UnsMesh::Coords& coord,
     825                 :            :            const Fields& geoElem,
     826                 :            :            const std::array< real, 3 >& ref_gp,
     827                 :            :            const std::vector< real >& B,
     828                 :            :            const Fields& U,
     829                 :            :            const Fields& P,
     830                 :            :            int srcFlag )
     831                 :            : // *****************************************************************************
     832                 :            : //  Evaluate second-order FV solution at quadrature point
     833                 :            : //! \param[in] mat_blk EOS material block
     834                 :            : //! \param[in] intsharp Interface reconstruction indicator
     835                 :            : //! \param[in] ncomp Number of components in the PDE system
     836                 :            : //! \param[in] nprim Number of primitive quantities
     837                 :            : //! \param[in] rdof Total number of reconstructed dofs
     838                 :            : //! \param[in] nmat Total number of materials
     839                 :            : //! \param[in] e Element for which polynomial solution is being evaluated
     840                 :            : //! \param[in] inpoel Element-node connectivity
     841                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
     842                 :            : //! \param[in] geoElem Element geometry array
     843                 :            : //! \param[in] ref_gp Quadrature point in reference space
     844                 :            : //! \param[in] B Basis function at given quadrature point
     845                 :            : //! \param[in] U Solution vector
     846                 :            : //! \param[in] P Vector of primitives
     847                 :            : //! \param[in] srcFlag Whether the energy source was added to element e
     848                 :            : //! \return High-order unknown/state vector at quadrature point, modified
     849                 :            : //!   if near interfaces using THINC
     850                 :            : // *****************************************************************************
     851                 :            : {
     852                 :            :   using inciter::pressureIdx;
     853                 :            :   using inciter::velocityIdx;
     854                 :            :   using inciter::volfracIdx;
     855                 :            :   using inciter::densityIdx;
     856                 :            :   using inciter::energyIdx;
     857                 :            :   using inciter::momentumIdx;
     858                 :            : 
     859                 :            :   std::vector< real > state;
     860                 :            :   std::vector< real > sprim;
     861                 :            : 
     862         [ +  - ]:    1278456 :   state = eval_state( ncomp, rdof, rdof, e, U, B );
     863         [ +  - ]:    1278456 :   sprim = eval_state( nprim, rdof, rdof, e, P, B );
     864                 :            : 
     865                 :            :   // interface detection so that eos is called on the appropriate quantities
     866 [ +  - ][ -  - ]:    1278456 :   std::vector< std::size_t > matInt(nmat, 0);
     867 [ +  - ][ -  - ]:    1278456 :   std::vector< tk::real > alAvg(nmat, 0.0);
     868         [ +  + ]:    4072424 :   for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
     869                 :    2793968 :     alAvg[k] = U(e, inciter::volfracDofIdx(nmat,k,rdof,0));
     870         [ +  - ]:    1278456 :   auto intInd = inciter::interfaceIndicator(nmat, alAvg, matInt);
     871                 :            : 
     872                 :            :   // get mat-energy from reconstructed mat-pressure
     873                 :            :   auto rhob(0.0);
     874         [ +  + ]:    4072424 :   for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
     875         [ +  + ]:    2793968 :     auto alk = state[volfracIdx(nmat,k)];
     876         [ +  + ]:    2793968 :     if (matInt[k]) {
     877                 :    1089384 :       alk = std::max(std::min(alk, 1.0-static_cast<tk::real>(nmat-1)*1e-12),
     878         [ +  + ]:    1089384 :         1e-12);
     879                 :            :     }
     880                 :    2793968 :     state[energyIdx(nmat,k)] = alk *
     881         [ +  - ]:    2793968 :       mat_blk[k].compute< inciter::EOS::totalenergy >(
     882         [ +  - ]:    2793968 :       state[densityIdx(nmat,k)]/alk, sprim[velocityIdx(nmat,0)],
     883                 :            :       sprim[velocityIdx(nmat,1)], sprim[velocityIdx(nmat,2)],
     884         [ +  - ]:    2793968 :       sprim[pressureIdx(nmat,k)]/alk);
     885                 :    2793968 :     rhob += state[densityIdx(nmat,k)];
     886                 :            :   }
     887                 :            :   // get momentum from reconstructed velocity and bulk density
     888         [ +  + ]:    5113824 :   for (std::size_t i=0; i<3; ++i) {
     889                 :    3835368 :     state[momentumIdx(nmat,i)] = rhob * sprim[velocityIdx(nmat,i)];
     890                 :            :   }
     891                 :            : 
     892                 :            :   // consolidate primitives into state vector
     893         [ +  - ]:    1278456 :   state.insert(state.end(), sprim.begin(), sprim.end());
     894                 :            : 
     895         [ +  + ]:    1278456 :   if (intsharp > 0 && srcFlag == 0)
     896                 :            :   {
     897 [ +  - ][ +  - ]:     303200 :     std::vector< tk::real > vfmax(nmat, 0.0), vfmin(nmat, 0.0);
         [ -  - ][ -  - ]
     898                 :            : 
     899         [ +  - ]:     303200 :     tk::THINCReco(rdof, nmat, e, inpoel, coord, geoElem,
     900                 :            :       ref_gp, U, P, intInd, matInt, vfmin, vfmax, state);
     901                 :            :   }
     902                 :            : 
     903                 :            :   // physical constraints
     904         [ +  - ]:    1278456 :   if (state.size() > ncomp) {
     905         [ +  + ]:    4072424 :     for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
     906         [ +  - ]:    2793968 :       state[ncomp+pressureIdx(nmat,k)] = constrain_pressure( mat_blk,
     907         [ +  - ]:    2793968 :         state[ncomp+pressureIdx(nmat,k)], state[densityIdx(nmat,k)],
     908         [ +  - ]:    2793968 :         state[volfracIdx(nmat,k)], k );
     909                 :            :     }
     910                 :            :   }
     911                 :            : 
     912                 :    1278456 :   return state;
     913                 :            : }
     914                 :            : 
     915                 :            : void
     916                 :          0 : safeReco( std::size_t rdof,
     917                 :            :           std::size_t nmat,
     918                 :            :           std::size_t el,
     919                 :            :           int er,
     920                 :            :           const Fields& U,
     921                 :            :           std::array< std::vector< real >, 2 >& state )
     922                 :            : // *****************************************************************************
     923                 :            : //  Compute safe reconstructions near material interfaces
     924                 :            : //! \param[in] rdof Total number of reconstructed dofs
     925                 :            : //! \param[in] nmat Total number of material is PDE system
     926                 :            : //! \param[in] el Element on the left-side of face
     927                 :            : //! \param[in] er Element on the right-side of face
     928                 :            : //! \param[in] U Solution vector at recent time-stage
     929                 :            : //! \param[in,out] state Second-order reconstructed state, at cell-face, that
     930                 :            : //!   is being modified for safety
     931                 :            : //! \details When the consistent limiting is applied, there is a possibility
     932                 :            : //!   that the material densities and energies violate TVD bounds. This function
     933                 :            : //!   enforces the TVD bounds locally
     934                 :            : // *****************************************************************************
     935                 :            : {
     936                 :            :   using inciter::densityIdx;
     937                 :            :   using inciter::energyIdx;
     938                 :            :   using inciter::densityDofIdx;
     939                 :            :   using inciter::energyDofIdx;
     940                 :            : 
     941 [ -  - ][ -  - ]:          0 :   if (er < 0) Throw("safe limiting cannot be called for boundary cells");
         [ -  - ][ -  - ]
         [ -  - ][ -  - ]
                 [ -  - ]
     942                 :            : 
     943                 :          0 :   auto eR = static_cast< std::size_t >(er);
     944                 :            : 
     945                 :            :   // define a lambda for the safe limiting
     946                 :          0 :   auto safeLimit = [&]( std::size_t c, real ul, real ur )
     947                 :            :   {
     948                 :            :     // find min/max at the face
     949         [ -  - ]:          0 :     auto uMin = std::min(ul, ur);
     950                 :          0 :     auto uMax = std::max(ul, ur);
     951                 :            : 
     952                 :            :     // left-state limiting
     953         [ -  - ]:          0 :     state[0][c] = std::min(uMax, std::max(uMin, state[0][c]));
     954                 :            : 
     955                 :            :     // right-state limiting
     956         [ -  - ]:          0 :     state[1][c] = std::min(uMax, std::max(uMin, state[1][c]));
     957                 :          0 :   };
     958                 :            : 
     959         [ -  - ]:          0 :   for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
     960                 :            :   {
     961                 :            :     real ul(0.0), ur(0.0);
     962                 :            : 
     963                 :            :     // Density
     964                 :            :     // establish left- and right-hand states
     965                 :          0 :     ul = U(el, densityDofIdx(nmat, k, rdof, 0));
     966                 :          0 :     ur = U(eR, densityDofIdx(nmat, k, rdof, 0));
     967                 :            : 
     968                 :            :     // limit reconstructed density
     969                 :          0 :     safeLimit(densityIdx(nmat,k), ul, ur);
     970                 :            : 
     971                 :            :     // Energy
     972                 :            :     // establish left- and right-hand states
     973                 :          0 :     ul = U(el, energyDofIdx(nmat, k, rdof, 0));
     974                 :          0 :     ur = U(eR, energyDofIdx(nmat, k, rdof, 0));
     975                 :            : 
     976                 :            :     // limit reconstructed energy
     977                 :          0 :     safeLimit(energyIdx(nmat,k), ul, ur);
     978                 :            :   }
     979                 :          0 : }
     980                 :            : 
     981                 :            : } // tk::

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