Quinoa all test code coverage report
Current view: top level - PDE - Limiter.cpp (source / functions) Hit Total Coverage
Commit: -128-NOTFOUND Lines: 602 875 68.8 %
Date: 2024-04-29 14:42:33 Functions: 18 23 78.3 %
Legend: Lines: hit not hit | Branches: + taken - not taken # not executed Branches: 500 1084 46.1 %

           Branch data     Line data    Source code
       1                 :            : // *****************************************************************************
       2                 :            : /*!
       3                 :            :   \file      src/PDE/Limiter.cpp
       4                 :            :   \copyright 2012-2015 J. Bakosi,
       5                 :            :              2016-2018 Los Alamos National Security, LLC.,
       6                 :            :              2019-2021 Triad National Security, LLC.
       7                 :            :              All rights reserved. See the LICENSE file for details.
       8                 :            :   \brief     Limiters for discontiunous Galerkin methods
       9                 :            :   \details   This file contains functions that provide limiter function
      10                 :            :     calculations for maintaining monotonicity near solution discontinuities
      11                 :            :     for the DG discretization.
      12                 :            : */
      13                 :            : // *****************************************************************************
      14                 :            : 
      15                 :            : #include <array>
      16                 :            : #include <vector>
      17                 :            : 
      18                 :            : #include "FaceData.hpp"
      19                 :            : #include "Vector.hpp"
      20                 :            : #include "Limiter.hpp"
      21                 :            : #include "DerivedData.hpp"
      22                 :            : #include "Integrate/Quadrature.hpp"
      23                 :            : #include "Integrate/Basis.hpp"
      24                 :            : #include "Inciter/InputDeck/InputDeck.hpp"
      25                 :            : #include "PrefIndicator.hpp"
      26                 :            : #include "Reconstruction.hpp"
      27                 :            : #include "Integrate/Mass.hpp"
      28                 :            : #include "MultiMat/MiscMultiMatFns.hpp"
      29                 :            : 
      30                 :            : namespace inciter {
      31                 :            : 
      32                 :            : extern ctr::InputDeck g_inputdeck;
      33                 :            : 
      34                 :            : void
      35                 :       6000 : WENO_P1( const std::vector< int >& esuel,
      36                 :            :          tk::Fields& U )
      37                 :            : // *****************************************************************************
      38                 :            : //  Weighted Essentially Non-Oscillatory (WENO) limiter for DGP1
      39                 :            : //! \param[in] esuel Elements surrounding elements
      40                 :            : //! \param[in,out] U High-order solution vector which gets limited
      41                 :            : //! \details This WENO function should be called for transport and compflow
      42                 :            : //! \note This limiter function is experimental and untested. Use with caution.
      43                 :            : // *****************************************************************************
      44                 :            : {
      45                 :       6000 :   const auto rdof = inciter::g_inputdeck.get< tag::rdof >();
      46                 :       6000 :   const auto cweight = inciter::g_inputdeck.get< tag::cweight >();
      47         [ +  - ]:       6000 :   auto nelem = esuel.size()/4;
      48                 :            :   std::array< std::vector< tk::real >, 3 >
      49                 :            :     limU {{ std::vector< tk::real >(nelem),
      50                 :            :             std::vector< tk::real >(nelem),
      51 [ +  - ][ +  - ]:       6000 :             std::vector< tk::real >(nelem) }};
                 [ +  - ]
      52                 :            : 
      53                 :       6000 :   std::size_t ncomp = U.nprop()/rdof;
      54                 :            : 
      55         [ +  + ]:      12000 :   for (inciter::ncomp_t c=0; c<ncomp; ++c)
      56                 :            :   {
      57         [ +  + ]:     552450 :     for (std::size_t e=0; e<nelem; ++e)
      58                 :            :     {
      59         [ -  + ]:     546450 :       WENOLimiting(U, esuel, e, c, rdof, cweight, limU);
      60                 :            :     }
      61                 :            : 
      62                 :       6000 :     auto mark = c*rdof;
      63                 :            : 
      64         [ +  + ]:     552450 :     for (std::size_t e=0; e<nelem; ++e)
      65                 :            :     {
      66                 :     546450 :       U(e, mark+1) = limU[0][e];
      67                 :     546450 :       U(e, mark+2) = limU[1][e];
      68                 :     546450 :       U(e, mark+3) = limU[2][e];
      69                 :            :     }
      70                 :            :   }
      71                 :       6000 : }
      72                 :            : 
      73                 :            : void
      74                 :      21450 : Superbee_P1( const std::vector< int >& esuel,
      75                 :            :              const std::vector< std::size_t >& inpoel,
      76                 :            :              const std::vector< std::size_t >& ndofel,
      77                 :            :              const tk::UnsMesh::Coords& coord,
      78                 :            :              tk::Fields& U )
      79                 :            : // *****************************************************************************
      80                 :            : //  Superbee limiter for DGP1
      81                 :            : //! \param[in] esuel Elements surrounding elements
      82                 :            : //! \param[in] inpoel Element connectivity
      83                 :            : //! \param[in] ndofel Vector of local number of degrees of freedom
      84                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
      85                 :            : //! \param[in,out] U High-order solution vector which gets limited
      86                 :            : //! \details This Superbee function should be called for transport and compflow
      87                 :            : // *****************************************************************************
      88                 :            : {
      89                 :      21450 :   const auto rdof = inciter::g_inputdeck.get< tag::rdof >();
      90                 :      21450 :   const auto ndof = inciter::g_inputdeck.get< tag::ndof >();
      91                 :      21450 :   std::size_t ncomp = U.nprop()/rdof;
      92                 :            : 
      93                 :            :   auto beta_lim = 2.0;
      94                 :            : 
      95         [ +  + ]:    5066430 :   for (std::size_t e=0; e<esuel.size()/4; ++e)
      96                 :            :   {
      97                 :            :     // If an rDG method is set up (P0P1), then, currently we compute the P1
      98                 :            :     // basis functions and solutions by default. This implies that P0P1 is
      99                 :            :     // unsupported in the p-adaptive DG (PDG). This is a workaround until we
     100                 :            :     // have rdofel, which is needed to distinguish between ndofs and rdofs per
     101                 :            :     // element for pDG.
     102                 :            :     std::size_t dof_el;
     103         [ +  + ]:    5044980 :     if (rdof > ndof)
     104                 :            :     {
     105                 :            :       dof_el = rdof;
     106                 :            :     }
     107                 :            :     else
     108                 :            :     {
     109                 :    2950830 :       dof_el = ndofel[e];
     110                 :            :     }
     111                 :            : 
     112         [ +  + ]:    5044980 :     if (dof_el > 1)
     113                 :            :     {
     114                 :            :       auto phi = SuperbeeLimiting(U, esuel, inpoel, coord, e, ndof, rdof,
     115                 :    4756269 :                    dof_el, ncomp, beta_lim);
     116                 :            : 
     117                 :            :       // apply limiter function
     118         [ +  + ]:   13237014 :       for (inciter::ncomp_t c=0; c<ncomp; ++c)
     119                 :            :       {
     120                 :    8480745 :         auto mark = c*rdof;
     121                 :    8480745 :         U(e, mark+1) = phi[c] * U(e, mark+1);
     122                 :    8480745 :         U(e, mark+2) = phi[c] * U(e, mark+2);
     123                 :    8480745 :         U(e, mark+3) = phi[c] * U(e, mark+3);
     124                 :            :       }
     125                 :            :     }
     126                 :            :   }
     127                 :      21450 : }
     128                 :            : 
     129                 :            : void
     130                 :          0 : SuperbeeMultiMat_P1(
     131                 :            :   const std::vector< int >& esuel,
     132                 :            :   const std::vector< std::size_t >& inpoel,
     133                 :            :   const std::vector< std::size_t >& ndofel,
     134                 :            :   const tk::UnsMesh::Coords& coord,
     135                 :            :   const std::vector< std::size_t >& solidx,
     136                 :            :   tk::Fields& U,
     137                 :            :   tk::Fields& P,
     138                 :            :   std::size_t nmat )
     139                 :            : // *****************************************************************************
     140                 :            : //  Superbee limiter for multi-material DGP1
     141                 :            : //! \param[in] esuel Elements surrounding elements
     142                 :            : //! \param[in] inpoel Element connectivity
     143                 :            : //! \param[in] ndofel Vector of local number of degrees of freedom
     144                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
     145                 :            : //! \param[in] solidx Solid material index indicator
     146                 :            : //! \param[in,out] U High-order solution vector which gets limited
     147                 :            : //! \param[in,out] P High-order vector of primitives which gets limited
     148                 :            : //! \param[in] nmat Number of materials in this PDE system
     149                 :            : //! \details This Superbee function should be called for multimat
     150                 :            : // *****************************************************************************
     151                 :            : {
     152                 :          0 :   const auto rdof = inciter::g_inputdeck.get< tag::rdof >();
     153                 :          0 :   const auto ndof = inciter::g_inputdeck.get< tag::ndof >();
     154                 :            :   const auto intsharp = inciter::g_inputdeck.get< tag::multimat,
     155                 :          0 :     tag::intsharp >();
     156                 :          0 :   std::size_t ncomp = U.nprop()/rdof;
     157                 :          0 :   std::size_t nprim = P.nprop()/rdof;
     158                 :            : 
     159                 :            :   auto beta_lim = 2.0;
     160                 :            : 
     161         [ -  - ]:          0 :   for (std::size_t e=0; e<esuel.size()/4; ++e)
     162                 :            :   {
     163                 :            :     // If an rDG method is set up (P0P1), then, currently we compute the P1
     164                 :            :     // basis functions and solutions by default. This implies that P0P1 is
     165                 :            :     // unsupported in the p-adaptive DG (PDG). This is a workaround until we
     166                 :            :     // have rdofel, which is needed to distinguish between ndofs and rdofs per
     167                 :            :     // element for pDG.
     168                 :            :     std::size_t dof_el;
     169         [ -  - ]:          0 :     if (rdof > ndof)
     170                 :            :     {
     171                 :            :       dof_el = rdof;
     172                 :            :     }
     173                 :            :     else
     174                 :            :     {
     175                 :          0 :       dof_el = ndofel[e];
     176                 :            :     }
     177                 :            : 
     178         [ -  - ]:          0 :     if (dof_el > 1)
     179                 :            :     {
     180                 :            :       // limit conserved quantities
     181                 :            :       auto phic = SuperbeeLimiting(U, esuel, inpoel, coord, e, ndof, rdof,
     182                 :          0 :                     dof_el, ncomp, beta_lim);
     183                 :            :       // limit primitive quantities
     184                 :            :       auto phip = SuperbeeLimiting(P, esuel, inpoel, coord, e, ndof, rdof,
     185         [ -  - ]:          0 :                     dof_el, nprim, beta_lim);
     186                 :            : 
     187                 :            :       std::vector< tk::real > phic_p2;
     188                 :          0 :       std::vector< std::vector< tk::real > > unk, prim;
     189         [ -  - ]:          0 :       if(ndof > 1)
     190         [ -  - ]:          0 :         BoundPreservingLimiting(nmat, ndof, e, inpoel, coord, U, phic,
     191                 :            :           phic_p2);
     192                 :            : 
     193                 :            :       // limits under which compression is to be performed
     194         [ -  - ]:          0 :       std::vector< std::size_t > matInt(nmat, 0);
     195 [ -  - ][ -  - ]:          0 :       std::vector< tk::real > alAvg(nmat, 0.0);
     196         [ -  - ]:          0 :       for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
     197                 :          0 :         alAvg[k] = U(e, volfracDofIdx(nmat,k,rdof,0));
     198         [ -  - ]:          0 :       auto intInd = interfaceIndicator(nmat, alAvg, matInt);
     199         [ -  - ]:          0 :       if ((intsharp > 0) && intInd)
     200                 :            :       {
     201         [ -  - ]:          0 :         for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
     202                 :            :         {
     203         [ -  - ]:          0 :           if (matInt[k])
     204                 :          0 :             phic[volfracIdx(nmat,k)] = 1.0;
     205                 :            :         }
     206                 :            :       }
     207                 :            :       else
     208                 :            :       {
     209         [ -  - ]:          0 :         if (!g_inputdeck.get< tag::accuracy_test >())
     210         [ -  - ]:          0 :           consistentMultiMatLimiting_P1(nmat, rdof, e, solidx, U, P, phic,
     211                 :            :             phic_p2);
     212                 :            :       }
     213                 :            : 
     214                 :            :       // apply limiter function
     215         [ -  - ]:          0 :       for (inciter::ncomp_t c=0; c<ncomp; ++c)
     216                 :            :       {
     217                 :          0 :         auto mark = c*rdof;
     218                 :          0 :         U(e, mark+1) = phic[c] * U(e, mark+1);
     219                 :          0 :         U(e, mark+2) = phic[c] * U(e, mark+2);
     220                 :          0 :         U(e, mark+3) = phic[c] * U(e, mark+3);
     221                 :            :       }
     222         [ -  - ]:          0 :       for (inciter::ncomp_t c=0; c<nprim; ++c)
     223                 :            :       {
     224                 :          0 :         auto mark = c*rdof;
     225                 :          0 :         P(e, mark+1) = phip[c] * P(e, mark+1);
     226                 :          0 :         P(e, mark+2) = phip[c] * P(e, mark+2);
     227                 :          0 :         P(e, mark+3) = phip[c] * P(e, mark+3);
     228                 :            :       }
     229                 :            :     }
     230                 :            :   }
     231                 :          0 : }
     232                 :            : 
     233                 :            : void
     234                 :          0 : VertexBasedTransport_P1(
     235                 :            :   const std::map< std::size_t, std::vector< std::size_t > >& esup,
     236                 :            :   const std::vector< std::size_t >& inpoel,
     237                 :            :   const std::vector< std::size_t >& ndofel,
     238                 :            :   std::size_t nelem,
     239                 :            :   const tk::UnsMesh::Coords& coord,
     240                 :            :   tk::Fields& U )
     241                 :            : // *****************************************************************************
     242                 :            : //  Kuzmin's vertex-based limiter for transport DGP1
     243                 :            : //! \param[in] esup Elements surrounding points
     244                 :            : //! \param[in] inpoel Element connectivity
     245                 :            : //! \param[in] ndofel Vector of local number of degrees of freedom
     246                 :            : //! \param[in] nelem Number of elements
     247                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
     248                 :            : //! \param[in,out] U High-order solution vector which gets limited
     249                 :            : //! \details This vertex-based limiter function should be called for transport.
     250                 :            : //!   For details see: Kuzmin, D. (2010). A vertex-based hierarchical slope
     251                 :            : //!   limiter for p-adaptive discontinuous Galerkin methods. Journal of
     252                 :            : //!   computational and applied mathematics, 233(12), 3077-3085.
     253                 :            : // *****************************************************************************
     254                 :            : {
     255                 :          0 :   const auto rdof = inciter::g_inputdeck.get< tag::rdof >();
     256                 :          0 :   const auto ndof = inciter::g_inputdeck.get< tag::ndof >();
     257                 :            :   const auto intsharp = inciter::g_inputdeck.get< tag::transport,
     258                 :          0 :     tag::intsharp >();
     259                 :          0 :   std::size_t ncomp = U.nprop()/rdof;
     260                 :            : 
     261         [ -  - ]:          0 :   for (std::size_t e=0; e<nelem; ++e)
     262                 :            :   {
     263                 :            :     // If an rDG method is set up (P0P1), then, currently we compute the P1
     264                 :            :     // basis functions and solutions by default. This implies that P0P1 is
     265                 :            :     // unsupported in the p-adaptive DG (PDG). This is a workaround until we
     266                 :            :     // have rdofel, which is needed to distinguish between ndofs and rdofs per
     267                 :            :     // element for pDG.
     268                 :            :     std::size_t dof_el;
     269         [ -  - ]:          0 :     if (rdof > ndof)
     270                 :            :     {
     271                 :            :       dof_el = rdof;
     272                 :            :     }
     273                 :            :     else
     274                 :            :     {
     275                 :          0 :       dof_el = ndofel[e];
     276                 :            :     }
     277                 :            : 
     278         [ -  - ]:          0 :     if (dof_el > 1)
     279                 :            :     {
     280                 :          0 :       std::vector< tk::real > phi(ncomp, 1.0);
     281                 :            :       std::vector< std::size_t > var;
     282 [ -  - ][ -  - ]:          0 :       for (std::size_t c=0; c<ncomp; ++c) var.push_back(c);
     283                 :            :       // limit conserved quantities
     284         [ -  - ]:          0 :       VertexBasedLimiting(U, esup, inpoel, coord, e, rdof, dof_el,
     285                 :            :         ncomp, phi, var);
     286                 :            : 
     287                 :            :       // limits under which compression is to be performed
     288 [ -  - ][ -  - ]:          0 :       std::vector< std::size_t > matInt(ncomp, 0);
     289 [ -  - ][ -  - ]:          0 :       std::vector< tk::real > alAvg(ncomp, 0.0);
     290         [ -  - ]:          0 :       for (std::size_t k=0; k<ncomp; ++k)
     291                 :          0 :         alAvg[k] = U(e,k*rdof);
     292         [ -  - ]:          0 :       auto intInd = interfaceIndicator(ncomp, alAvg, matInt);
     293         [ -  - ]:          0 :       if ((intsharp > 0) && intInd)
     294                 :            :       {
     295         [ -  - ]:          0 :         for (std::size_t k=0; k<ncomp; ++k)
     296                 :            :         {
     297         [ -  - ]:          0 :           if (matInt[k]) phi[k] = 1.0;
     298                 :            :         }
     299                 :            :       }
     300                 :            : 
     301                 :            :       // apply limiter function
     302         [ -  - ]:          0 :       for (std::size_t c=0; c<ncomp; ++c)
     303                 :            :       {
     304                 :          0 :         auto mark = c*rdof;
     305                 :          0 :         U(e, mark+1) = phi[c] * U(e, mark+1);
     306                 :          0 :         U(e, mark+2) = phi[c] * U(e, mark+2);
     307                 :          0 :         U(e, mark+3) = phi[c] * U(e, mark+3);
     308                 :            :       }
     309                 :            :     }
     310                 :            :   }
     311                 :          0 : }
     312                 :            : 
     313                 :            : void
     314                 :          0 : VertexBasedCompflow_P1(
     315                 :            :   const std::map< std::size_t, std::vector< std::size_t > >& esup,
     316                 :            :   const std::vector< std::size_t >& inpoel,
     317                 :            :   const std::vector< std::size_t >& ndofel,
     318                 :            :   std::size_t nelem,
     319                 :            :   const std::vector< inciter::EOS >& mat_blk,
     320                 :            :   const inciter::FaceData& fd,
     321                 :            :   const tk::Fields& geoFace,
     322                 :            :   const tk::Fields& geoElem,
     323                 :            :   const tk::UnsMesh::Coords& coord,
     324                 :            :   const tk::FluxFn& flux,
     325                 :            :   const std::vector< std::size_t >& solidx,
     326                 :            :   tk::Fields& U,
     327                 :            :   std::vector< std::size_t >& shockmarker )
     328                 :            : // *****************************************************************************
     329                 :            : //  Kuzmin's vertex-based limiter for single-material DGP1
     330                 :            : //! \param[in] esup Elements surrounding points
     331                 :            : //! \param[in] inpoel Element connectivity
     332                 :            : //! \param[in] ndofel Vector of local number of degrees of freedom
     333                 :            : //! \param[in] nelem Number of elements
     334                 :            : //! \param[in] mat_blk EOS material block
     335                 :            : //! \param[in] fd Face connectivity and boundary conditions object
     336                 :            : //! \param[in] geoFace Face geometry array
     337                 :            : // //! \param[in] geoElem Element geometry array
     338                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
     339                 :            : //! \param[in] flux Riemann flux function to use
     340                 :            : //! \param[in] solidx Solid material index indicator
     341                 :            : //! \param[in,out] U High-order solution vector which gets limited
     342                 :            : //! \param[in,out] shockmarker Shock detection marker array
     343                 :            : //! \details This vertex-based limiter function should be called for compflow.
     344                 :            : //!   For details see: Kuzmin, D. (2010). A vertex-based hierarchical slope
     345                 :            : //!   limiter for p-adaptive discontinuous Galerkin methods. Journal of
     346                 :            : //!   computational and applied mathematics, 233(12), 3077-3085.
     347                 :            : // *****************************************************************************
     348                 :            : {
     349                 :          0 :   const auto rdof = inciter::g_inputdeck.get< tag::rdof >();
     350                 :          0 :   const auto ndof = inciter::g_inputdeck.get< tag::ndof >();
     351         [ -  - ]:          0 :   std::size_t ncomp = U.nprop()/rdof;
     352                 :            : 
     353                 :            :   // Null field for MarkShockCells argument
     354                 :            :   tk::Fields P;
     355                 :            : 
     356         [ -  - ]:          0 :   if (inciter::g_inputdeck.get< tag::shock_detector_coeff >()
     357                 :            :     > 1e-6)
     358         [ -  - ]:          0 :     MarkShockCells(nelem, 1, ndof, rdof, mat_blk, ndofel,
     359                 :            :       inpoel, coord, fd, geoFace, geoElem, flux, solidx, U, P, shockmarker);
     360                 :            : 
     361         [ -  - ]:          0 :   for (std::size_t e=0; e<nelem; ++e)
     362                 :            :   {
     363                 :            :     // If an rDG method is set up (P0P1), then, currently we compute the P1
     364                 :            :     // basis functions and solutions by default. This implies that P0P1 is
     365                 :            :     // unsupported in the p-adaptive DG (PDG). This is a workaround until we
     366                 :            :     // have rdofel, which is needed to distinguish between ndofs and rdofs per
     367                 :            :     // element for pDG.
     368                 :            :     std::size_t dof_el;
     369         [ -  - ]:          0 :     if (rdof > ndof)
     370                 :            :     {
     371                 :            :       dof_el = rdof;
     372                 :            :     }
     373                 :            :     else
     374                 :            :     {
     375                 :          0 :       dof_el = ndofel[e];
     376                 :            :     }
     377                 :            : 
     378 [ -  - ][ -  - ]:          0 :     if (dof_el > 1 && shockmarker[e])
     379                 :            :     {
     380 [ -  - ][ -  - ]:          0 :       std::vector< tk::real > phi(ncomp, 1.0);
     381                 :            :       std::vector< std::size_t > var;
     382 [ -  - ][ -  - ]:          0 :       for (std::size_t c=0; c<ncomp; ++c) var.push_back(c);
     383                 :            :       // limit conserved quantities
     384         [ -  - ]:          0 :       VertexBasedLimiting(U, esup, inpoel, coord, e, rdof, dof_el,
     385                 :            :         ncomp, phi, var);
     386                 :            : 
     387                 :            :       // apply limiter function
     388         [ -  - ]:          0 :       for (std::size_t c=0; c<ncomp; ++c)
     389                 :            :       {
     390                 :          0 :         auto mark = c*rdof;
     391                 :          0 :         U(e, mark+1) = phi[c] * U(e, mark+1);
     392                 :          0 :         U(e, mark+2) = phi[c] * U(e, mark+2);
     393                 :          0 :         U(e, mark+3) = phi[c] * U(e, mark+3);
     394                 :            :       }
     395                 :            :     }
     396                 :            :   }
     397                 :          0 : }
     398                 :            : 
     399                 :            : void
     400                 :       2580 : VertexBasedCompflow_P2(
     401                 :            :   const std::map< std::size_t, std::vector< std::size_t > >& esup,
     402                 :            :   const std::vector< std::size_t >& inpoel,
     403                 :            :   const std::vector< std::size_t >& ndofel,
     404                 :            :   std::size_t nelem,
     405                 :            :   const std::vector< inciter::EOS >& mat_blk,
     406                 :            :   const inciter::FaceData& fd,
     407                 :            :   const tk::Fields& geoFace,
     408                 :            :   const tk::Fields& geoElem,
     409                 :            :   const tk::UnsMesh::Coords& coord,
     410                 :            :   [[maybe_unused]] const std::vector< std::size_t >& gid,
     411                 :            :   [[maybe_unused]] const std::unordered_map< std::size_t, std::size_t >& bid,
     412                 :            :   [[maybe_unused]] const std::vector< std::vector<tk::real> >& uNodalExtrm,
     413                 :            :   [[maybe_unused]] const std::vector< std::vector<tk::real> >& mtInv,
     414                 :            :   const tk::FluxFn& flux,
     415                 :            :   const std::vector< std::size_t >& solidx,
     416                 :            :   tk::Fields& U,
     417                 :            :   std::vector< std::size_t >& shockmarker )
     418                 :            : // *****************************************************************************
     419                 :            : //  Kuzmin's vertex-based limiter on reference element for single-material DGP2
     420                 :            : //! \param[in] esup Elements surrounding points
     421                 :            : //! \param[in] inpoel Element connectivity
     422                 :            : //! \param[in] ndofel Vector of local number of degrees of freedom
     423                 :            : //! \param[in] nelem Number of elements
     424                 :            : //! \param[in] mat_blk EOS material block
     425                 :            : //! \param[in] fd Face connectivity and boundary conditions object
     426                 :            : //! \param[in] geoFace Face geometry array
     427                 :            : // //! \param[in] geoElem Element geometry array
     428                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
     429                 :            : //! \param[in] gid Local->global node id map
     430                 :            : //! \param[in] bid Local chare-boundary node ids (value) associated to
     431                 :            : //!   global node ids (key)
     432                 :            : //! \param[in] uNodalExtrm Chare-boundary nodal extrema for conservative
     433                 :            : //!   variables
     434                 :            : //! \param[in] mtInv Inverse of Taylor mass matrix
     435                 :            : //! \param[in] flux Riemann flux function to use
     436                 :            : //! \param[in] solidx Solid material index indicator
     437                 :            : //! \param[in,out] U High-order solution vector which gets limited
     438                 :            : //! \param[in,out] shockmarker Shock detection marker array
     439                 :            : //! \details This vertex-based limiter function should be called for compflow.
     440                 :            : //!   For details see: Kuzmin, D. (2010). A vertex-based hierarchical slope
     441                 :            : //!   limiter for p-adaptive discontinuous Galerkin methods. Journal of
     442                 :            : //!   computational and applied mathematics, 233(12), 3077-3085.
     443                 :            : // *****************************************************************************
     444                 :            : {
     445                 :       2580 :   const auto rdof = inciter::g_inputdeck.get< tag::rdof >();
     446                 :       2580 :   const auto ndof = inciter::g_inputdeck.get< tag::ndof >();
     447         [ +  - ]:       2580 :   std::size_t ncomp = U.nprop()/rdof;
     448                 :            : 
     449                 :            :   // Null field for MarkShockCells argument
     450                 :            :   tk::Fields P;
     451                 :            : 
     452         [ +  - ]:       2580 :   if (inciter::g_inputdeck.get< tag::shock_detector_coeff >()
     453                 :            :     > 1e-6)
     454         [ +  - ]:       2580 :     MarkShockCells(nelem, 1, ndof, rdof, mat_blk, ndofel,
     455                 :            :       inpoel, coord, fd, geoFace, geoElem, flux, solidx, U, P, shockmarker);
     456                 :            : 
     457         [ +  + ]:     366420 :   for (std::size_t e=0; e<nelem; ++e)
     458                 :            :   {
     459                 :            :     // If an rDG method is set up (P0P1), then, currently we compute the P1
     460                 :            :     // basis functions and solutions by default. This implies that P0P1 is
     461                 :            :     // unsupported in the p-adaptive DG (PDG). This is a workaround until we
     462                 :            :     // have rdofel, which is needed to distinguish between ndofs and rdofs per
     463                 :            :     // element for pDG.
     464                 :            :     std::size_t dof_el;
     465         [ +  - ]:     363840 :     if (rdof > ndof)
     466                 :            :     {
     467                 :            :       dof_el = rdof;
     468                 :            :     }
     469                 :            :     else
     470                 :            :     {
     471                 :     363840 :       dof_el = ndofel[e];
     472                 :            :     }
     473                 :            : 
     474 [ +  + ][ +  + ]:     363840 :     if (dof_el > 1 && shockmarker[e])
     475                 :            :     {
     476                 :            :       // The vector of limiting coefficients for P1 and P2 coefficients
     477 [ +  - ][ -  - ]:      16564 :       std::vector< tk::real > phic_p1(ncomp, 1.0);
     478                 :            : 
     479                 :            :       // Removing 3rd order DOFs if discontinuity is detected, and applying
     480                 :            :       // limiting to the 2nd order/P1 solution
     481         [ +  + ]:      99384 :       for (std::size_t c=0; c<ncomp; ++c) {
     482         [ +  + ]:     579740 :         for(std::size_t idof = 4; idof < rdof; idof++) {
     483                 :     496920 :           auto mark = c * rdof + idof;
     484                 :     496920 :           U(e, mark) = 0.0;
     485                 :            :         }
     486                 :            :       }
     487                 :            : 
     488                 :            :       // Obtain limiting coefficient for P1 coefficients
     489                 :            :       std::vector< std::size_t > var;
     490 [ +  + ][ +  - ]:      99384 :       for (std::size_t c=0; c<ncomp; ++c) var.push_back(c);
     491         [ +  - ]:      16564 :       VertexBasedLimiting(U, esup, inpoel, coord, e, rdof, dof_el,
     492                 :            :         ncomp, phic_p1, var);
     493                 :            : 
     494                 :            :       // apply limiter function to the solution with Taylor basis
     495         [ +  + ]:      99384 :       for (std::size_t c=0; c<ncomp; ++c) {
     496                 :      82820 :         auto mark = c * rdof;
     497         [ +  + ]:     331280 :         for(std::size_t idof=1; idof<4; idof++)
     498                 :     248460 :           U(e, mark+idof) = phic_p1[c] * U(e, mark+idof);
     499                 :            :       }
     500                 :            :     }
     501                 :            :   }
     502                 :       2580 : }
     503                 :            : 
     504                 :            : void
     505                 :       4305 : VertexBasedMultiMat_P1(
     506                 :            :   const std::map< std::size_t, std::vector< std::size_t > >& esup,
     507                 :            :   const std::vector< std::size_t >& inpoel,
     508                 :            :   const std::vector< std::size_t >& ndofel,
     509                 :            :   std::size_t nelem,
     510                 :            :   const std::vector< inciter::EOS >& mat_blk,
     511                 :            :   const inciter::FaceData& fd,
     512                 :            :   const tk::Fields& geoFace,
     513                 :            :   const tk::Fields& geoElem,
     514                 :            :   const tk::UnsMesh::Coords& coord,
     515                 :            :   const tk::FluxFn& flux,
     516                 :            :   const std::vector< std::size_t >& solidx,
     517                 :            :   tk::Fields& U,
     518                 :            :   tk::Fields& P,
     519                 :            :   std::size_t nmat,
     520                 :            :   std::vector< std::size_t >& shockmarker )
     521                 :            : // *****************************************************************************
     522                 :            : //  Kuzmin's vertex-based limiter for multi-material DGP1
     523                 :            : //! \param[in] esup Elements surrounding points
     524                 :            : //! \param[in] inpoel Element connectivity
     525                 :            : //! \param[in] ndofel Vector of local number of degrees of freedom
     526                 :            : //! \param[in] nelem Number of elements
     527                 :            : //! \param[in] mat_blk EOS material block
     528                 :            : //! \param[in] fd Face connectivity and boundary conditions object
     529                 :            : //! \param[in] geoFace Face geometry array
     530                 :            : // //! \param[in] geoElem Element geometry array
     531                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
     532                 :            : //! \param[in] flux Riemann flux function to use
     533                 :            : //! \param[in] solidx Solid material index indicator
     534                 :            : //! \param[in,out] U High-order solution vector which gets limited
     535                 :            : //! \param[in,out] P High-order vector of primitives which gets limited
     536                 :            : //! \param[in] nmat Number of materials in this PDE system
     537                 :            : //! \param[in,out] shockmarker Shock detection marker array
     538                 :            : //! \details This vertex-based limiter function should be called for multimat.
     539                 :            : //!   For details see: Kuzmin, D. (2010). A vertex-based hierarchical slope
     540                 :            : //!   limiter for p-adaptive discontinuous Galerkin methods. Journal of
     541                 :            : //!   computational and applied mathematics, 233(12), 3077-3085.
     542                 :            : // *****************************************************************************
     543                 :            : {
     544                 :       4305 :   const auto rdof = inciter::g_inputdeck.get< tag::rdof >();
     545                 :       4305 :   const auto ndof = inciter::g_inputdeck.get< tag::ndof >();
     546                 :            :   const auto intsharp = inciter::g_inputdeck.get< tag::multimat,
     547                 :       4305 :     tag::intsharp >();
     548                 :       4305 :   std::size_t ncomp = U.nprop()/rdof;
     549                 :       4305 :   std::size_t nprim = P.nprop()/rdof;
     550                 :            : 
     551                 :            :   // Evaluate the interface condition and mark the shock cells
     552                 :       4305 :   if (inciter::g_inputdeck.get< tag::shock_detector_coeff >()
     553 [ +  + ][ +  + ]:       4305 :     > 1e-6 && ndof > 1)
     554                 :        750 :     MarkShockCells(nelem, nmat, ndof, rdof, mat_blk, ndofel,
     555                 :            :       inpoel, coord, fd, geoFace, geoElem, flux, solidx, U, P, shockmarker);
     556                 :            : 
     557         [ +  + ]:    1031745 :   for (std::size_t e=0; e<nelem; ++e)
     558                 :            :   {
     559                 :            :     // If an rDG method is set up (P0P1), then, currently we compute the P1
     560                 :            :     // basis functions and solutions by default. This implies that P0P1 is
     561                 :            :     // unsupported in the p-adaptive DG (PDG). This is a workaround until we
     562                 :            :     // have rdofel, which is needed to distinguish between ndofs and rdofs per
     563                 :            :     // element for pDG.
     564                 :            :     std::size_t dof_el;
     565         [ +  + ]:    1027440 :     if (rdof > ndof)
     566                 :            :     {
     567                 :            :       dof_el = rdof;
     568                 :            :     }
     569                 :            :     else
     570                 :            :     {
     571                 :     500280 :       dof_el = ndofel[e];
     572                 :            :     }
     573                 :            : 
     574         [ +  - ]:    1027440 :     if (dof_el > 1)
     575                 :            :     {
     576                 :    1027440 :       std::vector< tk::real > phic(ncomp, 1.0);
     577 [ +  - ][ -  - ]:    1027440 :       std::vector< tk::real > phip(nprim, 1.0);
     578         [ +  + ]:    1027440 :       if(shockmarker[e]) {
     579                 :            :         // When shockmarker is 1, there is discontinuity within the element.
     580                 :            :         // Hence, the vertex-based limiter will be applied.
     581                 :            : 
     582                 :            :         // limit conserved quantities
     583                 :            :         std::vector< std::size_t > varc;
     584 [ +  + ][ +  - ]:    6956960 :         for (std::size_t c=0; c<ncomp; ++c) varc.push_back(c);
     585         [ +  - ]:     606380 :         VertexBasedLimiting(U, esup, inpoel, coord, e, rdof, dof_el,
     586                 :            :           ncomp, phic, varc);
     587                 :            :         // limit primitive quantities
     588                 :            :         std::vector< std::size_t > varp;
     589 [ +  + ][ +  - ]:    4233720 :         for (std::size_t c=0; c<nprim; ++c) varp.push_back(c);
     590         [ +  - ]:     606380 :         VertexBasedLimiting(P, esup, inpoel, coord, e, rdof, dof_el,
     591                 :            :           nprim, phip, varp);
     592                 :            :       } else {
     593                 :            :         // When shockmarker is 0, the volume fraction, density and energy
     594                 :            :         // of minor material will still be limited to ensure a stable solution.
     595                 :            :         std::vector< std::size_t > vars;
     596 [ +  + ][ +  - ]:    1263180 :         for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) vars.push_back(volfracIdx(nmat,k));
     597         [ +  - ]:     421060 :         VertexBasedLimiting(U, esup, inpoel, coord, e, rdof, dof_el,
     598                 :            :           ncomp, phic, vars);
     599                 :            : 
     600         [ +  + ]:    1263180 :         for(std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
     601         [ +  + ]:     842120 :           if(U(e, volfracDofIdx(nmat,k,rdof,0)) < 1e-4) {
     602                 :            :             // limit the density and energy of minor materials
     603                 :            :             vars.clear();
     604 [ +  - ][ +  - ]:     421060 :             vars.push_back(densityIdx(nmat, k));
     605         [ +  - ]:     421060 :             vars.push_back(energyIdx(nmat, k));
     606         [ -  + ]:     421060 :             if (solidx[k] > 0) {
     607         [ -  - ]:          0 :               for (std::size_t i=0; i<3; ++i)
     608         [ -  - ]:          0 :                 for (std::size_t j=0; j<3; ++j)
     609         [ -  - ]:          0 :                   vars.push_back(deformIdx(nmat, solidx[k], i, j));
     610                 :            :             }
     611         [ +  - ]:     421060 :             VertexBasedLimiting(U, esup, inpoel, coord, e, rdof, dof_el,
     612                 :            :               ncomp, phic, vars);
     613                 :            : 
     614                 :            :             // limit the pressure of minor materials
     615         [ +  - ]:     421060 :             VertexBasedLimiting(P, esup, inpoel, coord, e, rdof, dof_el,
     616 [ +  - ][ -  - ]:     842120 :               nprim, phip, std::vector< std::size_t >{pressureIdx(nmat, k)});
     617                 :            :           }
     618                 :            :         }
     619                 :            :       }
     620                 :            : 
     621                 :            :       std::vector< tk::real > phic_p2, phip_p2;
     622                 :            : 
     623         [ +  - ]:    1027440 :       PositivityLimitingMultiMat(nmat, mat_blk, rdof, dof_el, e, inpoel,
     624                 :            :         coord, U, P, phic, phic_p2, phip, phip_p2);
     625                 :            : 
     626                 :            :       // limits under which compression is to be performed
     627 [ +  - ][ -  - ]:    1027440 :       std::vector< std::size_t > matInt(nmat, 0);
     628 [ +  - ][ -  - ]:    1027440 :       std::vector< tk::real > alAvg(nmat, 0.0);
     629         [ +  + ]:    3082320 :       for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
     630                 :    2054880 :         alAvg[k] = U(e, volfracDofIdx(nmat,k,rdof,0));
     631         [ +  - ]:    1027440 :       auto intInd = interfaceIndicator(nmat, alAvg, matInt);
     632         [ +  + ]:    1027440 :       if ((intsharp > 0) && intInd) {
     633         [ +  + ]:      37704 :         for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
     634         [ +  - ]:      25136 :           if (matInt[k]) {
     635                 :      25136 :             phic[volfracIdx(nmat,k)] = 1.0;
     636                 :            :           }
     637                 :            :         }
     638                 :            :       }
     639                 :            :       else {
     640         [ +  - ]:    1014872 :         if(nmat > 1)
     641         [ +  - ]:    1014872 :           BoundPreservingLimiting(nmat, ndof, e, inpoel, coord, U, phic,
     642                 :            :             phic_p2);
     643                 :            : 
     644         [ -  + ]:    1014872 :         if (!g_inputdeck.get< tag::accuracy_test >())
     645         [ +  - ]:    1014872 :           consistentMultiMatLimiting_P1(nmat, rdof, e, solidx, U, P, phic,
     646                 :            :             phic_p2);
     647                 :            :       }
     648                 :            : 
     649                 :            :       // apply limiter function
     650         [ +  + ]:   11167560 :       for (std::size_t c=0; c<ncomp; ++c)
     651                 :            :       {
     652                 :   10140120 :         auto mark = c*rdof;
     653                 :   10140120 :         U(e, mark+1) = phic[c] * U(e, mark+1);
     654                 :   10140120 :         U(e, mark+2) = phic[c] * U(e, mark+2);
     655                 :   10140120 :         U(e, mark+3) = phic[c] * U(e, mark+3);
     656                 :            :       }
     657         [ +  + ]:    6760080 :       for (std::size_t c=0; c<nprim; ++c)
     658                 :            :       {
     659                 :    5732640 :         auto mark = c*rdof;
     660                 :    5732640 :         P(e, mark+1) = phip[c] * P(e, mark+1);
     661                 :    5732640 :         P(e, mark+2) = phip[c] * P(e, mark+2);
     662                 :    5732640 :         P(e, mark+3) = phip[c] * P(e, mark+3);
     663                 :            :       }
     664                 :            :     }
     665                 :            :   }
     666                 :       4305 : }
     667                 :            : 
     668                 :            : void
     669                 :          0 : VertexBasedMultiMat_P2(
     670                 :            :   const std::map< std::size_t, std::vector< std::size_t > >& esup,
     671                 :            :   const std::vector< std::size_t >& inpoel,
     672                 :            :   const std::vector< std::size_t >& ndofel,
     673                 :            :   std::size_t nelem,
     674                 :            :   const std::vector< inciter::EOS >& mat_blk,
     675                 :            :   const inciter::FaceData& fd,
     676                 :            :   const tk::Fields& geoFace,
     677                 :            :   const tk::Fields& geoElem,
     678                 :            :   const tk::UnsMesh::Coords& coord,
     679                 :            :   [[maybe_unused]] const std::vector< std::size_t >& gid,
     680                 :            :   [[maybe_unused]] const std::unordered_map< std::size_t, std::size_t >& bid,
     681                 :            :   [[maybe_unused]] const std::vector< std::vector<tk::real> >& uNodalExtrm,
     682                 :            :   [[maybe_unused]] const std::vector< std::vector<tk::real> >& pNodalExtrm,
     683                 :            :   [[maybe_unused]] const std::vector< std::vector<tk::real> >& mtInv,
     684                 :            :   const tk::FluxFn& flux,
     685                 :            :   const std::vector< std::size_t >& solidx,
     686                 :            :   tk::Fields& U,
     687                 :            :   tk::Fields& P,
     688                 :            :   std::size_t nmat,
     689                 :            :   std::vector< std::size_t >& shockmarker )
     690                 :            : // *****************************************************************************
     691                 :            : //  Kuzmin's vertex-based limiter for multi-material DGP2
     692                 :            : //! \param[in] esup Elements surrounding points
     693                 :            : //! \param[in] inpoel Element connectivity
     694                 :            : //! \param[in] ndofel Vector of local number of degrees of freedom
     695                 :            : //! \param[in] nelem Number of elements
     696                 :            : //! \param[in] mat_blk EOS material block
     697                 :            : //! \param[in] fd Face connectivity and boundary conditions object
     698                 :            : //! \param[in] geoFace Face geometry array
     699                 :            : // //! \param[in] geoElem Element geometry array
     700                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
     701                 :            : //! \param[in] gid Local->global node id map
     702                 :            : //! \param[in] bid Local chare-boundary node ids (value) associated to
     703                 :            : //!   global node ids (key)
     704                 :            : //! \param[in] uNodalExtrm Chare-boundary nodal extrema for conservative
     705                 :            : //!   variables
     706                 :            : //! \param[in] pNodalExtrm Chare-boundary nodal extrema for primitive
     707                 :            : //!   variables
     708                 :            : //! \param[in] mtInv Inverse of Taylor mass matrix
     709                 :            : //! \param[in] flux Riemann flux function to use
     710                 :            : //! \param[in] solidx Solid material index indicator
     711                 :            : //! \param[in,out] U High-order solution vector which gets limited
     712                 :            : //! \param[in,out] P High-order vector of primitives which gets limited
     713                 :            : //! \param[in] nmat Number of materials in this PDE system
     714                 :            : //! \param[in,out] shockmarker Shock detection marker array
     715                 :            : //! \details This vertex-based limiter function should be called for multimat.
     716                 :            : //!   For details see: Kuzmin, D. (2010). A vertex-based hierarchical slope
     717                 :            : //!   limiter for p-adaptive discontinuous Galerkin methods. Journal of
     718                 :            : //!   computational and applied mathematics, 233(12), 3077-3085.
     719                 :            : // *****************************************************************************
     720                 :            : {
     721                 :          0 :   const auto rdof = inciter::g_inputdeck.get< tag::rdof >();
     722                 :          0 :   const auto ndof = inciter::g_inputdeck.get< tag::ndof >();
     723                 :            :   const auto intsharp = inciter::g_inputdeck.get< tag::multimat,
     724                 :          0 :     tag::intsharp >();
     725                 :          0 :   std::size_t ncomp = U.nprop()/rdof;
     726                 :          0 :   std::size_t nprim = P.nprop()/rdof;
     727                 :            : 
     728                 :            :   // Evaluate the interface condition and mark the shock cells
     729         [ -  - ]:          0 :   if (inciter::g_inputdeck.get< tag::shock_detector_coeff >()
     730                 :            :     > 1e-6)
     731                 :          0 :     MarkShockCells(nelem, nmat, ndof, rdof, mat_blk, ndofel,
     732                 :            :       inpoel, coord, fd, geoFace, geoElem, flux, solidx, U, P, shockmarker);
     733                 :            : 
     734         [ -  - ]:          0 :   for (std::size_t e=0; e<nelem; ++e)
     735                 :            :   {
     736                 :            :     // If an rDG method is set up (P0P1), then, currently we compute the P1
     737                 :            :     // basis functions and solutions by default. This implies that P0P1 is
     738                 :            :     // unsupported in the p-adaptive DG (PDG). This is a workaround until we
     739                 :            :     // have rdofel, which is needed to distinguish between ndofs and rdofs per
     740                 :            :     // element for pDG.
     741                 :            :     std::size_t dof_el;
     742         [ -  - ]:          0 :     if (rdof > ndof)
     743                 :            :     {
     744                 :            :       dof_el = rdof;
     745                 :            :     }
     746                 :            :     else
     747                 :            :     {
     748                 :          0 :       dof_el = ndofel[e];
     749                 :            :     }
     750                 :            : 
     751         [ -  - ]:          0 :     if (dof_el > 1)
     752                 :            :     {
     753                 :            :       // The vector of limiting coefficients for P1
     754 [ -  - ][ -  - ]:          0 :       std::vector< tk::real > phic_p1(ncomp, 1.0), phic_p2(ncomp, 1.0);
     755 [ -  - ][ -  - ]:          0 :       std::vector< tk::real > phip_p1(nprim, 1.0), phip_p2(nprim, 1.0);
         [ -  - ][ -  - ]
     756                 :            : 
     757         [ -  - ]:          0 :       if(shockmarker[e]) {
     758                 :            :         // Removing 3rd order DOFs if discontinuity is detected, and applying
     759                 :            :         // limiting to the 2nd order/P1 solution
     760         [ -  - ]:          0 :         for (std::size_t c=0; c<ncomp; ++c) {
     761                 :          0 :           auto mark = c * rdof;
     762         [ -  - ]:          0 :           for(std::size_t idof = 4; idof < rdof; idof++)
     763                 :          0 :             U(e, mark+idof) = 0.0;
     764                 :            :         }
     765         [ -  - ]:          0 :         for (std::size_t c=0; c<nprim; ++c) {
     766                 :          0 :           auto mark = c * rdof;
     767         [ -  - ]:          0 :           for(std::size_t idof = 4; idof < rdof; idof++)
     768                 :          0 :             P(e, mark+idof) = 0.0;
     769                 :            :         }
     770                 :            : 
     771                 :            :         // Obtain limiter coefficient for P1 conserved quantities
     772                 :            :         std::vector< std::size_t > varc;
     773 [ -  - ][ -  - ]:          0 :         for (std::size_t c=0; c<ncomp; ++c) varc.push_back(c);
     774         [ -  - ]:          0 :         VertexBasedLimiting(U, esup, inpoel, coord, e, rdof, dof_el,
     775                 :            :           ncomp, phic_p1, varc);
     776                 :            :         // Obtain limiter coefficient for P1 primitive quantities
     777                 :            :         std::vector< std::size_t > varp;
     778 [ -  - ][ -  - ]:          0 :         for (std::size_t c=0; c<nprim; ++c) varp.push_back(c);
     779         [ -  - ]:          0 :         VertexBasedLimiting(P, esup, inpoel, coord, e, rdof, dof_el,
     780                 :            :           nprim, phip_p1, varp);
     781                 :            :       } else {
     782                 :            :         // When shockmarker is 0, the volume fraction will still be limited to
     783                 :            :         // ensure a stable solution. Since the limiting strategy for third order
     784                 :            :         // solution will downgrade the accuracy to second order, the density,
     785                 :            :         // energy and pressure of minor material will not be limited.
     786                 :            :         std::vector< std::size_t > vars;
     787 [ -  - ][ -  - ]:          0 :         for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) vars.push_back(volfracIdx(nmat,k));
                 [ -  - ]
     788         [ -  - ]:          0 :         VertexBasedLimiting(U, esup, inpoel, coord, e, rdof, dof_el,
     789                 :            :           ncomp, phic_p1, vars);
     790                 :            : 
     791                 :            :         //for(std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
     792                 :            :         //  if(U(e, volfracDofIdx(nmat,k,rdof,0)) < 1e-4) {
     793                 :            :         //    // limit the density of minor materials
     794                 :            :         //    VertexBasedLimiting(unk, U, esup, inpoel, coord, e, rdof, dof_el,
     795                 :            :         //      ncomp, phic_p1, std::vector< std::size_t >{densityIdx(nmat,k)});
     796                 :            : 
     797                 :            :         //    // limit the pressure of minor materials
     798                 :            :         //    VertexBasedLimiting(prim, P, esup, inpoel, coord, e, rdof, dof_el,
     799                 :            :         //      nprim, phip_p1, std::vector< std::size_t >{pressureIdx(nmat,k)});
     800                 :            :         //  }
     801                 :            :         //}
     802                 :            :       }
     803                 :            : 
     804         [ -  - ]:          0 :       PositivityLimitingMultiMat(nmat, mat_blk, ndof, dof_el, e, inpoel,
     805                 :            :           coord, U, P, phic_p1, phic_p2, phip_p1, phic_p2);
     806                 :            : 
     807                 :            :       // limits under which compression is to be performed
     808 [ -  - ][ -  - ]:          0 :       std::vector< std::size_t > matInt(nmat, 0);
     809 [ -  - ][ -  - ]:          0 :       std::vector< tk::real > alAvg(nmat, 0.0);
     810         [ -  - ]:          0 :       for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
     811                 :          0 :         alAvg[k] = U(e, volfracDofIdx(nmat,k,rdof,0));
     812         [ -  - ]:          0 :       auto intInd = interfaceIndicator(nmat, alAvg, matInt);
     813         [ -  - ]:          0 :       if ((intsharp > 0) && intInd) {
     814         [ -  - ]:          0 :         for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
     815         [ -  - ]:          0 :           if (matInt[k]) {
     816                 :          0 :             phic_p1[volfracIdx(nmat,k)] = 1.0;
     817                 :            :           }
     818                 :            :         }
     819                 :            :       }
     820                 :            :       else {
     821         [ -  - ]:          0 :         if(nmat > 1)
     822         [ -  - ]:          0 :           BoundPreservingLimiting(nmat, ndof, e, inpoel, coord, U,
     823                 :            :             phic_p1, phic_p2);
     824                 :            : 
     825         [ -  - ]:          0 :         if (!g_inputdeck.get< tag::accuracy_test >())
     826         [ -  - ]:          0 :           consistentMultiMatLimiting_P1(nmat, rdof, e, solidx, U, P, phic_p1,
     827                 :            :             phic_p2);
     828                 :            :       }
     829                 :            : 
     830                 :            :       // apply limiing coefficient
     831         [ -  - ]:          0 :       for (std::size_t c=0; c<ncomp; ++c)
     832                 :            :       {
     833                 :          0 :         auto mark = c * rdof;
     834         [ -  - ]:          0 :         for(std::size_t idof=1; idof<4; idof++)
     835                 :          0 :           U(e, mark+idof) = phic_p1[c] * U(e, mark+idof);
     836         [ -  - ]:          0 :         for(std::size_t idof=4; idof<rdof; idof++)
     837                 :          0 :           U(e, mark+idof) = phic_p2[c] * U(e, mark+idof);
     838                 :            :       }
     839         [ -  - ]:          0 :       for (std::size_t c=0; c<nprim; ++c)
     840                 :            :       {
     841                 :          0 :         auto mark = c * rdof;
     842         [ -  - ]:          0 :         for(std::size_t idof=1; idof<4; idof++)
     843                 :          0 :           P(e, mark+idof) = phip_p1[c] * P(e, mark+idof);
     844         [ -  - ]:          0 :         for(std::size_t idof=4; idof<rdof; idof++)
     845                 :          0 :           P(e, mark+idof) = phip_p2[c] * P(e, mark+idof);
     846                 :            :       }
     847                 :            :     }
     848                 :            :   }
     849                 :          0 : }
     850                 :            : 
     851                 :            : void
     852                 :       1618 : VertexBasedMultiMat_FV(
     853                 :            :   const std::map< std::size_t, std::vector< std::size_t > >& esup,
     854                 :            :   const std::vector< std::size_t >& inpoel,
     855                 :            :   std::size_t nelem,
     856                 :            :   const tk::UnsMesh::Coords& coord,
     857                 :            :   const std::vector< int >& srcFlag,
     858                 :            :   const std::vector< std::size_t >& solidx,
     859                 :            :   tk::Fields& U,
     860                 :            :   tk::Fields& P,
     861                 :            :   std::size_t nmat )
     862                 :            : // *****************************************************************************
     863                 :            : //  Kuzmin's vertex-based limiter for multi-material FV
     864                 :            : //! \param[in] esup Elements surrounding points
     865                 :            : //! \param[in] inpoel Element connectivity
     866                 :            : //! \param[in] nelem Number of elements
     867                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
     868                 :            : //! \param[in] srcFlag Whether the energy source was added
     869                 :            : //! \param[in] solidx Solid material index indicator
     870                 :            : //! \param[in,out] U High-order solution vector which gets limited
     871                 :            : //! \param[in,out] P High-order vector of primitives which gets limited
     872                 :            : //! \param[in] nmat Number of materials in this PDE system
     873                 :            : //! \details This vertex-based limiter function should be called for multimat.
     874                 :            : //!   For details see: Kuzmin, D. (2010). A vertex-based hierarchical slope
     875                 :            : //!   limiter for p-adaptive discontinuous Galerkin methods. Journal of
     876                 :            : //!   computational and applied mathematics, 233(12), 3077-3085.
     877                 :            : // *****************************************************************************
     878                 :            : {
     879                 :       1618 :   const auto rdof = inciter::g_inputdeck.get< tag::rdof >();
     880                 :            :   const auto intsharp = inciter::g_inputdeck.get< tag::multimat,
     881                 :       1618 :     tag::intsharp >();
     882                 :       1618 :   std::size_t ncomp = U.nprop()/rdof;
     883                 :       1618 :   std::size_t nprim = P.nprop()/rdof;
     884                 :            : 
     885         [ +  + ]:     222378 :   for (std::size_t e=0; e<nelem; ++e)
     886                 :            :   {
     887                 :     220760 :     std::vector< tk::real > phic(ncomp, 1.0);
     888 [ +  - ][ -  - ]:     220760 :     std::vector< tk::real > phip(nprim, 1.0);
     889                 :            :     // limit conserved quantities
     890                 :            :     std::vector< std::size_t > var;
     891         [ +  + ]:     714840 :     for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
     892 [ +  - ][ +  - ]:     494080 :       var.push_back(volfracIdx(nmat,k));
     893         [ +  - ]:     494080 :       var.push_back(densityIdx(nmat,k));
     894                 :            :     }
     895         [ +  - ]:     220760 :     VertexBasedLimiting(U, esup, inpoel, coord, e, rdof, rdof, ncomp,
     896                 :            :       phic, var);
     897                 :            :     // limit primitive quantities
     898                 :            :     var.clear();
     899 [ +  + ][ +  - ]:    1377120 :     for (std::size_t c=0; c<nprim; ++c) var.push_back(c);
     900         [ +  - ]:     220760 :     VertexBasedLimiting(P, esup, inpoel, coord, e, rdof, rdof, nprim,
     901                 :            :       phip, var);
     902                 :            : 
     903                 :            :     // limits under which compression is to be performed
     904 [ +  - ][ -  - ]:     220760 :     std::vector< std::size_t > matInt(nmat, 0);
     905 [ +  - ][ -  - ]:     220760 :     std::vector< tk::real > alAvg(nmat, 0.0);
     906         [ +  + ]:     714840 :     for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
     907                 :     494080 :       alAvg[k] = U(e, volfracDofIdx(nmat,k,rdof,0));
     908         [ +  - ]:     220760 :     auto intInd = interfaceIndicator(nmat, alAvg, matInt);
     909 [ -  + ][ -  - ]:     220760 :     if ((intsharp > 0) && intInd && srcFlag[e] == 0)
     910                 :            :     {
     911         [ -  - ]:          0 :       for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
     912                 :            :       {
     913         [ -  - ]:          0 :         if (matInt[k])
     914                 :          0 :           phic[volfracIdx(nmat,k)] = 1.0;
     915                 :            :       }
     916                 :            :     }
     917                 :            :     else
     918                 :            :     {
     919         [ +  - ]:     220760 :       if (!g_inputdeck.get< tag::accuracy_test >()) {
     920 [ +  - ][ -  - ]:     220760 :         std::vector< tk::real > phic_p2(ncomp, 1.0);
     921         [ +  - ]:     220760 :         consistentMultiMatLimiting_P1(nmat, rdof, e, solidx, U, P, phic,
     922                 :            :           phic_p2);
     923                 :            :       }
     924                 :            :     }
     925                 :            : 
     926                 :            :     // apply limiter function
     927         [ +  + ]:    2365280 :     for (std::size_t c=0; c<ncomp; ++c)
     928                 :            :     {
     929                 :    2144520 :       auto mark = c*rdof;
     930                 :    2144520 :       U(e, mark+1) = phic[c] * U(e, mark+1);
     931                 :    2144520 :       U(e, mark+2) = phic[c] * U(e, mark+2);
     932                 :    2144520 :       U(e, mark+3) = phic[c] * U(e, mark+3);
     933                 :            :     }
     934         [ +  + ]:    1377120 :     for (std::size_t c=0; c<nprim; ++c)
     935                 :            :     {
     936                 :    1156360 :       auto mark = c*rdof;
     937                 :    1156360 :       P(e, mark+1) = phip[c] * P(e, mark+1);
     938                 :    1156360 :       P(e, mark+2) = phip[c] * P(e, mark+2);
     939                 :    1156360 :       P(e, mark+3) = phip[c] * P(e, mark+3);
     940                 :            :     }
     941                 :            :   }
     942                 :       1618 : }
     943                 :            : 
     944                 :            : void
     945                 :     546450 : WENOLimiting( const tk::Fields& U,
     946                 :            :               const std::vector< int >& esuel,
     947                 :            :               std::size_t e,
     948                 :            :               inciter::ncomp_t c,
     949                 :            :               std::size_t rdof,
     950                 :            :               tk::real cweight,
     951                 :            :               std::array< std::vector< tk::real >, 3 >& limU )
     952                 :            : // *****************************************************************************
     953                 :            : //  WENO limiter function calculation for P1 dofs
     954                 :            : //! \param[in] U High-order solution vector which is to be limited
     955                 :            : //! \param[in] esuel Elements surrounding elements
     956                 :            : //! \param[in] e Id of element whose solution is to be limited
     957                 :            : //! \param[in] c Index of component which is to be limited
     958                 :            : //! \param[in] rdof Maximum number of reconstructed degrees of freedom
     959                 :            : //! \param[in] cweight Weight of the central stencil
     960                 :            : //! \param[in,out] limU Limited gradients of component c
     961                 :            : // *****************************************************************************
     962                 :            : {
     963                 :            :   std::array< std::array< tk::real, 3 >, 5 > gradu;
     964                 :            :   std::array< tk::real, 5 > wtStencil, osc, wtDof;
     965                 :            : 
     966                 :     546450 :   auto mark = c*rdof;
     967                 :            : 
     968                 :            :   // reset all stencil values to zero
     969         [ +  + ]:    3278700 :   for (auto& g : gradu) g.fill(0.0);
     970                 :            :   osc.fill(0);
     971                 :            :   wtDof.fill(0);
     972                 :            :   wtStencil.fill(0);
     973                 :            : 
     974                 :            :   // The WENO limiter uses solution data from the neighborhood in the form
     975                 :            :   // of stencils to enforce non-oscillatory conditions. The immediate
     976                 :            :   // (Von Neumann) neighborhood of a tetrahedral cell consists of the 4
     977                 :            :   // cells that share faces with it. These are the 4 neighborhood-stencils
     978                 :            :   // for the tetrahedron. The primary stencil is the tet itself. Weights are
     979                 :            :   // assigned to these stencils, with the primary stencil usually assigned
     980                 :            :   // the highest weight. The lower the primary/central weight, the more
     981                 :            :   // dissipative the limiting effect. This central weight is usually problem
     982                 :            :   // dependent. It is set higher for relatively weaker discontinuities, and
     983                 :            :   // lower for stronger discontinuities.
     984                 :            : 
     985                 :            :   // primary stencil
     986                 :     546450 :   gradu[0][0] = U(e, mark+1);
     987                 :     546450 :   gradu[0][1] = U(e, mark+2);
     988                 :     546450 :   gradu[0][2] = U(e, mark+3);
     989                 :     546450 :   wtStencil[0] = cweight;
     990                 :            : 
     991                 :            :   // stencils from the neighborhood
     992         [ +  + ]:    2732250 :   for (std::size_t is=1; is<5; ++is)
     993                 :            :   {
     994         [ +  + ]:    2185800 :     auto nel = esuel[ 4*e+(is-1) ];
     995                 :            : 
     996                 :            :     // ignore physical domain ghosts
     997         [ +  + ]:    2185800 :     if (nel == -1)
     998                 :            :     {
     999                 :            :       gradu[is].fill(0.0);
    1000                 :     359700 :       wtStencil[is] = 0.0;
    1001                 :     359700 :       continue;
    1002                 :            :     }
    1003                 :            : 
    1004                 :    1826100 :     std::size_t n = static_cast< std::size_t >( nel );
    1005                 :    1826100 :     gradu[is][0] = U(n, mark+1);
    1006                 :    1826100 :     gradu[is][1] = U(n, mark+2);
    1007                 :    1826100 :     gradu[is][2] = U(n, mark+3);
    1008                 :    1826100 :     wtStencil[is] = 1.0;
    1009                 :            :   }
    1010                 :            : 
    1011                 :            :   // From these stencils, an oscillation indicator is calculated, which
    1012                 :            :   // determines the effective weights for the high-order solution DOFs.
    1013                 :            :   // These effective weights determine the contribution of each of the
    1014                 :            :   // stencils to the high-order solution DOFs of the current cell which are
    1015                 :            :   // being limited. If this indicator detects a large oscillation in the
    1016                 :            :   // solution of the current cell, it reduces the effective weight for the
    1017                 :            :   // central stencil contribution to its high-order DOFs. This results in
    1018                 :            :   // a more dissipative and well-behaved solution in the troubled cell.
    1019                 :            : 
    1020                 :            :   // oscillation indicators
    1021         [ +  + ]:    3278700 :   for (std::size_t is=0; is<5; ++is)
    1022                 :    2732250 :     osc[is] = std::sqrt( tk::dot(gradu[is], gradu[is]) );
    1023                 :            : 
    1024                 :            :   tk::real wtotal = 0;
    1025                 :            : 
    1026                 :            :   // effective weights for dofs
    1027         [ +  + ]:    3278700 :   for (std::size_t is=0; is<5; ++is)
    1028                 :            :   {
    1029                 :            :     // A small number (1.0e-8) is needed here to avoid dividing by a zero in
    1030                 :            :     // the case of a constant solution, where osc would be zero. The number
    1031                 :            :     // is not set to machine zero because it is squared, and a number
    1032                 :            :     // between 1.0e-8 to 1.0e-6 is needed.
    1033                 :    2732250 :     wtDof[is] = wtStencil[is] * pow( (1.0e-8 + osc[is]), -2 );
    1034                 :    2732250 :     wtotal += wtDof[is];
    1035                 :            :   }
    1036                 :            : 
    1037         [ +  + ]:    3278700 :   for (std::size_t is=0; is<5; ++is)
    1038                 :            :   {
    1039                 :    2732250 :     wtDof[is] = wtDof[is]/wtotal;
    1040                 :            :   }
    1041                 :            : 
    1042                 :     546450 :   limU[0][e] = 0.0;
    1043                 :            :   limU[1][e] = 0.0;
    1044                 :     546450 :   limU[2][e] = 0.0;
    1045                 :            : 
    1046                 :            :   // limiter function
    1047         [ +  + ]:    3278700 :   for (std::size_t is=0; is<5; ++is)
    1048                 :            :   {
    1049                 :    2732250 :     limU[0][e] += wtDof[is]*gradu[is][0];
    1050                 :    2732250 :     limU[1][e] += wtDof[is]*gradu[is][1];
    1051                 :    2732250 :     limU[2][e] += wtDof[is]*gradu[is][2];
    1052                 :            :   }
    1053                 :     546450 : }
    1054                 :            : 
    1055                 :            : std::vector< tk::real >
    1056                 :    4756269 : SuperbeeLimiting( const tk::Fields& U,
    1057                 :            :                   const std::vector< int >& esuel,
    1058                 :            :                   const std::vector< std::size_t >& inpoel,
    1059                 :            :                   const tk::UnsMesh::Coords& coord,
    1060                 :            :                   std::size_t e,
    1061                 :            :                   std::size_t ndof,
    1062                 :            :                   std::size_t rdof,
    1063                 :            :                   std::size_t dof_el,
    1064                 :            :                   inciter:: ncomp_t ncomp,
    1065                 :            :                   tk::real beta_lim )
    1066                 :            : // *****************************************************************************
    1067                 :            : //  Superbee limiter function calculation for P1 dofs
    1068                 :            : //! \param[in] U High-order solution vector which is to be limited
    1069                 :            : //! \param[in] esuel Elements surrounding elements
    1070                 :            : //! \param[in] inpoel Element connectivity
    1071                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
    1072                 :            : //! \param[in] e Id of element whose solution is to be limited
    1073                 :            : //! \param[in] ndof Maximum number of degrees of freedom
    1074                 :            : //! \param[in] rdof Maximum number of reconstructed degrees of freedom
    1075                 :            : //! \param[in] dof_el Local number of degrees of freedom
    1076                 :            : //! \param[in] ncomp Number of scalar components in this PDE system
    1077                 :            : //! \param[in] beta_lim Parameter which is equal to 2 for Superbee and 1 for
    1078                 :            : //!   minmod limiter
    1079                 :            : //! \return phi Limiter function for solution in element e
    1080                 :            : // *****************************************************************************
    1081                 :            : {
    1082                 :            :   // Superbee is a TVD limiter, which uses min-max bounds that the
    1083                 :            :   // high-order solution should satisfy, to ensure TVD properties. For a
    1084                 :            :   // high-order method like DG, this involves the following steps:
    1085                 :            :   // 1. Find min-max bounds in the immediate neighborhood of cell.
    1086                 :            :   // 2. Calculate the Superbee function for all the points where solution
    1087                 :            :   //    needs to be reconstructed to (all quadrature points). From these,
    1088                 :            :   //    use the minimum value of the limiter function.
    1089                 :            : 
    1090 [ +  - ][ -  - ]:    4756269 :   std::vector< tk::real > uMin(ncomp, 0.0), uMax(ncomp, 0.0);
    1091                 :            : 
    1092         [ +  + ]:   13237014 :   for (inciter::ncomp_t c=0; c<ncomp; ++c)
    1093                 :            :   {
    1094                 :    8480745 :     auto mark = c*rdof;
    1095                 :    8480745 :     uMin[c] = U(e, mark);
    1096                 :    8480745 :     uMax[c] = U(e, mark);
    1097                 :            :   }
    1098                 :            : 
    1099                 :            :   // ----- Step-1: find min/max in the neighborhood
    1100         [ +  + ]:   23781345 :   for (std::size_t is=0; is<4; ++is)
    1101                 :            :   {
    1102         [ +  + ]:   19025076 :     auto nel = esuel[ 4*e+is ];
    1103                 :            : 
    1104                 :            :     // ignore physical domain ghosts
    1105         [ +  + ]:   19025076 :     if (nel == -1) continue;
    1106                 :            : 
    1107                 :   15954201 :     auto n = static_cast< std::size_t >( nel );
    1108         [ +  + ]:   44594406 :     for (inciter::ncomp_t c=0; c<ncomp; ++c)
    1109                 :            :     {
    1110         [ +  + ]:   28640205 :       auto mark = c*rdof;
    1111         [ +  + ]:   28640205 :       uMin[c] = std::min(uMin[c], U(n, mark));
    1112         [ +  + ]:   33822220 :       uMax[c] = std::max(uMax[c], U(n, mark));
    1113                 :            :     }
    1114                 :            :   }
    1115                 :            : 
    1116                 :            :   // ----- Step-2: loop over all quadrature points to get limiter function
    1117                 :            : 
    1118                 :            :   // to loop over all the quadrature points of all faces of element e,
    1119                 :            :   // coordinates of the quadrature points are needed.
    1120                 :            :   // Number of quadrature points for face integration
    1121         [ +  - ]:    4756269 :   auto ng = tk::NGfa(ndof);
    1122                 :            : 
    1123                 :            :   // arrays for quadrature points
    1124                 :            :   std::array< std::vector< tk::real >, 2 > coordgp;
    1125                 :            :   std::vector< tk::real > wgp;
    1126                 :            : 
    1127         [ +  - ]:    4756269 :   coordgp[0].resize( ng );
    1128         [ +  - ]:    4756269 :   coordgp[1].resize( ng );
    1129         [ +  - ]:    4756269 :   wgp.resize( ng );
    1130                 :            : 
    1131                 :            :   // get quadrature point weights and coordinates for triangle
    1132         [ +  - ]:    4756269 :   tk::GaussQuadratureTri( ng, coordgp, wgp );
    1133                 :            : 
    1134                 :            :   const auto& cx = coord[0];
    1135                 :            :   const auto& cy = coord[1];
    1136                 :            :   const auto& cz = coord[2];
    1137                 :            : 
    1138                 :            :   // Extract the element coordinates
    1139                 :            :   std::array< std::array< tk::real, 3>, 4 > coordel {{
    1140         [ +  - ]:    4756269 :     {{ cx[ inpoel[4*e  ] ], cy[ inpoel[4*e  ] ], cz[ inpoel[4*e  ] ] }},
    1141                 :    4756269 :     {{ cx[ inpoel[4*e+1] ], cy[ inpoel[4*e+1] ], cz[ inpoel[4*e+1] ] }},
    1142                 :    4756269 :     {{ cx[ inpoel[4*e+2] ], cy[ inpoel[4*e+2] ], cz[ inpoel[4*e+2] ] }},
    1143                 :    4756269 :     {{ cx[ inpoel[4*e+3] ], cy[ inpoel[4*e+3] ], cz[ inpoel[4*e+3] ] }} }};
    1144                 :            : 
    1145                 :            :   // Compute the determinant of Jacobian matrix
    1146                 :            :   auto detT =
    1147                 :    4756269 :     tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], coordel[2], coordel[3] );
    1148                 :            : 
    1149                 :            :   // initialize limiter function
    1150 [ +  - ][ -  - ]:    4756269 :   std::vector< tk::real > phi(ncomp, 1.0);
    1151         [ +  + ]:   23781345 :   for (std::size_t lf=0; lf<4; ++lf)
    1152                 :            :   {
    1153                 :            :     // Extract the face coordinates
    1154                 :   19025076 :     std::array< std::size_t, 3 > inpofa_l {{ inpoel[4*e+tk::lpofa[lf][0]],
    1155                 :   19025076 :                                              inpoel[4*e+tk::lpofa[lf][1]],
    1156                 :   19025076 :                                              inpoel[4*e+tk::lpofa[lf][2]] }};
    1157                 :            : 
    1158                 :            :     std::array< std::array< tk::real, 3>, 3 > coordfa {{
    1159                 :   19025076 :       {{ cx[ inpofa_l[0] ], cy[ inpofa_l[0] ], cz[ inpofa_l[0] ] }},
    1160                 :            :       {{ cx[ inpofa_l[1] ], cy[ inpofa_l[1] ], cz[ inpofa_l[1] ] }},
    1161                 :   19025076 :       {{ cx[ inpofa_l[2] ], cy[ inpofa_l[2] ], cz[ inpofa_l[2] ] }} }};
    1162                 :            : 
    1163                 :            :     // Gaussian quadrature
    1164         [ +  + ]:   59817012 :     for (std::size_t igp=0; igp<ng; ++igp)
    1165                 :            :     {
    1166                 :            :       // Compute the coordinates of quadrature point at physical domain
    1167         [ +  - ]:   40791936 :       auto gp = tk::eval_gp( igp, coordfa, coordgp );
    1168                 :            : 
    1169                 :            :       //Compute the basis functions
    1170                 :            :       auto B_l = tk::eval_basis( rdof,
    1171                 :   40791936 :             tk::Jacobian( coordel[0], gp, coordel[2], coordel[3] ) / detT,
    1172                 :   40791936 :             tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], gp, coordel[3] ) / detT,
    1173         [ +  - ]:   40791936 :             tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], coordel[2], gp ) / detT );
    1174                 :            : 
    1175                 :            :       auto state =
    1176         [ +  - ]:   40791936 :         tk::eval_state(ncomp, rdof, dof_el, e, U, B_l);
    1177                 :            : 
    1178                 :            :       Assert( state.size() == ncomp, "Size mismatch" );
    1179                 :            : 
    1180                 :            :       // compute the limiter function
    1181         [ +  + ]:  113603616 :       for (inciter::ncomp_t c=0; c<ncomp; ++c)
    1182                 :            :       {
    1183                 :   72811680 :         auto phi_gp = 1.0;
    1184                 :   72811680 :         auto mark = c*rdof;
    1185         [ +  + ]:   72811680 :         auto uNeg = state[c] - U(e, mark);
    1186         [ +  + ]:   72811680 :         if (uNeg > 1.0e-14)
    1187                 :            :         {
    1188         [ +  + ]:    7325847 :           uNeg = std::max(uNeg, 1.0e-08);
    1189         [ +  + ]:   11097542 :           phi_gp = std::min( 1.0, (uMax[c]-U(e, mark))/(2.0*uNeg) );
    1190                 :            :         }
    1191         [ +  + ]:   65485833 :         else if (uNeg < -1.0e-14)
    1192                 :            :         {
    1193         [ +  + ]:    7800808 :           uNeg = std::min(uNeg, -1.0e-08);
    1194         [ +  + ]:   12359468 :           phi_gp = std::min( 1.0, (uMin[c]-U(e, mark))/(2.0*uNeg) );
    1195                 :            :         }
    1196                 :            :         else
    1197                 :            :         {
    1198                 :            :           phi_gp = 1.0;
    1199                 :            :         }
    1200         [ +  + ]:   72811680 :         phi_gp = std::max( 0.0,
    1201         [ +  + ]:   72811680 :                            std::max( std::min(beta_lim*phi_gp, 1.0),
    1202                 :            :                                      std::min(phi_gp, beta_lim) ) );
    1203         [ +  + ]:   75269688 :         phi[c] = std::min( phi[c], phi_gp );
    1204                 :            :       }
    1205                 :            :     }
    1206                 :            :   }
    1207                 :            : 
    1208                 :    4756269 :   return phi;
    1209                 :            : }
    1210                 :            : 
    1211                 :            : void
    1212                 :    2934024 : VertexBasedLimiting(
    1213                 :            :   const tk::Fields& U,
    1214                 :            :   const std::map< std::size_t, std::vector< std::size_t > >& esup,
    1215                 :            :   const std::vector< std::size_t >& inpoel,
    1216                 :            :   const tk::UnsMesh::Coords& coord,
    1217                 :            :   std::size_t e,
    1218                 :            :   std::size_t rdof,
    1219                 :            :   std::size_t dof_el,
    1220                 :            :   std::size_t ncomp,
    1221                 :            :   std::vector< tk::real >& phi,
    1222                 :            :   const std::vector< std::size_t >& VarList )
    1223                 :            : // *****************************************************************************
    1224                 :            : //  Kuzmin's vertex-based limiter function calculation for P1 dofs
    1225                 :            : //! \param[in] U High-order solution vector which is to be limited
    1226                 :            : //! \param[in] esup Elements surrounding points
    1227                 :            : //! \param[in] inpoel Element connectivity
    1228                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
    1229                 :            : //! \param[in] e Id of element whose solution is to be limited
    1230                 :            : //! \param[in] rdof Maximum number of reconstructed degrees of freedom
    1231                 :            : //! \param[in] dof_el Local number of degrees of freedom
    1232                 :            : //! \param[in] ncomp Number of scalar components in this PDE system
    1233                 :            : //! \param[in,out] phi Limiter function for solution in element e
    1234                 :            : //! \param[in] VarList List of variable indices to be limited
    1235                 :            : // *****************************************************************************
    1236                 :            : {
    1237                 :            :   // Kuzmin's vertex-based TVD limiter uses min-max bounds that the
    1238                 :            :   // high-order solution should satisfy, to ensure TVD properties. For a
    1239                 :            :   // high-order method like DG, this involves the following steps:
    1240                 :            :   // 1. Find min-max bounds in the nodal-neighborhood of cell.
    1241                 :            :   // 2. Calculate the limiter function (Superbee) for all the vertices of cell.
    1242                 :            :   //    From these, use the minimum value of the limiter function.
    1243                 :            : 
    1244                 :            :   // Prepare for calculating Basis functions
    1245                 :            :   const auto& cx = coord[0];
    1246                 :            :   const auto& cy = coord[1];
    1247                 :            :   const auto& cz = coord[2];
    1248                 :            : 
    1249                 :            :   // Extract the element coordinates
    1250                 :            :   std::array< std::array< tk::real, 3>, 4 > coordel {{
    1251                 :    2934024 :     {{ cx[ inpoel[4*e  ] ], cy[ inpoel[4*e  ] ], cz[ inpoel[4*e  ] ] }},
    1252                 :    2934024 :     {{ cx[ inpoel[4*e+1] ], cy[ inpoel[4*e+1] ], cz[ inpoel[4*e+1] ] }},
    1253                 :    2934024 :     {{ cx[ inpoel[4*e+2] ], cy[ inpoel[4*e+2] ], cz[ inpoel[4*e+2] ] }},
    1254                 :    2934024 :     {{ cx[ inpoel[4*e+3] ], cy[ inpoel[4*e+3] ], cz[ inpoel[4*e+3] ] }} }};
    1255                 :            : 
    1256                 :            :   // Compute the determinant of Jacobian matrix
    1257                 :            :   auto detT =
    1258                 :    2934024 :     tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], coordel[2], coordel[3] );
    1259                 :            : 
    1260                 :    2934024 :   std::vector< tk::real > uMin(VarList.size(), 0.0),
    1261 [ +  - ][ -  - ]:    2934024 :                           uMax(VarList.size(), 0.0);
    1262                 :            : 
    1263                 :            :   // loop over all nodes of the element e
    1264         [ +  + ]:   14670120 :   for (std::size_t lp=0; lp<4; ++lp)
    1265                 :            :   {
    1266                 :            :     // reset min/max
    1267         [ +  + ]:   68978336 :     for (std::size_t i=0; i<VarList.size(); ++i)
    1268                 :            :     {
    1269                 :   57242240 :       auto mark = VarList[i]*rdof;
    1270                 :   57242240 :       uMin[i] = U(e, mark);
    1271                 :   57242240 :       uMax[i] = U(e, mark);
    1272                 :            :     }
    1273                 :   11736096 :     auto p = inpoel[4*e+lp];
    1274                 :            :     const auto& pesup = tk::cref_find(esup, p);
    1275                 :            : 
    1276                 :            :     // ----- Step-1: find min/max in the neighborhood of node p
    1277                 :            :     // loop over all the internal elements surrounding this node p
    1278         [ +  + ]:  195420720 :     for (auto er : pesup)
    1279                 :            :     {
    1280         [ +  + ]: 1071932256 :       for (std::size_t i=0; i<VarList.size(); ++i)
    1281                 :            :       {
    1282         [ +  + ]:  888247632 :         auto mark = VarList[i]*rdof;
    1283         [ +  + ]:  888247632 :         uMin[i] = std::min(uMin[i], U(er, mark));
    1284         [ +  + ]:  957282444 :         uMax[i] = std::max(uMax[i], U(er, mark));
    1285                 :            :       }
    1286                 :            :     }
    1287                 :            : 
    1288                 :            :     // ----- Step-2: compute the limiter function at this node
    1289                 :            :     // find high-order solution
    1290                 :            :     std::vector< tk::real > state;
    1291         [ +  - ]:   11736096 :     std::array< tk::real, 3 > gp{cx[p], cy[p], cz[p]};
    1292                 :            :     auto B_p = tk::eval_basis( rdof,
    1293                 :   11736096 :           tk::Jacobian( coordel[0], gp, coordel[2], coordel[3] ) / detT,
    1294                 :   11736096 :           tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], gp, coordel[3] ) / detT,
    1295         [ +  - ]:   11736096 :           tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], coordel[2], gp ) / detT );
    1296         [ +  - ]:   11736096 :     state = tk::eval_state(ncomp, rdof, dof_el, e, U, B_p);
    1297                 :            : 
    1298                 :            :     Assert( state.size() == ncomp, "Size mismatch" );
    1299                 :            : 
    1300                 :            :     // compute the limiter function
    1301         [ +  + ]:   68978336 :     for (std::size_t i=0; i<VarList.size(); ++i)
    1302                 :            :     {
    1303                 :   57242240 :       auto c = VarList[i];
    1304                 :   57242240 :       auto phi_gp = 1.0;
    1305         [ +  + ]:   57242240 :       auto mark = c*rdof;
    1306         [ +  + ]:   57242240 :       auto uNeg = state[c] - U(e, mark);
    1307         [ +  + ]:   57242240 :       auto uref = std::max(std::fabs(U(e,mark)), 1e-14);
    1308         [ +  + ]:   57242240 :       if (uNeg > 1.0e-06*uref)
    1309                 :            :       {
    1310         [ +  + ]:   13074198 :         phi_gp = std::min( 1.0, (uMax[i]-U(e, mark))/uNeg );
    1311                 :            :       }
    1312         [ +  + ]:   47381549 :       else if (uNeg < -1.0e-06*uref)
    1313                 :            :       {
    1314         [ +  + ]:   14222251 :         phi_gp = std::min( 1.0, (uMin[i]-U(e, mark))/uNeg );
    1315                 :            :       }
    1316                 :            :       else
    1317                 :            :       {
    1318                 :            :         phi_gp = 1.0;
    1319                 :            :       }
    1320                 :            : 
    1321                 :            :     // ----- Step-3: take the minimum of the nodal-limiter functions
    1322         [ +  + ]:   62335729 :       phi[c] = std::min( phi[c], phi_gp );
    1323                 :            :     }
    1324                 :            :   }
    1325                 :    2934024 : }
    1326                 :            : 
    1327                 :            : void
    1328                 :          0 : VertexBasedLimiting_P2( const std::vector< std::vector< tk::real > >& unk,
    1329                 :            :   const tk::Fields& U,
    1330                 :            :   const std::map< std::size_t, std::vector< std::size_t > >& esup,
    1331                 :            :   const std::vector< std::size_t >& inpoel,
    1332                 :            :   std::size_t e,
    1333                 :            :   std::size_t rdof,
    1334                 :            :   [[maybe_unused]] std::size_t dof_el,
    1335                 :            :   std::size_t ncomp,
    1336                 :            :   const std::vector< std::size_t >& gid,
    1337                 :            :   const std::unordered_map< std::size_t, std::size_t >& bid,
    1338                 :            :   const std::vector< std::vector<tk::real> >& NodalExtrm,
    1339                 :            :   const std::vector< std::size_t >& VarList,
    1340                 :            :   std::vector< tk::real >& phi )
    1341                 :            : // *****************************************************************************
    1342                 :            : //  Kuzmin's vertex-based limiter function calculation for P2 dofs
    1343                 :            : //! \param[in] U High-order solution vector which is to be limited
    1344                 :            : //! \param[in] esup Elements surrounding points
    1345                 :            : //! \param[in] inpoel Element connectivity
    1346                 :            : //! \param[in] e Id of element whose solution is to be limited
    1347                 :            : //! \param[in] rdof Maximum number of reconstructed degrees of freedom
    1348                 :            : //! \param[in] dof_el Local number of degrees of freedom
    1349                 :            : //! \param[in] ncomp Number of scalar components in this PDE system
    1350                 :            : //! \param[in] gid Local->global node id map
    1351                 :            : //! \param[in] bid Local chare-boundary node ids (value) associated to
    1352                 :            : //!   global node ids (key)
    1353                 :            : //! \param[in] NodalExtrm Chare-boundary nodal extrema
    1354                 :            : //! \param[in] VarList List of variable indices that need to be limited
    1355                 :            : //! \param[out] phi Limiter function for solution in element e
    1356                 :            : //! \details This function limits the P2 dofs of P2 solution in a hierachical
    1357                 :            : //!   way to P1 dof limiting. Here we treat the first order derivatives the same
    1358                 :            : //!   way as cell average while second order derivatives represent the gradients
    1359                 :            : //!   to be limited in the P1 limiting procedure.
    1360                 :            : // *****************************************************************************
    1361                 :            : {
    1362         [ -  - ]:          0 :   const auto nelem = inpoel.size() / 4;
    1363                 :            : 
    1364                 :          0 :   std::vector< std::vector< tk::real > > uMin, uMax;
    1365 [ -  - ][ -  - ]:          0 :   uMin.resize( VarList.size(), std::vector<tk::real>(3, 0.0) );
    1366 [ -  - ][ -  - ]:          0 :   uMax.resize( VarList.size(), std::vector<tk::real>(3, 0.0) );
    1367                 :            : 
    1368                 :            :   // The coordinates of centroid in the reference domain
    1369                 :            :   std::array< std::vector< tk::real >, 3 > center;
    1370         [ -  - ]:          0 :   center[0].resize(1, 0.25);
    1371         [ -  - ]:          0 :   center[1].resize(1, 0.25);
    1372         [ -  - ]:          0 :   center[2].resize(1, 0.25);
    1373                 :            : 
    1374                 :          0 :   std::array< std::array< tk::real, 4 >, 3 > cnodes{{
    1375                 :            :     {{0, 1, 0, 0}},
    1376                 :            :     {{0, 0, 1, 0}},
    1377                 :            :     {{0, 0, 0, 1}} }};
    1378                 :            : 
    1379                 :            :   // loop over all nodes of the element e
    1380         [ -  - ]:          0 :   for (std::size_t lp=0; lp<4; ++lp)
    1381                 :            :   {
    1382                 :            :     // Find the max/min first-order derivatives for internal element
    1383         [ -  - ]:          0 :     for (std::size_t i=0; i<VarList.size(); ++i)
    1384                 :            :     {
    1385         [ -  - ]:          0 :       for (std::size_t idir=1; idir < 4; ++idir)
    1386                 :            :       {
    1387                 :          0 :         uMin[i][idir-1] = unk[VarList[i]][idir];
    1388                 :          0 :         uMax[i][idir-1] = unk[VarList[i]][idir];
    1389                 :            :       }
    1390                 :            :     }
    1391                 :            : 
    1392                 :          0 :     auto p = inpoel[4*e+lp];
    1393                 :            :     const auto& pesup = tk::cref_find(esup, p);
    1394                 :            : 
    1395                 :            :     // Step-1: find min/max first order derivative at the centroid in the
    1396                 :            :     // neighborhood of node p
    1397         [ -  - ]:          0 :     for (auto er : pesup)
    1398                 :            :     {
    1399         [ -  - ]:          0 :       if(er < nelem)      // If this is internal element
    1400                 :            :       {
    1401                 :            :         // Compute the derivatives of basis function in the reference domain
    1402                 :            :         auto dBdxi_er = tk::eval_dBdxi(rdof,
    1403         [ -  - ]:          0 :           {{center[0][0], center[1][0], center[2][0]}});
    1404                 :            : 
    1405         [ -  - ]:          0 :         for (std::size_t i=0; i<VarList.size(); ++i)
    1406                 :            :         {
    1407                 :          0 :           auto mark = VarList[i]*rdof;
    1408         [ -  - ]:          0 :           for (std::size_t idir = 0; idir < 3; ++idir)
    1409                 :            :           {
    1410                 :            :             // The first order derivative at the centroid of element er
    1411                 :          0 :             tk::real slope_er(0.0);
    1412         [ -  - ]:          0 :             for(std::size_t idof = 1; idof < rdof; idof++)
    1413                 :          0 :               slope_er += U(er, mark+idof) * dBdxi_er[idir][idof];
    1414                 :            : 
    1415         [ -  - ]:          0 :             uMin[i][idir] = std::min(uMin[i][idir], slope_er);
    1416         [ -  - ]:          0 :             uMax[i][idir] = std::max(uMax[i][idir], slope_er);
    1417                 :            : 
    1418                 :            :           }
    1419                 :            :         }
    1420                 :            :       }
    1421                 :            :     }
    1422                 :            :     // If node p is the chare-boundary node, find min/max by comparing with
    1423                 :            :     // the chare-boundary nodal extrema from vector NodalExtrm
    1424                 :          0 :     auto gip = bid.find( gid[p] );
    1425         [ -  - ]:          0 :     if(gip != end(bid))
    1426                 :            :     {
    1427                 :          0 :       auto ndof_NodalExtrm = NodalExtrm[0].size() / (ncomp * 2);
    1428         [ -  - ]:          0 :       for (std::size_t i=0; i<VarList.size(); ++i)
    1429                 :            :       {
    1430         [ -  - ]:          0 :         for (std::size_t idir = 0; idir < 3; idir++)
    1431                 :            :         {
    1432                 :          0 :           auto max_mark = 2*VarList[i]*ndof_NodalExtrm + 2*idir;
    1433                 :          0 :           auto min_mark = max_mark + 1;
    1434                 :          0 :           const auto& ex = NodalExtrm[gip->second];
    1435         [ -  - ]:          0 :           uMax[i][idir] = std::max(ex[max_mark], uMax[i][idir]);
    1436         [ -  - ]:          0 :           uMin[i][idir] = std::min(ex[min_mark], uMin[i][idir]);
    1437                 :            :         }
    1438                 :            :       }
    1439                 :            :     }
    1440                 :            : 
    1441                 :            :     //Step-2: compute the limiter function at this node
    1442         [ -  - ]:          0 :     std::array< tk::real, 3 > node{cnodes[0][lp], cnodes[1][lp], cnodes[2][lp]};
    1443                 :            : 
    1444                 :            :     // find high-order solution
    1445                 :            :     std::vector< std::array< tk::real, 3 > > state;
    1446         [ -  - ]:          0 :     state.resize(VarList.size());
    1447                 :            : 
    1448         [ -  - ]:          0 :     for (std::size_t i=0; i<VarList.size(); ++i)
    1449                 :            :     {
    1450                 :          0 :       auto dx = node[0] - center[0][0];
    1451                 :          0 :       auto dy = node[1] - center[1][0];
    1452                 :          0 :       auto dz = node[2] - center[2][0];
    1453                 :            : 
    1454                 :          0 :       auto c = VarList[i];
    1455                 :            : 
    1456                 :          0 :       state[i][0] = unk[c][1] + unk[c][4]*dx + unk[c][7]*dy + unk[c][8]*dz;
    1457                 :          0 :       state[i][1] = unk[c][2] + unk[c][5]*dy + unk[c][7]*dx + unk[c][9]*dz;
    1458                 :          0 :       state[i][2] = unk[c][3] + unk[c][6]*dz + unk[c][8]*dx + unk[c][9]*dy;
    1459                 :            :     }
    1460                 :            : 
    1461                 :            :     // compute the limiter function
    1462         [ -  - ]:          0 :     for (std::size_t i=0; i<VarList.size(); ++i)
    1463                 :            :     {
    1464                 :          0 :       auto c = VarList[i];
    1465                 :            :       tk::real phi_dir(1.0);
    1466         [ -  - ]:          0 :       for (std::size_t idir = 1; idir <= 3; ++idir)
    1467                 :            :       {
    1468                 :          0 :         phi_dir = 1.0;
    1469         [ -  - ]:          0 :         auto uNeg = state[i][idir-1] - unk[c][idir];
    1470         [ -  - ]:          0 :         auto uref = std::max(std::fabs(unk[c][idir]), 1e-14);
    1471         [ -  - ]:          0 :         if (uNeg > 1.0e-6*uref)
    1472                 :            :         {
    1473                 :          0 :           phi_dir =
    1474         [ -  - ]:          0 :             std::min( 1.0, ( uMax[i][idir-1] - unk[c][idir])/uNeg );
    1475                 :            :         }
    1476         [ -  - ]:          0 :         else if (uNeg < -1.0e-6*uref)
    1477                 :            :         {
    1478                 :          0 :           phi_dir =
    1479         [ -  - ]:          0 :             std::min( 1.0, ( uMin[i][idir-1] - unk[c][idir])/uNeg );
    1480                 :            :         }
    1481                 :            :         else
    1482                 :            :         {
    1483                 :            :           phi_dir = 1.0;
    1484                 :            :         }
    1485                 :            : 
    1486         [ -  - ]:          0 :         phi[c] = std::min( phi[c], phi_dir );
    1487                 :            :       }
    1488                 :            :     }
    1489                 :            :   }
    1490                 :          0 : }
    1491                 :            : 
    1492                 :    1235632 : void consistentMultiMatLimiting_P1(
    1493                 :            :   std::size_t nmat,
    1494                 :            :   std::size_t rdof,
    1495                 :            :   std::size_t e,
    1496                 :            :   const std::vector< std::size_t >& solidx,
    1497                 :            :   tk::Fields& U,
    1498                 :            :   [[maybe_unused]] tk::Fields& P,
    1499                 :            :   std::vector< tk::real >& phic_p1,
    1500                 :            :   std::vector< tk::real >& phic_p2 )
    1501                 :            : // *****************************************************************************
    1502                 :            : //  Consistent limiter modifications for conservative variables
    1503                 :            : //! \param[in] nmat Number of materials in this PDE system
    1504                 :            : //! \param[in] rdof Total number of reconstructed dofs
    1505                 :            : //! \param[in] e Element being checked for consistency
    1506                 :            : //! \param[in] solidx Solid material index indicator
    1507                 :            : //! \param[in] U Vector of conservative variables
    1508                 :            : //! \param[in] P Vector of primitive variables
    1509                 :            : //! \param[in,out] phic_p1 Vector of limiter functions for P1 dofs of the
    1510                 :            : //!   conserved quantities
    1511                 :            : //! \param[in,out] phip_p2 Vector of limiter functions for P2 dofs of the
    1512                 :            : //!   conserved quantities
    1513                 :            : // *****************************************************************************
    1514                 :            : {
    1515                 :            :   // find the limiter-function for volume-fractions
    1516                 :    1235632 :   auto phi_al_p1(1.0), phi_al_p2(1.0), almax(0.0), dalmax(0.0);
    1517                 :            :   //std::size_t nmax(0);
    1518         [ +  + ]:    3759456 :   for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
    1519                 :            :   {
    1520         [ +  + ]:    2523824 :     phi_al_p1 = std::min( phi_al_p1, phic_p1[volfracIdx(nmat, k)] );
    1521         [ -  + ]:    2523824 :     if(rdof > 4)
    1522         [ -  - ]:          0 :       phi_al_p2 = std::min( phi_al_p2, phic_p2[volfracIdx(nmat, k)] );
    1523         [ +  + ]:    2523824 :     if (almax < U(e,volfracDofIdx(nmat, k, rdof, 0)))
    1524                 :            :     {
    1525                 :            :       //nmax = k;
    1526                 :            :       almax = U(e,volfracDofIdx(nmat, k, rdof, 0));
    1527                 :            :     }
    1528                 :            :     tk::real dmax(0.0);
    1529                 :    2523824 :     dmax = std::max(
    1530                 :            :              std::max(
    1531                 :    5047648 :                std::abs(U(e,volfracDofIdx(nmat, k, rdof, 1))),
    1532         [ +  + ]:    2523824 :                std::abs(U(e,volfracDofIdx(nmat, k, rdof, 2))) ),
    1533 [ +  + ][ +  + ]:    5047648 :                std::abs(U(e,volfracDofIdx(nmat, k, rdof, 3))) );
    1534                 :    2523824 :     dalmax = std::max( dalmax, dmax );
    1535                 :            :   }
    1536                 :            : 
    1537                 :            :   auto al_band = 1e-4;
    1538                 :            : 
    1539                 :            :   //phi_al = phic[nmax];
    1540                 :            : 
    1541                 :            :   // determine if cell is a material-interface cell based on ad-hoc tolerances.
    1542                 :            :   // if interface-cell, then modify high-order dofs of conserved unknowns
    1543                 :            :   // consistently and use same limiter for all equations.
    1544                 :            :   // Slopes of solution variables \alpha_k \rho_k and \alpha_k \rho_k E_k need
    1545                 :            :   // to be modified in interface cells, such that slopes in the \rho_k and
    1546                 :            :   // \rho_k E_k part are ignored and only slopes in \alpha_k are considered.
    1547                 :            :   // Ideally, we would like to not do this, but this is a necessity to avoid
    1548                 :            :   // limiter-limiter interactions in multiphase CFD (see "K.-M. Shyue, F. Xiao,
    1549                 :            :   // An Eulerian interface sharpening algorithm for compressible two-phase flow:
    1550                 :            :   // the algebraic THINC approach, Journal of Computational Physics 268, 2014,
    1551                 :            :   // 326–354. doi:10.1016/j.jcp.2014.03.010." and "A. Chiapolino, R. Saurel,
    1552                 :            :   // B. Nkonga, Sharpening diffuse interfaces with compressible fluids on
    1553                 :            :   // unstructured meshes, Journal of Computational Physics 340 (2017) 389–417.
    1554                 :            :   // doi:10.1016/j.jcp.2017.03.042."). This approximation should be applied in
    1555                 :            :   // as narrow a band of interface-cells as possible. The following if-test
    1556                 :            :   // defines this band of interface-cells. This tests checks the value of the
    1557                 :            :   // maximum volume-fraction in the cell (almax) and the maximum change in
    1558                 :            :   // volume-fraction in the cell (dalmax, calculated from second-order DOFs),
    1559                 :            :   // to determine the band of interface-cells where the aforementioned fix needs
    1560                 :            :   // to be applied. This if-test says that, the fix is applied when the change
    1561                 :            :   // in volume-fraction across a cell is greater than 0.1, *and* the
    1562                 :            :   // volume-fraction is between 0.1 and 0.9.
    1563         [ -  + ]:    1235632 :   if ( //dalmax > al_band &&
    1564         [ +  + ]:    1235632 :        (almax > al_band && almax < (1.0-al_band)) )
    1565                 :            :   {
    1566                 :            :     // 1. consistent high-order dofs
    1567         [ +  + ]:     208380 :     for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
    1568                 :            :     {
    1569                 :            :       auto alk =
    1570         [ +  - ]:     277972 :         std::max( 1.0e-14, U(e,volfracDofIdx(nmat, k, rdof, 0)) );
    1571                 :     138986 :       auto rhok = U(e,densityDofIdx(nmat, k, rdof, 0)) / alk;
    1572                 :     138986 :       auto rhoE = U(e,energyDofIdx(nmat, k, rdof, 0)) / alk;
    1573         [ +  + ]:     555944 :       for (std::size_t idof=1; idof<rdof; ++idof)
    1574                 :            :       {
    1575                 :     416958 :           U(e,densityDofIdx(nmat, k, rdof, idof)) = rhok *
    1576                 :     416958 :             U(e,volfracDofIdx(nmat, k, rdof, idof));
    1577                 :     416958 :           U(e,energyDofIdx(nmat, k, rdof, idof)) = rhoE *
    1578                 :     416958 :             U(e,volfracDofIdx(nmat, k, rdof, idof));
    1579                 :            :       }
    1580         [ +  + ]:     138986 :       if (solidx[k] > 0)
    1581         [ +  + ]:      11388 :         for (std::size_t i=0; i<3; ++i)
    1582         [ +  + ]:      34164 :           for (std::size_t j=0; j<3; ++j)
    1583                 :            :           {
    1584         [ +  + ]:     102492 :             for (std::size_t idof=1; idof<rdof; ++idof)
    1585                 :      76869 :               U(e,deformDofIdx(nmat,solidx[k],i,j,rdof,idof)) = 0.0;
    1586                 :            :           }
    1587                 :            :     }
    1588                 :            : 
    1589                 :            :     // 2. same limiter for all volume-fractions and densities
    1590         [ +  + ]:     208380 :     for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
    1591                 :            :     {
    1592         [ +  + ]:     138986 :       phic_p1[volfracIdx(nmat, k)] = phi_al_p1;
    1593         [ +  + ]:     138986 :       phic_p1[densityIdx(nmat, k)] = phi_al_p1;
    1594                 :     138986 :       phic_p1[energyIdx(nmat, k)] = phi_al_p1;
    1595         [ +  + ]:     138986 :       if (solidx[k] > 0)
    1596         [ +  + ]:      11388 :         for (std::size_t i=0; i<3; ++i)
    1597         [ +  + ]:      34164 :           for (std::size_t j=0; j<3; ++j)
    1598                 :      25623 :             phic_p1[deformIdx(nmat,solidx[k],i,j)] = phi_al_p1;
    1599                 :            :     }
    1600         [ -  + ]:      69394 :     if(rdof > 4)
    1601                 :            :     {
    1602         [ -  - ]:          0 :       for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
    1603                 :            :       {
    1604         [ -  - ]:          0 :         phic_p2[volfracIdx(nmat, k)] = phi_al_p2;
    1605         [ -  - ]:          0 :         phic_p2[densityIdx(nmat, k)] = phi_al_p2;
    1606                 :          0 :         phic_p2[energyIdx(nmat, k)] = phi_al_p2;
    1607         [ -  - ]:          0 :         if (solidx[k] > 0)
    1608         [ -  - ]:          0 :           for (std::size_t i=0; i<3; ++i)
    1609         [ -  - ]:          0 :             for (std::size_t j=0; j<3; ++j)
    1610                 :          0 :               phic_p2[deformIdx(nmat,solidx[k],i,j)] = phi_al_p2;
    1611                 :            :       }
    1612                 :            :     }
    1613                 :            :   }
    1614                 :            :   else
    1615                 :            :   {
    1616                 :            :     // same limiter for all volume-fractions
    1617         [ +  + ]:    3551076 :     for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
    1618                 :    2384838 :       phic_p1[volfracIdx(nmat, k)] = phi_al_p1;
    1619         [ -  + ]:    1166238 :     if(rdof > 4)
    1620         [ -  - ]:          0 :       for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
    1621                 :          0 :         phic_p2[volfracIdx(nmat, k)] = phi_al_p2;
    1622                 :            :   }
    1623                 :    1235632 : }
    1624                 :            : 
    1625                 :    1014872 : void BoundPreservingLimiting( std::size_t nmat,
    1626                 :            :                               std::size_t ndof,
    1627                 :            :                               std::size_t e,
    1628                 :            :                               const std::vector< std::size_t >& inpoel,
    1629                 :            :                               const tk::UnsMesh::Coords& coord,
    1630                 :            :                               const tk::Fields& U,
    1631                 :            :                               std::vector< tk::real >& phic_p1,
    1632                 :            :                               std::vector< tk::real >& phic_p2 )
    1633                 :            : // *****************************************************************************
    1634                 :            : //  Bound preserving limiter for volume fractions when MulMat scheme is selected
    1635                 :            : //! \param[in] nmat Number of materials in this PDE system
    1636                 :            : //! \param[in] ndof Total number of reconstructed dofs
    1637                 :            : //! \param[in] e Element being checked for consistency
    1638                 :            : //! \param[in] inpoel Element connectivity
    1639                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
    1640                 :            : //! \param[in,out] U Second-order solution vector which gets modified near
    1641                 :            : //!   material interfaces for consistency
    1642                 :            : //! \param[in] unk Vector of conservative variables based on Taylor basis
    1643                 :            : //! \param[in,out] phic_p1 Vector of limiter functions for P1 dofs of the
    1644                 :            : //!   conserved quantities
    1645                 :            : //! \param[in,out] phic_p2 Vector of limiter functions for P2 dofs of the
    1646                 :            : //!   conserved quantities
    1647                 :            : //! \details This bound-preserving limiter is specifically meant to enforce
    1648                 :            : //!   bounds [0,1], but it does not suppress oscillations like the other 'TVD'
    1649                 :            : //!   limiters. TVD limiters on the other hand, do not preserve such bounds. A
    1650                 :            : //!   combination of oscillation-suppressing and bound-preserving limiters can
    1651                 :            : //!   obtain a non-oscillatory and bounded solution.
    1652                 :            : // *****************************************************************************
    1653                 :            : {
    1654                 :            :   const auto& cx = coord[0];
    1655                 :            :   const auto& cy = coord[1];
    1656                 :            :   const auto& cz = coord[2];
    1657                 :            : 
    1658                 :            :   // Extract the element coordinates
    1659                 :            :   std::array< std::array< tk::real, 3>, 4 > coordel {{
    1660                 :    1014872 :     {{ cx[ inpoel[4*e  ] ], cy[ inpoel[4*e  ] ], cz[ inpoel[4*e  ] ] }},
    1661                 :    1014872 :     {{ cx[ inpoel[4*e+1] ], cy[ inpoel[4*e+1] ], cz[ inpoel[4*e+1] ] }},
    1662                 :    1014872 :     {{ cx[ inpoel[4*e+2] ], cy[ inpoel[4*e+2] ], cz[ inpoel[4*e+2] ] }},
    1663                 :    1014872 :     {{ cx[ inpoel[4*e+3] ], cy[ inpoel[4*e+3] ], cz[ inpoel[4*e+3] ] }} }};
    1664                 :            : 
    1665                 :            :   // Compute the determinant of Jacobian matrix
    1666                 :            :   auto detT =
    1667                 :    1014872 :     tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], coordel[2], coordel[3] );
    1668                 :            : 
    1669                 :    1014872 :   std::vector< tk::real > phi_bound(nmat, 1.0);
    1670                 :            : 
    1671                 :            :   // Compute the upper and lower bound for volume fraction
    1672                 :            :   const tk::real min = 1e-14;
    1673                 :            :   const tk::real max = 1.0 - min;
    1674                 :            : 
    1675                 :            :   // loop over all faces of the element e
    1676         [ +  + ]:    5074360 :   for (std::size_t lf=0; lf<4; ++lf)
    1677                 :            :   {
    1678                 :            :     // Extract the face coordinates
    1679         [ +  - ]:    4059488 :     std::array< std::size_t, 3 > inpofa_l {{ inpoel[4*e+tk::lpofa[lf][0]],
    1680                 :    4059488 :                                              inpoel[4*e+tk::lpofa[lf][1]],
    1681                 :    4059488 :                                              inpoel[4*e+tk::lpofa[lf][2]] }};
    1682                 :            : 
    1683                 :            :     std::array< std::array< tk::real, 3>, 3 > coordfa {{
    1684                 :    4059488 :       {{ cx[ inpofa_l[0] ], cy[ inpofa_l[0] ], cz[ inpofa_l[0] ] }},
    1685                 :            :       {{ cx[ inpofa_l[1] ], cy[ inpofa_l[1] ], cz[ inpofa_l[1] ] }},
    1686                 :    4059488 :       {{ cx[ inpofa_l[2] ], cy[ inpofa_l[2] ], cz[ inpofa_l[2] ] }} }};
    1687                 :            : 
    1688         [ +  - ]:    4059488 :     auto ng = tk::NGfa(ndof);
    1689                 :            : 
    1690                 :            :     // arrays for quadrature points
    1691                 :            :     std::array< std::vector< tk::real >, 2 > coordgp;
    1692                 :            :     std::vector< tk::real > wgp;
    1693                 :            : 
    1694         [ +  - ]:    4059488 :     coordgp[0].resize( ng );
    1695         [ +  - ]:    4059488 :     coordgp[1].resize( ng );
    1696         [ +  - ]:    4059488 :     wgp.resize( ng );
    1697                 :            : 
    1698                 :            :     // get quadrature point weights and coordinates for triangle
    1699         [ +  - ]:    4059488 :     tk::GaussQuadratureTri( ng, coordgp, wgp );
    1700                 :            : 
    1701                 :            :     // Gaussian quadrature
    1702         [ +  + ]:   12035360 :     for (std::size_t igp=0; igp<ng; ++igp)
    1703                 :            :     {
    1704                 :            :       // Compute the coordinates of quadrature point at physical domain
    1705         [ +  - ]:    7975872 :       auto gp = tk::eval_gp( igp, coordfa, coordgp );
    1706                 :            : 
    1707                 :            :       //Compute the basis functions
    1708                 :            :       auto B = tk::eval_basis( ndof,
    1709                 :    7975872 :             tk::Jacobian( coordel[0], gp, coordel[2], coordel[3] ) / detT,
    1710                 :    7975872 :             tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], gp, coordel[3] ) / detT,
    1711         [ +  - ]:    7975872 :             tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], coordel[2], gp ) / detT );
    1712                 :            : 
    1713         [ +  - ]:    7975872 :       auto state = eval_state( U.nprop()/ndof, ndof, ndof, e, U, B );
    1714                 :            : 
    1715         [ +  + ]:   23927616 :       for(std::size_t imat = 0; imat < nmat; imat++)
    1716                 :            :       {
    1717                 :   15951744 :         auto phi = BoundPreservingLimitingFunction( min, max,
    1718         [ +  - ]:   15951744 :           state[volfracIdx(nmat, imat)],
    1719                 :   15951744 :           U(e,volfracDofIdx(nmat, imat, ndof, 0)) );
    1720         [ +  + ]:   16163508 :         phi_bound[imat] = std::min( phi_bound[imat], phi );
    1721                 :            :       }
    1722                 :            :     }
    1723                 :            :   }
    1724                 :            : 
    1725                 :            :   // If DG(P2), the bound-preserving limiter should also be applied to the gauss
    1726                 :            :   // point within the element
    1727         [ -  + ]:    1014872 :   if(ndof > 4)
    1728                 :            :   {
    1729         [ -  - ]:          0 :     auto ng = tk::NGvol(ndof);
    1730                 :            : 
    1731                 :            :     // arrays for quadrature points
    1732                 :            :     std::array< std::vector< tk::real >, 3 > coordgp;
    1733                 :            :     std::vector< tk::real > wgp;
    1734                 :            : 
    1735         [ -  - ]:          0 :     coordgp[0].resize( ng );
    1736         [ -  - ]:          0 :     coordgp[1].resize( ng );
    1737         [ -  - ]:          0 :     coordgp[2].resize( ng );
    1738         [ -  - ]:          0 :     wgp.resize( ng );
    1739                 :            : 
    1740         [ -  - ]:          0 :     tk::GaussQuadratureTet( ng, coordgp, wgp );
    1741                 :            : 
    1742         [ -  - ]:          0 :     for (std::size_t igp=0; igp<ng; ++igp)
    1743                 :            :     {
    1744                 :            :       // Compute the basis function
    1745         [ -  - ]:          0 :       auto B = tk::eval_basis( ndof, coordgp[0][igp], coordgp[1][igp],
    1746         [ -  - ]:          0 :         coordgp[2][igp] );
    1747                 :            : 
    1748         [ -  - ]:          0 :       auto state = tk::eval_state(U.nprop()/ndof, ndof, ndof, e, U, B);
    1749                 :            : 
    1750         [ -  - ]:          0 :       for(std::size_t imat = 0; imat < nmat; imat++)
    1751                 :            :       {
    1752                 :          0 :         auto phi = BoundPreservingLimitingFunction(min, max,
    1753         [ -  - ]:          0 :           state[volfracIdx(nmat, imat)],
    1754                 :          0 :           U(e,volfracDofIdx(nmat, imat, ndof, 0)) );
    1755         [ -  - ]:          0 :         phi_bound[imat] = std::min( phi_bound[imat], phi );
    1756                 :            :       }
    1757                 :            :     }
    1758                 :            :   }
    1759                 :            : 
    1760         [ +  + ]:    3044616 :   for(std::size_t k=0; k<nmat; k++)
    1761         [ +  + ]:    2234003 :     phic_p1[volfracIdx(nmat, k)] = std::min(phi_bound[k],
    1762         [ +  + ]:    2029744 :       phic_p1[volfracIdx(nmat, k)]);
    1763                 :            : 
    1764         [ -  + ]:    1014872 :   if(ndof > 4)
    1765         [ -  - ]:          0 :     for(std::size_t k=0; k<nmat; k++)
    1766         [ -  - ]:          0 :       phic_p2[volfracIdx(nmat, k)] = std::min(phi_bound[k],
    1767         [ -  - ]:          0 :         phic_p2[volfracIdx(nmat, k)]);
    1768                 :    1014872 : }
    1769                 :            : 
    1770                 :            : tk::real
    1771                 :   15951744 : BoundPreservingLimitingFunction( const tk::real min,
    1772                 :            :                                  const tk::real max,
    1773                 :            :                                  const tk::real al_gp,
    1774                 :            :                                  const tk::real al_avg )
    1775                 :            : // *****************************************************************************
    1776                 :            : //  Bound-preserving limiter function for the volume fractions
    1777                 :            : //! \param[in] min Minimum bound for volume fraction
    1778                 :            : //! \param[in] max Maximum bound for volume fraction
    1779                 :            : //! \param[in] al_gp Volume fraction at the quadrature point
    1780                 :            : //! \param[in] al_avg Cell-average volume fraction
    1781                 :            : //! \return The limiting coefficient from the bound-preserving limiter function
    1782                 :            : // *****************************************************************************
    1783                 :            : {
    1784                 :            :   tk::real phi(1.0), al_diff(0.0);
    1785                 :   15951744 :   al_diff = al_gp - al_avg;
    1786 [ +  + ][ +  - ]:   15951744 :   if(al_gp > max && fabs(al_diff) > 1e-15)
    1787                 :     269735 :     phi = std::fabs( (max - al_avg) / al_diff );
    1788 [ +  + ][ +  + ]:   15682009 :   else if(al_gp < min && fabs(al_diff) > 1e-15)
    1789                 :     269735 :     phi = std::fabs( (min - al_avg) / al_diff );
    1790                 :   15951744 :   return phi;
    1791                 :            : }
    1792                 :            : 
    1793                 :    1027440 : void PositivityLimitingMultiMat( std::size_t nmat,
    1794                 :            :                                  const std::vector< inciter::EOS >& mat_blk,
    1795                 :            :                                  std::size_t rdof,
    1796                 :            :                                  std::size_t ndof_el,
    1797                 :            :                                  std::size_t e,
    1798                 :            :                                  const std::vector< std::size_t >& inpoel,
    1799                 :            :                                  const tk::UnsMesh::Coords& coord,
    1800                 :            :                                  const tk::Fields& U,
    1801                 :            :                                  const tk::Fields& P,
    1802                 :            :                                  std::vector< tk::real >& phic_p1,
    1803                 :            :                                  std::vector< tk::real >& phic_p2,
    1804                 :            :                                  std::vector< tk::real >& phip_p1,
    1805                 :            :                                  std::vector< tk::real >& phip_p2 )
    1806                 :            : // *****************************************************************************
    1807                 :            : //  Positivity preserving limiter for multi-material solver
    1808                 :            : //! \param[in] nmat Number of materials in this PDE system
    1809                 :            : //! \param[in] mat_blk EOS material block
    1810                 :            : //! \param[in] rdof Total number of reconstructed dofs
    1811                 :            : //! \param[in] ndof_el Number of dofs for element e
    1812                 :            : //! \param[in] e Element being checked for consistency
    1813                 :            : //! \param[in] inpoel Element connectivity
    1814                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
    1815                 :            : //! \param[in] U Vector of conservative variables
    1816                 :            : //! \param[in] P Vector of primitive variables
    1817                 :            : //! \param[in,out] phic_p1 Vector of limiter functions for P1 dofs of the
    1818                 :            : //!   conserved quantities
    1819                 :            : //! \param[in,out] phic_p2 Vector of limiter functions for P2 dofs of the
    1820                 :            : //!   conserved quantities
    1821                 :            : //! \param[in,out] phip_p1 Vector of limiter functions for P1 dofs of the
    1822                 :            : //!   primitive quantities
    1823                 :            : //! \param[in,out] phip_p2 Vector of limiter functions for P2 dofs of the
    1824                 :            : //!   primitive quantities
    1825                 :            : // *****************************************************************************
    1826                 :            : {
    1827                 :    1027440 :   const auto ncomp = U.nprop() / rdof;
    1828                 :    1027440 :   const auto nprim = P.nprop() / rdof;
    1829                 :            : 
    1830                 :            :   const auto& cx = coord[0];
    1831                 :            :   const auto& cy = coord[1];
    1832                 :            :   const auto& cz = coord[2];
    1833                 :            : 
    1834                 :            :   // Extract the element coordinates
    1835                 :            :   std::array< std::array< tk::real, 3>, 4 > coordel {{
    1836                 :    1027440 :     {{ cx[ inpoel[4*e  ] ], cy[ inpoel[4*e  ] ], cz[ inpoel[4*e  ] ] }},
    1837                 :    1027440 :     {{ cx[ inpoel[4*e+1] ], cy[ inpoel[4*e+1] ], cz[ inpoel[4*e+1] ] }},
    1838                 :    1027440 :     {{ cx[ inpoel[4*e+2] ], cy[ inpoel[4*e+2] ], cz[ inpoel[4*e+2] ] }},
    1839                 :    1027440 :     {{ cx[ inpoel[4*e+3] ], cy[ inpoel[4*e+3] ], cz[ inpoel[4*e+3] ] }} }};
    1840                 :            : 
    1841                 :            :   // Compute the determinant of Jacobian matrix
    1842                 :            :   auto detT =
    1843                 :    1027440 :     tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], coordel[2], coordel[3] );
    1844                 :            : 
    1845                 :    1027440 :   std::vector< tk::real > phic_bound(ncomp, 1.0);
    1846 [ +  - ][ -  - ]:    1027440 :   std::vector< tk::real > phip_bound(nprim, 1.0);
    1847                 :            : 
    1848                 :    1027440 :   const tk::real min = 1e-15;
    1849                 :            : 
    1850         [ +  + ]:    5137200 :   for (std::size_t lf=0; lf<4; ++lf)
    1851                 :            :   {
    1852         [ +  - ]:    4109760 :     std::array< std::size_t, 3 > inpofa_l {{ inpoel[4*e+tk::lpofa[lf][0]],
    1853                 :    4109760 :                                              inpoel[4*e+tk::lpofa[lf][1]],
    1854                 :    4109760 :                                              inpoel[4*e+tk::lpofa[lf][2]] }};
    1855                 :            : 
    1856                 :            :     std::array< std::array< tk::real, 3>, 3 > coordfa {{
    1857                 :    4109760 :       {{ cx[ inpofa_l[0] ], cy[ inpofa_l[0] ], cz[ inpofa_l[0] ] }},
    1858                 :            :       {{ cx[ inpofa_l[1] ], cy[ inpofa_l[1] ], cz[ inpofa_l[1] ] }},
    1859                 :    4109760 :       {{ cx[ inpofa_l[2] ], cy[ inpofa_l[2] ], cz[ inpofa_l[2] ] }} }};
    1860                 :            : 
    1861         [ +  - ]:    4109760 :     auto ng = tk::NGfa(ndof_el);
    1862                 :            : 
    1863                 :            :     std::array< std::vector< tk::real >, 2 > coordgp;
    1864                 :            :     std::vector< tk::real > wgp;
    1865                 :            : 
    1866         [ +  - ]:    4109760 :     coordgp[0].resize( ng );
    1867         [ +  - ]:    4109760 :     coordgp[1].resize( ng );
    1868         [ +  - ]:    4109760 :     wgp.resize( ng );
    1869                 :            : 
    1870         [ +  - ]:    4109760 :     tk::GaussQuadratureTri( ng, coordgp, wgp );
    1871                 :            : 
    1872         [ +  + ]:   16439040 :     for (std::size_t igp=0; igp<ng; ++igp)
    1873                 :            :     {
    1874         [ +  - ]:   12329280 :       auto gp = tk::eval_gp( igp, coordfa, coordgp );
    1875                 :            :       auto B = tk::eval_basis( ndof_el,
    1876                 :   12329280 :             tk::Jacobian( coordel[0], gp, coordel[2], coordel[3] ) / detT,
    1877                 :   12329280 :             tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], gp, coordel[3] ) / detT,
    1878         [ +  - ]:   12329280 :             tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], coordel[2], gp ) / detT );
    1879                 :            : 
    1880         [ +  - ]:   12329280 :       auto state = eval_state(ncomp, rdof, ndof_el, e, U, B);
    1881         [ +  - ]:   12329280 :       auto sprim = eval_state(nprim, rdof, ndof_el, e, P, B);
    1882                 :            : 
    1883         [ +  + ]:   36987840 :       for(std::size_t imat = 0; imat < nmat; imat++)
    1884                 :            :       {
    1885         [ +  - ]:   24658560 :         tk::real phi_rho(1.0), phi_rhoe(1.0), phi_pre(1.0);
    1886                 :            :         // Evaluate the limiting coefficient for material density
    1887         [ +  - ]:   24658560 :         auto rho = state[densityIdx(nmat, imat)];
    1888                 :   24658560 :         auto rho_avg = U(e, densityDofIdx(nmat, imat, rdof, 0));
    1889         [ +  - ]:   24658560 :         phi_rho = PositivityLimiting(min, rho, rho_avg);
    1890                 :   24658560 :         phic_bound[densityIdx(nmat, imat)] =
    1891 [ +  + ][ +  - ]:   24824384 :           std::min(phic_bound[densityIdx(nmat, imat)], phi_rho);
    1892                 :            :         // Evaluate the limiting coefficient for material energy
    1893         [ +  - ]:   24658560 :         auto rhoe = state[energyIdx(nmat, imat)];
    1894                 :   24658560 :         auto rhoe_avg = U(e, energyDofIdx(nmat, imat, rdof, 0));
    1895         [ +  - ]:   24658560 :         phi_rhoe = PositivityLimiting(min, rhoe, rhoe_avg);
    1896                 :   24658560 :         phic_bound[energyIdx(nmat, imat)] =
    1897         [ +  + ]:   24658560 :           std::min(phic_bound[energyIdx(nmat, imat)], phi_rhoe);
    1898                 :            :         // Evaluate the limiting coefficient for material pressure
    1899 [ +  - ][ +  + ]:   49317120 :         auto min_pre = std::max(min, state[volfracIdx(nmat, imat)] *
    1900         [ +  - ]:   24658560 :           mat_blk[imat].compute< EOS::min_eff_pressure >(min, rho,
    1901                 :   24658560 :           state[volfracIdx(nmat, imat)]));
    1902         [ +  - ]:   24658560 :         auto pre = sprim[pressureIdx(nmat, imat)];
    1903                 :   24658560 :         auto pre_avg = P(e, pressureDofIdx(nmat, imat, rdof, 0));
    1904         [ +  - ]:   24658560 :         phi_pre = PositivityLimiting(min_pre, pre, pre_avg);
    1905                 :   24658560 :         phip_bound[pressureIdx(nmat, imat)] =
    1906         [ +  + ]:   24833986 :           std::min(phip_bound[pressureIdx(nmat, imat)], phi_pre);
    1907                 :            :       }
    1908                 :            :     }
    1909                 :            :   }
    1910                 :            : 
    1911         [ -  + ]:    1027440 :   if(ndof_el > 4)
    1912                 :            :   {
    1913         [ -  - ]:          0 :     auto ng = tk::NGvol(ndof_el);
    1914                 :            :     std::array< std::vector< tk::real >, 3 > coordgp;
    1915                 :            :     std::vector< tk::real > wgp;
    1916                 :            : 
    1917         [ -  - ]:          0 :     coordgp[0].resize( ng );
    1918         [ -  - ]:          0 :     coordgp[1].resize( ng );
    1919         [ -  - ]:          0 :     coordgp[2].resize( ng );
    1920         [ -  - ]:          0 :     wgp.resize( ng );
    1921                 :            : 
    1922         [ -  - ]:          0 :     tk::GaussQuadratureTet( ng, coordgp, wgp );
    1923                 :            : 
    1924         [ -  - ]:          0 :     for (std::size_t igp=0; igp<ng; ++igp)
    1925                 :            :     {
    1926         [ -  - ]:          0 :       auto B = tk::eval_basis( ndof_el, coordgp[0][igp], coordgp[1][igp],
    1927         [ -  - ]:          0 :         coordgp[2][igp] );
    1928                 :            : 
    1929         [ -  - ]:          0 :       auto state = eval_state(ncomp, rdof, ndof_el, e, U, B);
    1930         [ -  - ]:          0 :       auto sprim = eval_state(nprim, rdof, ndof_el, e, P, B);
    1931                 :            : 
    1932         [ -  - ]:          0 :       for(std::size_t imat = 0; imat < nmat; imat++)
    1933                 :            :       {
    1934         [ -  - ]:          0 :         tk::real phi_rho(1.0), phi_rhoe(1.0), phi_pre(1.0);
    1935                 :            :         // Evaluate the limiting coefficient for material density
    1936         [ -  - ]:          0 :         auto rho = state[densityIdx(nmat, imat)];
    1937                 :          0 :         auto rho_avg = U(e, densityDofIdx(nmat, imat, rdof, 0));
    1938         [ -  - ]:          0 :         phi_rho = PositivityLimiting(min, rho, rho_avg);
    1939                 :          0 :         phic_bound[densityIdx(nmat, imat)] =
    1940 [ -  - ][ -  - ]:          0 :           std::min(phic_bound[densityIdx(nmat, imat)], phi_rho);
    1941                 :            :         // Evaluate the limiting coefficient for material energy
    1942         [ -  - ]:          0 :         auto rhoe = state[energyIdx(nmat, imat)];
    1943                 :          0 :         auto rhoe_avg = U(e, energyDofIdx(nmat, imat, rdof, 0));
    1944         [ -  - ]:          0 :         phi_rhoe = PositivityLimiting(min, rhoe, rhoe_avg);
    1945                 :          0 :         phic_bound[energyIdx(nmat, imat)] =
    1946         [ -  - ]:          0 :           std::min(phic_bound[energyIdx(nmat, imat)], phi_rhoe);
    1947                 :            :         // Evaluate the limiting coefficient for material pressure
    1948 [ -  - ][ -  - ]:          0 :         auto min_pre = std::max(min, state[volfracIdx(nmat, imat)] *
    1949         [ -  - ]:          0 :           mat_blk[imat].compute< EOS::min_eff_pressure >(min, rho,
    1950                 :          0 :           state[volfracIdx(nmat, imat)]));
    1951         [ -  - ]:          0 :         auto pre = sprim[pressureIdx(nmat, imat)];
    1952                 :          0 :         auto pre_avg = P(e, pressureDofIdx(nmat, imat, rdof, 0));
    1953         [ -  - ]:          0 :         phi_pre = PositivityLimiting(min_pre, pre, pre_avg);
    1954                 :          0 :         phip_bound[pressureIdx(nmat, imat)] =
    1955         [ -  - ]:          0 :           std::min(phip_bound[pressureIdx(nmat, imat)], phi_pre);
    1956                 :            :       }
    1957                 :            :     }
    1958                 :            :   }
    1959                 :            : 
    1960                 :            :   // apply new bounds to material quantities
    1961         [ +  + ]:    3082320 :   for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k) {
    1962                 :            :     // mat density
    1963 [ +  + ][ +  + ]:    2287701 :     phic_p1[densityIdx(nmat, k)] = std::min( phic_bound[densityIdx(nmat, k)],
    1964         [ +  + ]:    2054880 :       phic_p1[densityIdx(nmat, k)] );
    1965                 :            :     // mat energy
    1966                 :    2054880 :     phic_p1[energyIdx(nmat, k)] = std::min( phic_bound[energyIdx(nmat, k)],
    1967                 :            :       phic_p1[energyIdx(nmat, k)] );
    1968                 :            :     // mat pressure
    1969         [ +  + ]:    2054880 :     phip_p1[pressureIdx(nmat, k)] = std::min( phip_bound[pressureIdx(nmat, k)],
    1970         [ +  + ]:    2054880 :       phip_p1[pressureIdx(nmat, k)] );
    1971                 :            : 
    1972                 :            :     // for dgp2
    1973         [ -  + ]:    2054880 :     if (ndof_el > 4) {
    1974                 :            :       // mat density
    1975         [ -  - ]:          0 :       phic_p2[densityIdx(nmat, k)] = std::min( phic_bound[densityIdx(nmat, k)],
    1976         [ -  - ]:          0 :         phic_p2[densityIdx(nmat, k)] );
    1977                 :            :       // mat energy
    1978                 :          0 :       phic_p2[energyIdx(nmat, k)] = std::min( phic_bound[energyIdx(nmat, k)],
    1979                 :            :         phic_p2[energyIdx(nmat, k)] );
    1980                 :            :       // mat pressure
    1981                 :          0 :       phip_p2[pressureIdx(nmat, k)] = std::min( phip_bound[pressureIdx(nmat, k)],
    1982         [ -  - ]:          0 :         phip_p2[pressureIdx(nmat, k)] );
    1983                 :            :     }
    1984                 :            :   }
    1985                 :    1027440 : }
    1986                 :            : 
    1987                 :       1618 : void PositivityPreservingMultiMat_FV(
    1988                 :            :   const std::vector< std::size_t >& inpoel,
    1989                 :            :   std::size_t nelem,
    1990                 :            :   std::size_t nmat,
    1991                 :            :   const std::vector< inciter::EOS >& mat_blk,
    1992                 :            :   const tk::UnsMesh::Coords& coord,
    1993                 :            :   const tk::Fields& /*geoFace*/,
    1994                 :            :   tk::Fields& U,
    1995                 :            :   tk::Fields& P )
    1996                 :            : // *****************************************************************************
    1997                 :            : //  Positivity preserving limiter for the FV multi-material solver
    1998                 :            : //! \param[in] inpoel Element connectivity
    1999                 :            : //! \param[in] nelem Number of elements
    2000                 :            : //! \param[in] nmat Number of materials in this PDE system
    2001                 :            : //! \param[in] mat_blk Material EOS block
    2002                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
    2003                 :            : ////! \param[in] geoFace Face geometry array
    2004                 :            : //! \param[in,out] U High-order solution vector which gets limited
    2005                 :            : //! \param[in,out] P High-order vector of primitives which gets limited
    2006                 :            : //! \details This positivity preserving limiter function should be called for
    2007                 :            : //!   FV multimat.
    2008                 :            : // *****************************************************************************
    2009                 :            : {
    2010                 :       1618 :   const auto rdof = inciter::g_inputdeck.get< tag::rdof >();
    2011                 :       1618 :   const auto ncomp = U.nprop() / rdof;
    2012                 :       1618 :   const auto nprim = P.nprop() / rdof;
    2013                 :            : 
    2014                 :            :   const auto& cx = coord[0];
    2015                 :            :   const auto& cy = coord[1];
    2016                 :            :   const auto& cz = coord[2];
    2017                 :            : 
    2018         [ +  + ]:     222378 :   for (std::size_t e=0; e<nelem; ++e)
    2019                 :            :   {
    2020                 :            :     // Extract the element coordinates
    2021                 :            :     std::array< std::array< tk::real, 3>, 4 > coordel {{
    2022                 :     220760 :       {{ cx[ inpoel[4*e  ] ], cy[ inpoel[4*e  ] ], cz[ inpoel[4*e  ] ] }},
    2023                 :     220760 :       {{ cx[ inpoel[4*e+1] ], cy[ inpoel[4*e+1] ], cz[ inpoel[4*e+1] ] }},
    2024                 :     220760 :       {{ cx[ inpoel[4*e+2] ], cy[ inpoel[4*e+2] ], cz[ inpoel[4*e+2] ] }},
    2025                 :     220760 :       {{ cx[ inpoel[4*e+3] ], cy[ inpoel[4*e+3] ], cz[ inpoel[4*e+3] ] }} }};
    2026                 :            : 
    2027                 :            :     // Compute the determinant of Jacobian matrix
    2028                 :            :     auto detT =
    2029                 :     220760 :       tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], coordel[2], coordel[3] );
    2030                 :            : 
    2031                 :     220760 :     std::vector< tk::real > phic(ncomp, 1.0);
    2032 [ +  - ][ -  - ]:     220760 :     std::vector< tk::real > phip(nprim, 1.0);
    2033                 :            : 
    2034                 :     220760 :     const tk::real min = 1e-15;
    2035                 :            : 
    2036                 :            :     // 1. Enforce positive density (total energy will be positive if pressure
    2037                 :            :     //    and density are positive)
    2038         [ +  + ]:    1103800 :     for (std::size_t lf=0; lf<4; ++lf)
    2039                 :            :     {
    2040         [ +  - ]:     883040 :       std::array< std::size_t, 3 > inpofa_l {{ inpoel[4*e+tk::lpofa[lf][0]],
    2041                 :     883040 :                                                inpoel[4*e+tk::lpofa[lf][1]],
    2042                 :     883040 :                                                inpoel[4*e+tk::lpofa[lf][2]] }};
    2043                 :            : 
    2044                 :            :       // face coordinates
    2045                 :            :       std::array< std::array< tk::real, 3>, 3 > coordfa {{
    2046                 :     883040 :         {{ cx[ inpofa_l[0] ], cy[ inpofa_l[0] ], cz[ inpofa_l[0] ] }},
    2047                 :            :         {{ cx[ inpofa_l[1] ], cy[ inpofa_l[1] ], cz[ inpofa_l[1] ] }},
    2048                 :     883040 :         {{ cx[ inpofa_l[2] ], cy[ inpofa_l[2] ], cz[ inpofa_l[2] ] }} }};
    2049                 :            : 
    2050                 :            :       // face centroid
    2051                 :            :       std::array< tk::real, 3 > fc{{
    2052                 :     883040 :         (coordfa[0][0]+coordfa[1][0]+coordfa[2][0])/3.0 ,
    2053                 :     883040 :         (coordfa[0][1]+coordfa[1][1]+coordfa[2][1])/3.0 ,
    2054                 :     883040 :         (coordfa[0][2]+coordfa[1][2]+coordfa[2][2])/3.0 }};
    2055                 :            : 
    2056                 :            :       auto B = tk::eval_basis( rdof,
    2057                 :     883040 :             tk::Jacobian( coordel[0], fc, coordel[2], coordel[3] ) / detT,
    2058                 :     883040 :             tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], fc, coordel[3] ) / detT,
    2059         [ +  - ]:     883040 :             tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], coordel[2], fc ) / detT );
    2060         [ +  - ]:     883040 :       auto state = eval_state(ncomp, rdof, rdof, e, U, B);
    2061                 :            : 
    2062         [ +  + ]:    2859360 :       for(std::size_t i=0; i<nmat; i++)
    2063                 :            :       {
    2064                 :            :         // Evaluate the limiting coefficient for material density
    2065         [ +  - ]:    1976320 :         auto rho = state[densityIdx(nmat, i)];
    2066                 :    1976320 :         auto rho_avg = U(e, densityDofIdx(nmat, i, rdof, 0));
    2067         [ +  - ]:    1976320 :         auto phi_rho = PositivityLimiting(min, rho, rho_avg);
    2068                 :    1976320 :         phic[densityIdx(nmat, i)] =
    2069         [ -  + ]:    1976320 :           std::min(phic[densityIdx(nmat, i)], phi_rho);
    2070                 :            :       }
    2071                 :            :     }
    2072                 :            :     // apply limiter coefficient
    2073         [ +  + ]:     714840 :     for(std::size_t i=0; i<nmat; i++)
    2074                 :            :     {
    2075                 :     494080 :       U(e, densityDofIdx(nmat,i,rdof,1)) *= phic[densityIdx(nmat,i)];
    2076                 :     494080 :       U(e, densityDofIdx(nmat,i,rdof,2)) *= phic[densityIdx(nmat,i)];
    2077                 :     494080 :       U(e, densityDofIdx(nmat,i,rdof,3)) *= phic[densityIdx(nmat,i)];
    2078                 :            :     }
    2079                 :            : 
    2080                 :            :     // 2. Enforce positive pressure (assuming density is positive)
    2081         [ +  + ]:    1103800 :     for (std::size_t lf=0; lf<4; ++lf)
    2082                 :            :     {
    2083         [ +  - ]:     883040 :       std::array< std::size_t, 3 > inpofa_l {{ inpoel[4*e+tk::lpofa[lf][0]],
    2084                 :     883040 :                                                inpoel[4*e+tk::lpofa[lf][1]],
    2085                 :     883040 :                                                inpoel[4*e+tk::lpofa[lf][2]] }};
    2086                 :            : 
    2087                 :            :       // face coordinates
    2088                 :            :       std::array< std::array< tk::real, 3>, 3 > coordfa {{
    2089                 :     883040 :         {{ cx[ inpofa_l[0] ], cy[ inpofa_l[0] ], cz[ inpofa_l[0] ] }},
    2090                 :            :         {{ cx[ inpofa_l[1] ], cy[ inpofa_l[1] ], cz[ inpofa_l[1] ] }},
    2091                 :     883040 :         {{ cx[ inpofa_l[2] ], cy[ inpofa_l[2] ], cz[ inpofa_l[2] ] }} }};
    2092                 :            : 
    2093                 :            :       // face centroid
    2094                 :            :       std::array< tk::real, 3 > fc{{
    2095                 :     883040 :         (coordfa[0][0]+coordfa[1][0]+coordfa[2][0])/3.0 ,
    2096                 :     883040 :         (coordfa[0][1]+coordfa[1][1]+coordfa[2][1])/3.0 ,
    2097                 :     883040 :         (coordfa[0][2]+coordfa[1][2]+coordfa[2][2])/3.0 }};
    2098                 :            : 
    2099                 :            :       auto B = tk::eval_basis( rdof,
    2100                 :     883040 :             tk::Jacobian( coordel[0], fc, coordel[2], coordel[3] ) / detT,
    2101                 :     883040 :             tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], fc, coordel[3] ) / detT,
    2102         [ +  - ]:     883040 :             tk::Jacobian( coordel[0], coordel[1], coordel[2], fc ) / detT );
    2103         [ +  - ]:     883040 :       auto state = eval_state(ncomp, rdof, rdof, e, U, B);
    2104         [ +  - ]:     883040 :       auto sprim = eval_state(nprim, rdof, rdof, e, P, B);
    2105                 :            : 
    2106         [ +  + ]:    2859360 :       for(std::size_t i=0; i<nmat; i++)
    2107                 :            :       {
    2108         [ +  - ]:    1976320 :         tk::real phi_pre(1.0);
    2109                 :            :         // Evaluate the limiting coefficient for material pressure
    2110         [ +  - ]:    1976320 :         auto rho = state[densityIdx(nmat, i)];
    2111         [ -  + ]:    1976320 :         auto min_pre = std::max(min, U(e,volfracDofIdx(nmat,i,rdof,0)) *
    2112         [ +  - ]:    1976320 :           mat_blk[i].compute< EOS::min_eff_pressure >(min, rho,
    2113                 :    1976320 :           U(e,volfracDofIdx(nmat,i,rdof,0))));
    2114         [ +  - ]:    1976320 :         auto pre = sprim[pressureIdx(nmat, i)];
    2115                 :    1976320 :         auto pre_avg = P(e, pressureDofIdx(nmat, i, rdof, 0));
    2116         [ +  - ]:    1976320 :         phi_pre = PositivityLimiting(min_pre, pre, pre_avg);
    2117                 :    1976320 :         phip[pressureIdx(nmat, i)] =
    2118         [ -  + ]:    1976320 :           std::min(phip[pressureIdx(nmat, i)], phi_pre);
    2119                 :            :       }
    2120                 :            :     }
    2121                 :            :     // apply limiter coefficient
    2122         [ +  + ]:     714840 :     for(std::size_t i=0; i<nmat; i++)
    2123                 :            :     {
    2124                 :     494080 :       P(e, pressureDofIdx(nmat,i,rdof,1)) *= phip[pressureIdx(nmat,i)];
    2125                 :     494080 :       P(e, pressureDofIdx(nmat,i,rdof,2)) *= phip[pressureIdx(nmat,i)];
    2126                 :     494080 :       P(e, pressureDofIdx(nmat,i,rdof,3)) *= phip[pressureIdx(nmat,i)];
    2127                 :            :     }
    2128                 :            :   }
    2129                 :       1618 : }
    2130                 :            : 
    2131                 :            : tk::real
    2132                 :   77928320 : PositivityLimiting( const tk::real min,
    2133                 :            :                     const tk::real u_gp,
    2134                 :            :                     const tk::real u_avg )
    2135                 :            : // *****************************************************************************
    2136                 :            : //  Positivity-preserving limiter function
    2137                 :            : //! \param[in] min Minimum bound for volume fraction
    2138                 :            : //! \param[in] u_gp Variable quantity at the quadrature point
    2139                 :            : //! \param[in] u_avg Cell-average variable quantitiy
    2140                 :            : //! \return The limiting coefficient from the positivity-preserving limiter
    2141                 :            : //!   function
    2142                 :            : // *****************************************************************************
    2143                 :            : {
    2144                 :            :   tk::real phi(1.0);
    2145                 :   77928320 :   tk::real diff = u_gp - u_avg;
    2146                 :            :   // Only when u_gp is less than minimum threshold and the high order
    2147                 :            :   // contribution is not zero, the limiting function will be applied
    2148         [ +  + ]:   77928320 :   if(u_gp < min)
    2149                 :    1425880 :     phi = std::fabs( (min - u_avg) / (diff+std::copysign(1e-15,diff)) );
    2150                 :   77928320 :   return phi;
    2151                 :            : }
    2152                 :            : 
    2153                 :            : bool
    2154                 :   31607916 : interfaceIndicator( std::size_t nmat,
    2155                 :            :   const std::vector< tk::real >& al,
    2156                 :            :   std::vector< std::size_t >& matInt )
    2157                 :            : // *****************************************************************************
    2158                 :            : //  Interface indicator function, which checks element for material interface
    2159                 :            : //! \param[in] nmat Number of materials in this PDE system
    2160                 :            : //! \param[in] al Cell-averaged volume fractions
    2161                 :            : //! \param[in] matInt Array indicating which material has an interface
    2162                 :            : //! \return Boolean which indicates if the element contains a material interface
    2163                 :            : // *****************************************************************************
    2164                 :            : {
    2165                 :            :   bool intInd = false;
    2166                 :            : 
    2167                 :            :   // limits under which compression is to be performed
    2168                 :            :   auto al_eps = 1e-08;
    2169                 :            :   auto loLim = 2.0 * al_eps;
    2170                 :            :   auto hiLim = 1.0 - loLim;
    2171                 :            : 
    2172                 :   31607916 :   auto almax = 0.0;
    2173         [ +  + ]:   99023774 :   for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
    2174                 :            :   {
    2175         [ +  + ]:   67415858 :     almax = std::max(almax, al[k]);
    2176         [ +  + ]:   67415858 :     matInt[k] = 0;
    2177 [ +  + ][ +  + ]:   67415858 :     if ((al[k] > loLim) && (al[k] < hiLim)) matInt[k] = 1;
    2178                 :            :   }
    2179                 :            : 
    2180 [ +  + ][ +  + ]:   31607916 :   if ((almax > loLim) && (almax < hiLim)) intInd = true;
    2181                 :            : 
    2182                 :   31607916 :   return intInd;
    2183                 :            : }
    2184                 :            : 
    2185                 :       3330 : void MarkShockCells ( const std::size_t nelem,
    2186                 :            :                       const std::size_t nmat,
    2187                 :            :                       const std::size_t ndof,
    2188                 :            :                       const std::size_t rdof,
    2189                 :            :                       const std::vector< inciter::EOS >& mat_blk,
    2190                 :            :                       const std::vector< std::size_t >& ndofel,
    2191                 :            :                       const std::vector< std::size_t >& inpoel,
    2192                 :            :                       const tk::UnsMesh::Coords& coord,
    2193                 :            :                       const inciter::FaceData& fd,
    2194                 :            :                       [[maybe_unused]] const tk::Fields& geoFace,
    2195                 :            :                       const tk::Fields& geoElem,
    2196                 :            :                       const tk::FluxFn& flux,
    2197                 :            :                       const std::vector< std::size_t >& solidx,
    2198                 :            :                       const tk::Fields& U,
    2199                 :            :                       const tk::Fields& P,
    2200                 :            :                       std::vector< std::size_t >& shockmarker )
    2201                 :            : // *****************************************************************************
    2202                 :            : //  Mark the cells that contain discontinuity according to the interface
    2203                 :            : //    condition
    2204                 :            : //! \param[in] nelem Number of elements
    2205                 :            : //! \param[in] nmat Number of materials in this PDE system
    2206                 :            : //! \param[in] ndof Maximum number of degrees of freedom
    2207                 :            : //! \param[in] rdof Maximum number of reconstructed degrees of freedom
    2208                 :            : //! \param[in] mat_blk EOS material block
    2209                 :            : //! \param[in] ndofel Vector of local number of degrees of freedome
    2210                 :            : //! \param[in] inpoel Element-node connectivity
    2211                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
    2212                 :            : //! \param[in] fd Face connectivity and boundary conditions object
    2213                 :            : //! \param[in] geoFace Face geometry array
    2214                 :            : //! \param[in] geoElem Element geometry array
    2215                 :            : //! \param[in] flux Flux function to use
    2216                 :            : //! \param[in] solidx Solid material index indicator
    2217                 :            : //! \param[in] U Solution vector at recent time step
    2218                 :            : //! \param[in] P Vector of primitives at recent time step
    2219                 :            : //! \param[in, out] shockmarker Vector of the shock indicator
    2220                 :            : //! \details This function computes the discontinuity indicator based on
    2221                 :            : //!   interface conditon. It is based on the following paper:
    2222                 :            : //!   Hong L., Gianni A., Robert N. (2021) A moving discontinuous Galerkin
    2223                 :            : //!   finite element method with interface condition enforcement for
    2224                 :            : //!   compressible flows. Journal of Computational Physics,
    2225                 :            : //!   doi: https://doi.org/10.1016/j.jcp.2021.110618
    2226                 :            : // *****************************************************************************
    2227                 :            : {
    2228                 :       3330 :   const auto coeff = g_inputdeck.get< tag::shock_detector_coeff >();
    2229                 :            : 
    2230                 :       3330 :   std::vector< tk::real > IC(U.nunk(), 0.0);
    2231                 :            :   const auto& esuf = fd.Esuf();
    2232                 :            :   const auto& inpofa = fd.Inpofa();
    2233                 :            : 
    2234                 :            :   const auto& cx = coord[0];
    2235                 :            :   const auto& cy = coord[1];
    2236                 :            :   const auto& cz = coord[2];
    2237                 :            : 
    2238                 :       3330 :   auto ncomp = U.nprop()/rdof;
    2239         [ +  + ]:       3330 :   auto nprim = P.nprop()/rdof;
    2240                 :            : 
    2241                 :            :   // The interface-conservation based indicator will only evaluate the flux jump
    2242                 :            :   // for the momentum equations
    2243                 :            :   std::set< std::size_t > vars;
    2244         [ +  + ]:       3330 :   if(nmat > 1) {          // multi-material flow
    2245 [ +  + ][ +  - ]:       3000 :     for (std::size_t i=0; i<3; ++i) vars.insert(momentumIdx(nmat, i));
    2246                 :            :   } else {                // single-material flow
    2247         [ +  + ]:      10320 :     for (std::size_t i=1; i<=3; ++i) vars.insert(i);
    2248                 :            :   }
    2249                 :            : 
    2250                 :            :   // Loop over faces
    2251         [ +  + ]:    1558710 :   for (auto f=fd.Nbfac(); f<esuf.size()/2; ++f) {
    2252                 :            :     Assert( esuf[2*f] > -1 && esuf[2*f+1] > -1, "Interior element detected "
    2253                 :            :             "as -1" );
    2254                 :            : 
    2255         [ +  - ]:    1555380 :     std::size_t el = static_cast< std::size_t >(esuf[2*f]);
    2256                 :    1555380 :     std::size_t er = static_cast< std::size_t >(esuf[2*f+1]);
    2257                 :            : 
    2258                 :            :     // When the number of gauss points for the left and right element are
    2259                 :            :     // different, choose the larger ng
    2260         [ +  - ]:    1555380 :     auto ng_l = tk::NGfa(ndofel[el]);
    2261 [ +  - ][ +  + ]:    1555380 :     auto ng_r = tk::NGfa(ndofel[er]);
    2262                 :            : 
    2263                 :    1555380 :     auto ng = std::max( ng_l, ng_r );
    2264                 :            : 
    2265                 :            :     std::array< std::vector< tk::real >, 2 > coordgp
    2266 [ +  - ][ +  - ]:    1555380 :       { std::vector<tk::real>(ng), std::vector<tk::real>(ng) };
    2267         [ +  - ]:    1555380 :     std::vector< tk::real > wgp( ng );
    2268                 :            : 
    2269         [ +  - ]:    1555380 :     tk::GaussQuadratureTri( ng, coordgp, wgp );
    2270                 :            : 
    2271                 :            :     // Extract the element coordinates
    2272                 :            :     std::array< std::array< tk::real, 3>, 4 > coordel_l {{
    2273         [ +  - ]:    1555380 :       {{ cx[ inpoel[4*el  ] ], cy[ inpoel[4*el  ] ], cz[ inpoel[4*el  ] ] }},
    2274                 :    1555380 :       {{ cx[ inpoel[4*el+1] ], cy[ inpoel[4*el+1] ], cz[ inpoel[4*el+1] ] }},
    2275                 :    1555380 :       {{ cx[ inpoel[4*el+2] ], cy[ inpoel[4*el+2] ], cz[ inpoel[4*el+2] ] }},
    2276                 :    1555380 :       {{ cx[ inpoel[4*el+3] ], cy[ inpoel[4*el+3] ], cz[ inpoel[4*el+3] ] }} }};
    2277                 :            : 
    2278                 :            :     std::array< std::array< tk::real, 3>, 4 > coordel_r {{
    2279                 :    1555380 :       {{ cx[ inpoel[4*er  ] ], cy[ inpoel[4*er  ] ], cz[ inpoel[4*er  ] ] }},
    2280                 :    1555380 :       {{ cx[ inpoel[4*er+1] ], cy[ inpoel[4*er+1] ], cz[ inpoel[4*er+1] ] }},
    2281                 :    1555380 :       {{ cx[ inpoel[4*er+2] ], cy[ inpoel[4*er+2] ], cz[ inpoel[4*er+2] ] }},
    2282                 :    1555380 :       {{ cx[ inpoel[4*er+3] ], cy[ inpoel[4*er+3] ], cz[ inpoel[4*er+3] ] }} }};
    2283                 :            : 
    2284                 :            :     // Compute the determinant of Jacobian matrix
    2285                 :            :     auto detT_l =
    2286                 :    1555380 :       tk::Jacobian( coordel_l[0], coordel_l[1], coordel_l[2], coordel_l[3] );
    2287                 :            :     auto detT_r =
    2288                 :    1555380 :       tk::Jacobian( coordel_r[0], coordel_r[1], coordel_r[2], coordel_r[3] );
    2289                 :            : 
    2290                 :            :     std::array< std::array< tk::real, 3>, 3 > coordfa {{
    2291                 :    1555380 :       {{ cx[ inpofa[3*f  ] ], cy[ inpofa[3*f  ] ], cz[ inpofa[3*f  ] ] }},
    2292                 :    1555380 :       {{ cx[ inpofa[3*f+1] ], cy[ inpofa[3*f+1] ], cz[ inpofa[3*f+1] ] }},
    2293         [ +  - ]:    1555380 :       {{ cx[ inpofa[3*f+2] ], cy[ inpofa[3*f+2] ], cz[ inpofa[3*f+2] ] }} }};
    2294                 :            : 
    2295                 :            :     std::array< tk::real, 3 >
    2296         [ +  - ]:    1555380 :       fn{{ geoFace(f,1), geoFace(f,2), geoFace(f,3) }};
    2297                 :            : 
    2298                 :            :     // Numerator and denominator of the shock indicator
    2299                 :            :     tk::real numer(0.0), denom(0.0);
    2300                 :            :     std::vector< tk::real > fl_jump, fl_avg;
    2301         [ +  - ]:    1555380 :     fl_jump.resize(3, 0.0);
    2302 [ +  - ][ -  - ]:    1555380 :     fl_avg.resize(3, 0.0);
    2303                 :            : 
    2304         [ +  + ]:    5394186 :     for (std::size_t igp=0; igp<ng; ++igp) {
    2305         [ +  - ]:    3838806 :       auto gp = tk::eval_gp( igp, coordfa, coordgp );
    2306                 :            :       std::size_t dof_el, dof_er;
    2307         [ +  - ]:    3838806 :       if (rdof > ndof)
    2308                 :            :       {
    2309                 :            :         dof_el = rdof;
    2310                 :            :         dof_er = rdof;
    2311                 :            :       }
    2312                 :            :       else
    2313                 :            :       {
    2314                 :    3838806 :         dof_el = ndofel[el];
    2315                 :    3838806 :         dof_er = ndofel[er];
    2316                 :            :       }
    2317                 :            :       std::array< tk::real, 3> ref_gp_l{
    2318                 :    3838806 :         tk::Jacobian( coordel_l[0], gp, coordel_l[2], coordel_l[3] ) / detT_l,
    2319                 :    3838806 :         tk::Jacobian( coordel_l[0], coordel_l[1], gp, coordel_l[3] ) / detT_l,
    2320                 :    3838806 :         tk::Jacobian( coordel_l[0], coordel_l[1], coordel_l[2], gp ) / detT_l };
    2321                 :            :       std::array< tk::real, 3> ref_gp_r{
    2322                 :    3838806 :         tk::Jacobian( coordel_r[0], gp, coordel_r[2], coordel_r[3] ) / detT_r,
    2323                 :    3838806 :         tk::Jacobian( coordel_r[0], coordel_r[1], gp, coordel_r[3] ) / detT_r,
    2324                 :    3838806 :         tk::Jacobian( coordel_r[0], coordel_r[1], coordel_r[2], gp ) / detT_r };
    2325         [ +  - ]:    3838806 :       auto B_l = tk::eval_basis( dof_el, ref_gp_l[0], ref_gp_l[1], ref_gp_l[2] );
    2326         [ +  - ]:    3838806 :       auto B_r = tk::eval_basis( dof_er, ref_gp_r[0], ref_gp_r[1], ref_gp_r[2] );
    2327                 :            : 
    2328                 :            :       std::array< std::vector< tk::real >, 2 > state;
    2329                 :            : 
    2330                 :            :       // Evaluate the high order solution at the qudrature point
    2331         [ +  - ]:    3838806 :       state[0] = tk::evalPolynomialSol(mat_blk, 0, ncomp, nprim, rdof,
    2332                 :            :         nmat, el, dof_el, inpoel, coord, geoElem, ref_gp_l, B_l, U, P);
    2333         [ +  - ]:    7677612 :       state[1] = tk::evalPolynomialSol(mat_blk, 0, ncomp, nprim, rdof,
    2334                 :            :         nmat, er, dof_er, inpoel, coord, geoElem, ref_gp_r, B_r, U, P);
    2335                 :            : 
    2336                 :            :       Assert( state[0].size() == ncomp+nprim, "Incorrect size for "
    2337                 :            :               "appended boundary state vector" );
    2338                 :            :       Assert( state[1].size() == ncomp+nprim, "Incorrect size for "
    2339                 :            :               "appended boundary state vector" );
    2340                 :            : 
    2341                 :            :       // Force deformation unknown to first order
    2342         [ +  + ]:   10113912 :       for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
    2343         [ -  + ]:    6275106 :         if (solidx[k] > 0)
    2344         [ -  - ]:          0 :           for (std::size_t i=0; i<3; ++i)
    2345         [ -  - ]:          0 :             for (std::size_t j=0; j<3; ++j)
    2346                 :            :             {
    2347                 :          0 :               state[0][deformIdx(nmat, solidx[k], i, j)] = U(el,deformDofIdx(
    2348                 :            :                 nmat, solidx[k], i, j, rdof, 0));
    2349                 :          0 :               state[1][deformIdx(nmat, solidx[k], i, j)] = U(er,deformDofIdx(
    2350                 :            :                 nmat, solidx[k], i, j, rdof, 0));
    2351                 :            :             }
    2352                 :            : 
    2353                 :            :       // Evaluate the flux
    2354 [ -  + ][ -  + ]:    3838806 :       auto fl = flux( ncomp, mat_blk, state[0], {} );
                 [ -  - ]
    2355 [ -  + ][ -  - ]:    3838806 :       auto fr = flux( ncomp, mat_blk, state[1], {} );
    2356                 :            : 
    2357                 :            :       std::size_t i(0);
    2358         [ +  + ]:   15355224 :       for (const auto& c : vars) {
    2359                 :            :         tk::real fn_l(0.0), fn_r(0.0);
    2360         [ +  + ]:   46065672 :         for(std::size_t idir = 0; idir < 3; idir++) {
    2361                 :   34549254 :           fn_l += fl[c][idir] * fn[idir];
    2362                 :   34549254 :           fn_r += fr[c][idir] * fn[idir];
    2363                 :            :         }
    2364                 :   11516418 :         fl_jump[i] += wgp[igp] * (fn_l - fn_r) * (fn_l - fn_r);
    2365                 :   11516418 :         fl_avg[i]  += wgp[igp] * (fn_l + fn_r) * (fn_l + fn_r) * 0.25;
    2366                 :   11516418 :         ++i;
    2367                 :            :       }
    2368                 :            :     }
    2369                 :            : 
    2370                 :            :     // Evaluate the numerator and denominator
    2371         [ +  + ]:    6221520 :     for(std::size_t idir = 0; idir < 3; idir++) {
    2372                 :    4666140 :       numer += std::sqrt(fl_jump[idir]);
    2373                 :    4666140 :       denom += std::sqrt(fl_avg[idir]);
    2374                 :            :     }
    2375                 :            : 
    2376                 :    1555380 :     tk::real Ind(0.0);
    2377         [ +  - ]:    1555380 :     if(denom > 1e-8)
    2378                 :    1555380 :       Ind = numer / denom;
    2379 [ +  + ][ +  + ]:    2199712 :     IC[el] = std::max(IC[el], Ind);
    2380         [ +  - ]:    1555380 :     IC[er] = std::max(IC[er], Ind);
    2381                 :            :   }
    2382                 :            : 
    2383                 :            :   tk::real power = 0.0;
    2384         [ +  + ]:       3330 :   if(rdof == 10)  power = 1.5;
    2385                 :            :   else            power = 1.0;
    2386                 :            : 
    2387                 :            :   // Loop over element to mark shock cell
    2388         [ +  + ]:     821970 :   for (std::size_t e=0; e<nelem; ++e) {
    2389                 :            :     // Evaluate the threshold
    2390                 :     818640 :     auto thres = coeff * std::pow(geoElem(e, 4), power);
    2391         [ +  + ]:     818640 :     if(IC[e] > thres)
    2392                 :      50304 :       shockmarker[e] = 1;
    2393                 :            :     else
    2394                 :     768336 :       shockmarker[e] = 0;
    2395                 :            :   }
    2396                 :       3330 : }
    2397                 :            : 
    2398                 :            : void
    2399                 :        180 : correctLimConservMultiMat(
    2400                 :            :   std::size_t nelem,
    2401                 :            :   const std::vector< EOS >& mat_blk,
    2402                 :            :   std::size_t nmat,
    2403                 :            :   const std::vector< std::size_t >& inpoel,
    2404                 :            :   const tk::UnsMesh::Coords& coord,
    2405                 :            :   const tk::Fields& geoElem,
    2406                 :            :   const tk::Fields& prim,
    2407                 :            :   tk::Fields& unk )
    2408                 :            : // *****************************************************************************
    2409                 :            : //  Update the conservative quantities after limiting for multi-material systems
    2410                 :            : //! \param[in] nelem Number of internal elements
    2411                 :            : //! \param[in] mat_blk EOS material block
    2412                 :            : //! \param[in] nmat Number of materials in this PDE system
    2413                 :            : //! \param[in] inpoel Element-node connectivity
    2414                 :            : //! \param[in] coord Array of nodal coordinates
    2415                 :            : //! \param[in] geoElem Element geometry array
    2416                 :            : //! \param[in] prim Array of primitive variables
    2417                 :            : //! \param[in,out] unk Array of conservative variables
    2418                 :            : //! \details This function computes the updated dofs for conservative
    2419                 :            : //!   quantities based on the limited primitive quantities, to re-instate
    2420                 :            : //!   consistency between the limited primitive and evolved quantities. For
    2421                 :            : //!   further details, see Pandare et al. (2023). On the Design of Stable,
    2422                 :            : //!   Consistent, and Conservative High-Order Methods for Multi-Material
    2423                 :            : //!   Hydrodynamics. J Comp Phys, 112313.
    2424                 :            : // *****************************************************************************
    2425                 :            : {
    2426                 :        180 :   const auto rdof = g_inputdeck.get< tag::rdof >();
    2427                 :        180 :   std::size_t ncomp = unk.nprop()/rdof;
    2428                 :        180 :   std::size_t nprim = prim.nprop()/rdof;
    2429                 :            :   const auto intsharp = inciter::g_inputdeck.get< tag::multimat,
    2430                 :        180 :     tag::intsharp >();
    2431                 :            : 
    2432         [ +  + ]:     118020 :   for (std::size_t e=0; e<nelem; ++e) {
    2433                 :            :     // Here we pre-compute the right-hand-side vector. The reason that the
    2434                 :            :     // lhs in DG.cpp is not used is that the size of this vector in this
    2435                 :            :     // projection procedure should be rdof instead of ndof.
    2436                 :     117840 :     auto L = tk::massMatrixDubiner(rdof, geoElem(e,0));
    2437                 :            : 
    2438                 :            :     // The right-hand side vector is sized as nprim, i.e. the primitive quantity
    2439                 :            :     // vector. However, it stores the consistently obtained values of evolved
    2440                 :            :     // quantities, since nprim is the number of evolved quantities that need to
    2441                 :            :     // be evaluated consistently. For this reason, accessing R will require
    2442                 :            :     // the primitive quantity accessors. But this access is intended to give
    2443                 :            :     // the corresponding evolved quantites, as follows:
    2444                 :            :     // pressureIdx() - mat. total energy
    2445                 :            :     // velocityIdx() - bulk momentum components
    2446                 :            :     // stressIdx() - mat. inverse deformation gradient tensor components
    2447 [ +  - ][ -  - ]:     117840 :     std::vector< tk::real > R(nprim*rdof, 0.0);
    2448                 :            : 
    2449         [ +  - ]:     117840 :     auto ng = tk::NGvol(rdof);
    2450                 :            : 
    2451                 :            :     // Arrays for quadrature points
    2452                 :            :     std::array< std::vector< tk::real >, 3 > coordgp;
    2453                 :            :     std::vector< tk::real > wgp;
    2454                 :            : 
    2455         [ +  - ]:     117840 :     coordgp[0].resize( ng );
    2456         [ +  - ]:     117840 :     coordgp[1].resize( ng );
    2457         [ +  - ]:     117840 :     coordgp[2].resize( ng );
    2458         [ +  - ]:     117840 :     wgp.resize( ng );
    2459                 :            : 
    2460         [ +  - ]:     117840 :     tk::GaussQuadratureTet( ng, coordgp, wgp );
    2461                 :            : 
    2462                 :            :     // Loop over quadrature points in element e
    2463         [ +  + ]:     707040 :     for (std::size_t igp=0; igp<ng; ++igp) {
    2464                 :            :       // Compute the basis function
    2465         [ +  - ]:     589200 :       auto B = tk::eval_basis( rdof, coordgp[0][igp], coordgp[1][igp],
    2466         [ +  - ]:     589200 :                                coordgp[2][igp] );
    2467                 :            : 
    2468         [ +  - ]:     589200 :       auto w = wgp[igp] * geoElem(e, 0);
    2469                 :            : 
    2470                 :            :       // Evaluate the solution at quadrature point
    2471                 :            :       auto state = evalPolynomialSol(mat_blk, intsharp, ncomp, nprim,
    2472                 :            :         rdof, nmat, e, rdof, inpoel, coord, geoElem,
    2473 [ +  - ][ -  - ]:     589200 :         {{coordgp[0][igp], coordgp[1][igp], coordgp[2][igp]}}, B, unk, prim);
    2474                 :            : 
    2475                 :            :       // Solution vector that stores the material energy and bulk momentum
    2476 [ +  - ][ -  - ]:     589200 :       std::vector< tk::real > s(nprim, 0.0);
    2477                 :            : 
    2478                 :            :       // Bulk density at quadrature point
    2479                 :            :       tk::real rhob(0.0);
    2480         [ +  + ]:    1767600 :       for (std::size_t k=0; k<nmat; ++k)
    2481                 :    1178400 :         rhob += state[densityIdx(nmat, k)];
    2482                 :            : 
    2483                 :            :       // Velocity vector at quadrature point
    2484                 :            :       std::array< tk::real, 3 >
    2485                 :     589200 :         vel{ state[ncomp+velocityIdx(nmat, 0)],
    2486                 :     589200 :              state[ncomp+velocityIdx(nmat, 1)],
    2487                 :     589200 :              state[ncomp+velocityIdx(nmat, 2)] };
    2488                 :            : 
    2489                 :            :       // Compute and store the bulk momentum
    2490         [ +  + ]:    2356800 :       for(std::size_t idir = 0; idir < 3; idir++)
    2491                 :    1767600 :         s[velocityIdx(nmat, idir)] = rhob * vel[idir];
    2492                 :            : 
    2493                 :            :       // Compute and store material energy at quadrature point
    2494         [ +  + ]:    1767600 :       for(std::size_t imat = 0; imat < nmat; imat++) {
    2495         [ +  - ]:    1178400 :         auto alphamat = state[volfracIdx(nmat, imat)];
    2496                 :    1178400 :         auto rhomat = state[densityIdx(nmat, imat)]/alphamat;
    2497                 :    1178400 :         auto premat = state[ncomp+pressureIdx(nmat, imat)]/alphamat;
    2498         [ +  - ]:    1178400 :         auto gmat = getDeformGrad(nmat, imat, state);
    2499                 :    1178400 :         s[pressureIdx(nmat,imat)] = alphamat *
    2500         [ +  - ]:    1178400 :           mat_blk[imat].compute< EOS::totalenergy >( rhomat, vel[0], vel[1],
    2501                 :            :           vel[2], premat, gmat );
    2502                 :            :       }
    2503                 :            : 
    2504                 :            :       // Evaluate the righ-hand-side vector
    2505         [ +  + ]:    6512400 :       for(std::size_t k = 0; k < nprim; k++) {
    2506                 :    5923200 :         auto mark = k * rdof;
    2507         [ +  + ]:   29616000 :         for(std::size_t idof = 0; idof < rdof; idof++)
    2508                 :   23692800 :           R[mark+idof] += w * s[k] * B[idof];
    2509                 :            :       }
    2510                 :            :     }
    2511                 :            : 
    2512                 :            :     // Update the high order dofs of the material energy
    2513         [ +  + ]:     353520 :     for(std::size_t imat = 0; imat < nmat; imat++) {
    2514         [ +  + ]:     942720 :       for(std::size_t idof = 1; idof < rdof; idof++)
    2515                 :     707040 :         unk(e, energyDofIdx(nmat, imat, rdof, idof)) =
    2516                 :     707040 :           R[pressureDofIdx(nmat,imat,rdof,idof)] / L[idof];
    2517                 :            :     }
    2518                 :            : 
    2519                 :            :     // Update the high order dofs of the bulk momentum
    2520         [ +  + ]:     471360 :     for(std::size_t idir = 0; idir < 3; idir++) {
    2521         [ +  + ]:    1414080 :       for(std::size_t idof = 1; idof < rdof; idof++)
    2522                 :    1060560 :         unk(e, momentumDofIdx(nmat, idir, rdof, idof)) =
    2523                 :    1060560 :           R[velocityDofIdx(nmat,idir,rdof,idof)] / L[idof];
    2524                 :            :     }
    2525                 :            :   }
    2526                 :        180 : }
    2527                 :            : 
    2528                 :            : tk::real
    2529                 :   73168662 : constrain_pressure( const std::vector< EOS >& mat_blk,
    2530                 :            :   tk::real apr,
    2531                 :            :   tk::real arho,
    2532                 :            :   tk::real alpha=1.0,
    2533                 :            :   std::size_t imat=0 )
    2534                 :            : // *****************************************************************************
    2535                 :            : //  Constrain material partial pressure (alpha_k * p_k)
    2536                 :            : //! \param[in] apr Material partial pressure (alpha_k * p_k)
    2537                 :            : //! \param[in] arho Material partial density (alpha_k * rho_k)
    2538                 :            : //! \param[in] alpha Material volume fraction. Default is 1.0, so that for the
    2539                 :            : //!   single-material system, this argument can be left unspecified by the
    2540                 :            : //!   calling code
    2541                 :            : //! \param[in] imat Material-id who's EoS is required. Default is 0, so that
    2542                 :            : //!   for the single-material system, this argument can be left unspecified by
    2543                 :            : //!   the calling code
    2544                 :            : //! \return Constrained material partial pressure (alpha_k * p_k)
    2545                 :            : // *****************************************************************************
    2546                 :            : {
    2547 [ +  - ][ +  + ]:  146337324 :   return std::max(apr, alpha*mat_blk[imat].compute<
    2548         [ +  - ]:   73168662 :     EOS::min_eff_pressure >(1e-12, arho, alpha));
    2549                 :            : }
    2550                 :            : 
    2551                 :            : 
    2552                 :            : } // inciter::

Generated by: LCOV version 1.14