Branch data Line data Source code
1 : : // *****************************************************************************
2 : : /*!
3 : : \file src/Control/Inciter/InputDeck/LuaParser.cpp
4 : : \copyright 2019-2021 Triad National Security, LLC.
5 : : All rights reserved. See the LICENSE file for details.
6 : : \brief Inciter's lua input deck file parser
7 : : \details This file defines the input deck, i.e., control file, parser for
8 : : the computational shock hydrodynamics tool, Inciter.
9 : : */
10 : : // *****************************************************************************
11 : :
12 : : #include <ostream>
13 : : #include <type_traits>
14 : :
15 : : #include "QuinoaConfig.hpp"
16 : :
17 : : #include "NoWarning/pegtl.hpp"
18 : :
19 : : #include "Print.hpp"
20 : : #include "Exception.hpp"
21 : : #include "Inciter/InputDeck/InputDeck.hpp"
22 : : #include "Inciter/InputDeck/LuaParser.hpp"
23 : : #include "PDE/MultiMat/MultiMatIndexing.hpp"
24 : : #include "PDE/MultiSpecies/MultiSpeciesIndexing.hpp"
25 : :
26 : : namespace tk {
27 : : namespace grm {
28 : :
29 : : //! \brief Case-insensitive character comparison functor
30 : : struct CaseInsensitiveCharLess {
31 : : //! Function call operator
32 : : //! \param[in] lhs Left character of the comparitor operand
33 : : //! \param[in] rhs Right character of the comparitor operand
34 : : //! \return Boolean indicating the result of the comparison
35 : 6 : bool operator() ( char lhs, char rhs ) const {
36 : 6 : return std::tolower( lhs ) < std::tolower( rhs );
37 : : }
38 : : };
39 : :
40 : : //! \brief Parser-lifetime storage for dependent variables selected.
41 : : //! \details Used to track the dependent variable of differential equations
42 : : //! (i.e., models) assigned during parsing. It needs to be case insensitive
43 : : //! since we only care about whether the variable is selected or not and not
44 : : //! whether it denotes a full variable (upper case) or a fluctuation (lower
45 : : //! case). This is true for both inserting variables into the set as well as
46 : : //! at matching terms of products in parsing requested statistics.
47 : : static std::set< char, CaseInsensitiveCharLess > depvars;
48 : :
49 : : } // grm::
50 : : } // tk::
51 : :
52 : : using inciter::LuaParser;
53 : :
54 : 189 : LuaParser::LuaParser( const tk::Print& /*print*/,
55 : : const ctr::CmdLine& cmdline,
56 : 189 : ctr::InputDeck& inputdeck ) :
57 : 189 : m_filename( cmdline.get< tag::io, tag::control >() )
58 : : // *****************************************************************************
59 : : // Constructor
60 : : // //! \param[in] print Pretty printer
61 : : //! \param[in] cmdline Command line stack
62 : : //! \param[in,out] inputdeck Input deck stack where data is stored during
63 : : //! parsing
64 : : // *****************************************************************************
65 : : {
66 : : // Make sure there is a filename
67 [ - + ][ - - ]: 189 : Assert( !m_filename.empty(), "No filename specified" );
[ - - ][ - - ]
68 : :
69 : : // Local file stream handle
70 [ + - ]: 378 : std::ifstream q;
71 : :
72 : : // Check if file exists, throw exception if it does not
73 [ + - ]: 189 : q.open( m_filename, std::ifstream::in );
74 [ + - ][ - + ]: 189 : ErrChk( q.good(), "Failed to open file: " + m_filename );
[ - - ][ - - ]
[ - - ]
75 : :
76 : : // Attempt to read a character, throw if it fails
77 : : // It is curious that on some systems opening a directory instead of a file
78 : : // with the above ifstream::open() call does not set the failbit. Thus we get
79 : : // here fine, so we try to read a character from it. If it is a directory or
80 : : // an empty file the read will fail, so we throw. Read more at: http://
81 : : // stackoverflow.com/questions/9591036/
82 : : // ifstream-open-doesnt-set-error-bits-when-argument-is-a-directory.
83 [ + - ]: 189 : q.get();
84 [ + - ][ - + ]: 189 : ErrChk( q.good(), "Failed to read from file: " + m_filename );
[ - - ][ - - ]
[ - - ]
85 : :
86 : : // Close it
87 [ + - ]: 189 : q.close();
88 [ + - ][ - + ]: 189 : ErrChk( !q.fail(), "Failed to close file: " + m_filename );
[ - - ][ - - ]
[ - - ]
89 : :
90 : : // Create InputDeck (a tagged tuple) to store parsed input
91 [ + - ]: 378 : ctr::InputDeck ideck( cmdline );
92 : :
93 : : // Read lua file into sol object
94 [ + - ]: 378 : sol::state lua_deck;
95 [ + - ]: 189 : lua_deck.open_libraries(sol::lib::base);
96 [ + - ]: 189 : lua_deck.script_file(m_filename);
97 : :
98 : : // Store inputdeck parameters from sol object into tagged tuple
99 [ + - ][ + - ]: 189 : storeInputDeck(lua_deck["inciter"], ideck);
[ + - ]
100 : :
101 : 189 : inputdeck = std::move( ideck );
102 : 189 : }
103 : :
104 : : void
105 : 189 : LuaParser::storeInputDeck(
106 : : const sol::table& lua_ideck,
107 : : ctr::InputDeck& gideck )
108 : : // *****************************************************************************
109 : : // Store lua inputdeck in custom struct
110 : : //! \param[in] lua_ideck Lua inputdeck parsed by sol2
111 : : //! \param[in,out] gideck Inciter's inputdeck storage
112 : : // *****************************************************************************
113 : : {
114 : : // TODO: explore replacing storeIfSpecd() and storeOptIfSpecd with sol::get_or()
115 : :
116 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< std::string >(
[ + - ]
117 : : lua_ideck, "title", gideck.get< tag::title >(), "No title");
118 : :
119 : : // time stepping options
120 : : // ---------------------------------------------------------------------------
121 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< uint64_t >(
122 : : lua_ideck, "nstep", gideck.get< tag::nstep >(),
123 : : std::numeric_limits< uint64_t >::max());
124 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< tk::real >(
125 : : lua_ideck, "term", gideck.get< tag::term >(),
126 : : std::numeric_limits< tk::real >::max());
127 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< tk::real >(
128 : : lua_ideck, "t0", gideck.get< tag::t0 >(), 0.0);
129 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< tk::real >(
130 : : lua_ideck, "dt", gideck.get< tag::dt >(), 0.0);
131 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< tk::real >(
132 : : lua_ideck, "cfl", gideck.get< tag::cfl >(), 0.0);
133 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< uint32_t >(
134 : : lua_ideck, "ttyi", gideck.get< tag::ttyi >(), 1);
135 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< bool >(
136 : : lua_ideck, "steady_state", gideck.get< tag::steady_state >(), false);
137 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< tk::real >(
138 : : lua_ideck, "residual", gideck.get< tag::residual >(), 1.0e-8);
139 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< uint32_t >(
140 : : lua_ideck, "rescomp", gideck.get< tag::rescomp >(), 1);
141 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< uint32_t >(
142 : : lua_ideck, "imex_runge_kutta", gideck.get< tag::imex_runge_kutta >(), 0);
143 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< uint32_t >(
144 : : lua_ideck, "imex_maxiter", gideck.get< tag::imex_maxiter >(), 50);
145 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< tk::real >(
146 : : lua_ideck, "imex_reltol", gideck.get< tag::imex_reltol >(), 1.0e-02);
147 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< tk::real >(
148 : : lua_ideck, "imex_abstol", gideck.get< tag::imex_abstol >(), 1.0e-04);
149 : :
150 [ + + ][ - + ]: 189 : if (gideck.get< tag::dt >() < 1e-12 && gideck.get< tag::cfl >() < 1e-12)
[ - + ]
151 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("No time step calculation policy has been selected in the "
[ - - ]
152 : : "preceeding block. Use keyword 'dt' to set a constant or 'cfl' to set an "
153 : : "adaptive time step size calculation policy.");
154 : :
155 : : // partitioning/reordering options
156 : : // ---------------------------------------------------------------------------
157 : : storeOptIfSpecd< tk::ctr::PartitioningAlgorithmType,
158 [ + - ][ + - ]: 189 : tk::ctr::PartitioningAlgorithm >(
159 : : lua_ideck, "partitioning", gideck.get< tag::partitioning >(),
160 : : tk::ctr::PartitioningAlgorithmType::RCB);
161 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< bool >(
162 : : lua_ideck, "pelocal_reorder", gideck.get< tag::pelocal_reorder >(),
163 : : false);
164 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< bool >(
165 : : lua_ideck, "operator_reorder", gideck.get< tag::operator_reorder >(),
166 : : false);
167 : :
168 : : // discretization scheme options
169 : : // ---------------------------------------------------------------------------
170 : : using inciter::ctr::SchemeType;
171 [ + - ][ + - ]: 189 : storeOptIfSpecd< SchemeType, inciter::ctr::Scheme >(
172 : : lua_ideck, "scheme", gideck.get< tag::scheme >(), SchemeType::ALECG);
173 [ + - ][ + - ]: 189 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::LimiterType, inciter::ctr::Limiter >(
174 : : lua_ideck, "limiter", gideck.get< tag::limiter >(),
175 : : inciter::ctr::LimiterType::NOLIMITER);
176 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< tk::real >(
177 : : lua_ideck, "cweight", gideck.get< tag::cweight >(), 1.0);
178 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< tk::real >(
179 : : lua_ideck, "shock_detector_coeff",
180 : : gideck.get< tag::shock_detector_coeff >(), 1.0);
181 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< bool >(
182 : : lua_ideck, "accuracy_test", gideck.get< tag::accuracy_test >(), false);
183 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< bool >(
184 : : lua_ideck, "limsol_projection", gideck.get< tag::limsol_projection >(),
185 : : true);
186 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< tk::real >(
187 : : lua_ideck, "lowspeed_kp", gideck.get< tag::lowspeed_kp >(), 0.0);
188 : :
189 : : // configure solutions DOFs
190 : 189 : auto scheme = gideck.get< tag::scheme >();
191 : 189 : auto& ndof = gideck.get< tag::ndof >();
192 : 189 : auto& rdof = gideck.get< tag::rdof >();
193 : 189 : ndof = rdof = 1;
194 [ + + ][ + + ]: 189 : if (scheme == SchemeType::P0P1 || scheme == SchemeType::FV) {
195 : 24 : ndof = 1; rdof = 4;
196 [ + + ]: 165 : } else if (scheme == SchemeType::DGP1) {
197 : 17 : ndof = rdof = 4;
198 [ + + ]: 148 : } else if (scheme == SchemeType::DGP2) {
199 : 8 : ndof = rdof = 10;
200 [ + + ]: 140 : } else if (scheme == SchemeType::PDG) {
201 : 12 : ndof = rdof = 10;
202 : 12 : gideck.get< tag::pref, tag::pref >() = true;
203 [ + + ][ + + ]: 128 : } else if (scheme != SchemeType::DG &&
204 [ - + ]: 21 : scheme != SchemeType::ALECG &&
205 : : scheme != SchemeType::OversetFE) {
206 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Scheme type not configured in configure_scheme");
[ - - ]
207 : : }
208 : :
209 : : // PDE options
210 : : // ---------------------------------------------------------------------------
211 : :
212 : 189 : char depvar_cnt = 'a';
213 [ + - ]: 189 : gideck.get< tag::depvar >().resize(1);
214 : :
215 : : // check transport
216 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["transport"].valid()) {
[ + + ]
217 : :
218 [ + - ][ + - ]: 92 : checkBlock< inciter::ctr::transportList::Keys >(lua_ideck["transport"],
[ + - ][ + - ]
219 : : "transport");
220 : :
221 : 92 : gideck.get< tag::pde >() = inciter::ctr::PDEType::TRANSPORT;
222 [ + - ][ + - ]: 92 : storeIfSpecd< std::size_t >(
[ + - ][ + - ]
223 : : lua_ideck["transport"], "ncomp",
224 : : gideck.get< tag::transport, tag::ncomp >(), 1);
225 [ + - ][ + - ]: 92 : storeIfSpecd< int >(
[ + - ][ + - ]
226 : : lua_ideck["transport"], "intsharp",
227 : : gideck.get< tag::transport, tag::intsharp >(), 0);
228 [ + - ][ + - ]: 92 : storeIfSpecd< tk::real >(
[ + - ][ + - ]
229 : : lua_ideck["transport"], "intsharp_param",
230 : : gideck.get< tag::transport, tag::intsharp_param >(), 1.8);
231 [ + - ][ + - ]: 92 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::ProblemType, inciter::ctr::Problem >(
[ + - ][ + - ]
232 : : lua_ideck["transport"], "problem",
233 : : gideck.get< tag::transport, tag::problem >(),
234 : : inciter::ctr::ProblemType::USER_DEFINED);
235 [ + - ][ + - ]: 92 : storeVecIfSpecd< tk::real >(
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
236 : : lua_ideck["transport"], "diffusivity",
237 : : gideck.get< tag::transport, tag::diffusivity >(), {0.0, 0.0, 0.0});
238 [ + - ][ + - ]: 92 : storeVecIfSpecd< tk::real >(
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
239 : : lua_ideck["transport"], "u0",
240 : : gideck.get< tag::transport, tag::u0 >(), {0.0, 0.0, 0.0});
241 [ + - ][ + - ]: 92 : storeVecIfSpecd< tk::real >(
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
242 : : lua_ideck["transport"], "lambda",
243 : : gideck.get< tag::transport, tag::lambda >(), {0.0, 0.0, 0.0});
244 : 92 : gideck.get< tag::depvar >()[0] = 'c';
245 [ + - ][ + - ]: 92 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::FluxType, inciter::ctr::Flux >(
246 : : lua_ideck, "flux", gideck.get< tag::flux >(),
247 : : inciter::ctr::FluxType::UPWIND);
248 [ + - ][ + - ]: 92 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::PhysicsType, inciter::ctr::Physics >(
[ + - ][ + - ]
249 : : lua_ideck["transport"], "physics",
250 : : gideck.get< tag::transport, tag::physics >(),
251 : : inciter::ctr::PhysicsType::ADVECTION);
252 : :
253 : : // store number of equations in PDE system
254 : 92 : gideck.get< tag::ncomp >() =
255 : 92 : gideck.get< tag::transport, tag::ncomp >();
256 : : }
257 : :
258 : : // check compflow
259 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["compflow"].valid()) {
[ + + ]
260 : :
261 [ + - ][ + - ]: 64 : checkBlock< inciter::ctr::compflowList::Keys >(lua_ideck["compflow"],
[ + - ][ + - ]
262 : : "compflow");
263 : :
264 : 64 : gideck.get< tag::pde >() = inciter::ctr::PDEType::COMPFLOW;
265 [ + - ][ + - ]: 64 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::ProblemType, inciter::ctr::Problem >(
[ + - ][ + - ]
266 : : lua_ideck["compflow"], "problem",
267 : : gideck.get< tag::compflow, tag::problem >(),
268 : : inciter::ctr::ProblemType::USER_DEFINED);
269 [ + - ][ + - ]: 64 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::PhysicsType, inciter::ctr::Physics >(
[ + - ][ + - ]
270 : : lua_ideck["compflow"], "physics",
271 : : gideck.get< tag::compflow, tag::physics >(),
272 : : inciter::ctr::PhysicsType::EULER);
273 : :
274 : : // problem parameters for MMS
275 [ + - ][ + - ]: 64 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["compflow"], "alpha",
[ + - ][ + - ]
276 : : gideck.get< tag::compflow, tag::alpha >(), 0.0);
277 [ + - ][ + - ]: 64 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["compflow"], "beta",
[ + - ][ + - ]
278 : : gideck.get< tag::compflow, tag::beta >(), 0.0);
279 [ + - ][ + - ]: 64 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["compflow"], "betax",
[ + - ][ + - ]
280 : : gideck.get< tag::compflow, tag::betax >(), 0.0);
281 [ + - ][ + - ]: 64 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["compflow"], "betay",
[ + - ][ + - ]
282 : : gideck.get< tag::compflow, tag::betay >(), 0.0);
283 [ + - ][ + - ]: 64 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["compflow"], "betaz",
[ + - ][ + - ]
284 : : gideck.get< tag::compflow, tag::betaz >(), 0.0);
285 [ + - ][ + - ]: 64 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["compflow"], "r0",
[ + - ][ + - ]
286 : : gideck.get< tag::compflow, tag::r0 >(), 0.0);
287 [ + - ][ + - ]: 64 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["compflow"], "p0",
[ + - ][ + - ]
288 : : gideck.get< tag::compflow, tag::p0 >(), 0.0);
289 [ + - ][ + - ]: 64 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["compflow"], "ce",
[ + - ][ + - ]
290 : : gideck.get< tag::compflow, tag::ce >(), 0.0);
291 [ + - ][ + - ]: 64 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["compflow"], "kappa",
[ + - ][ + - ]
292 : : gideck.get< tag::compflow, tag::kappa >(), 0.0);
293 : :
294 : 64 : gideck.get< tag::depvar >()[0] = 'a';
295 [ + - ][ + - ]: 64 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::FluxType, inciter::ctr::Flux >(
296 : : lua_ideck, "flux", gideck.get< tag::flux >(),
297 : : inciter::ctr::FluxType::HLLC);
298 : :
299 : : // store number of equations in PDE system
300 : 64 : gideck.get< tag::ncomp >() = 5;
301 : : }
302 : :
303 : : // check multimat
304 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["multimat"].valid()) {
[ + + ]
305 : :
306 [ + - ][ + - ]: 33 : checkBlock< inciter::ctr::multimatList::Keys >(lua_ideck["multimat"],
[ + - ][ + - ]
307 : : "multimat");
308 : :
309 : 33 : gideck.get< tag::pde >() = inciter::ctr::PDEType::MULTIMAT;
310 [ + - ][ + - ]: 33 : storeIfSpecd< std::size_t >(
[ + - ][ + - ]
311 : : lua_ideck["multimat"], "nmat",
312 : : gideck.get< tag::multimat, tag::nmat >(), 2);
313 [ + - ][ + - ]: 33 : storeIfSpecd< uint64_t >(
[ + - ][ + - ]
314 : : lua_ideck["multimat"], "prelax",
315 : : gideck.get< tag::multimat, tag::prelax >(), 1);
316 [ + - ][ + - ]: 33 : storeIfSpecd< tk::real >(
[ + - ][ + - ]
317 : : lua_ideck["multimat"], "prelax_timescale",
318 : : gideck.get< tag::multimat, tag::prelax_timescale >(), 0.25);
319 [ + - ][ + - ]: 33 : storeIfSpecd< int >(
[ + - ][ + - ]
320 : : lua_ideck["multimat"], "intsharp",
321 : : gideck.get< tag::multimat, tag::intsharp >(), 0);
322 [ + - ][ + - ]: 33 : storeIfSpecd< tk::real >(
[ + - ][ + - ]
323 : : lua_ideck["multimat"], "intsharp_param",
324 : : gideck.get< tag::multimat, tag::intsharp_param >(), 1.8);
325 [ + - ][ + - ]: 33 : storeIfSpecd< uint64_t >(
[ + - ][ + - ]
326 : : lua_ideck["multimat"], "rho0constraint",
327 : : gideck.get< tag::multimat, tag::rho0constraint >(), 1);
328 [ + - ][ + - ]: 33 : storeIfSpecd< int >(
[ + - ][ + - ]
329 : : lua_ideck["multimat"], "dt_sos_massavg",
330 : : gideck.get< tag::multimat, tag::dt_sos_massavg >(), 0);
331 [ + - ][ + - ]: 33 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::ProblemType, inciter::ctr::Problem >(
[ + - ][ + - ]
332 : : lua_ideck["multimat"], "problem",
333 : : gideck.get< tag::multimat, tag::problem >(),
334 : : inciter::ctr::ProblemType::USER_DEFINED);
335 [ + - ][ + - ]: 33 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::PhysicsType, inciter::ctr::Physics >(
[ + - ][ + - ]
336 : : lua_ideck["multimat"], "physics",
337 : : gideck.get< tag::multimat, tag::physics >(),
338 : : inciter::ctr::PhysicsType::EULER);
339 : 33 : gideck.get< tag::depvar >()[0] = 'a';
340 [ + - ][ + - ]: 33 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::FluxType, inciter::ctr::Flux >(
341 : : lua_ideck, "flux", gideck.get< tag::flux >(),
342 : : inciter::ctr::FluxType::AUSM);
343 : :
344 : : // number of equations in PDE system are determined based on materials
345 : : }
346 : :
347 : : // check multispecies
348 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["multispecies"].valid()) {
[ - + ]
349 : :
350 [ - - ][ - - ]: 0 : checkBlock< inciter::ctr::multispeciesList::Keys >(lua_ideck["multispecies"],
[ - - ][ - - ]
351 : : "multispecies");
352 : :
353 : 0 : gideck.get< tag::pde >() = inciter::ctr::PDEType::MULTISPECIES;
354 [ - - ][ - - ]: 0 : storeIfSpecd< std::size_t >(
[ - - ][ - - ]
355 : : lua_ideck["multispecies"], "nspec",
356 : : gideck.get< tag::multispecies, tag::nspec >(), 1);
357 [ - - ][ - - ]: 0 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::ProblemType, inciter::ctr::Problem >(
[ - - ][ - - ]
358 : : lua_ideck["multispecies"], "problem",
359 : : gideck.get< tag::multispecies, tag::problem >(),
360 : : inciter::ctr::ProblemType::USER_DEFINED);
361 [ - - ][ - - ]: 0 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::PhysicsType, inciter::ctr::Physics >(
[ - - ][ - - ]
362 : : lua_ideck["multispecies"], "physics",
363 : : gideck.get< tag::multispecies, tag::physics >(),
364 : : inciter::ctr::PhysicsType::EULER);
365 : 0 : gideck.get< tag::depvar >()[0] = 'a';
366 [ - - ][ - - ]: 0 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::FluxType, inciter::ctr::Flux >(
367 : : lua_ideck, "flux", gideck.get< tag::flux >(),
368 : : inciter::ctr::FluxType::AUSM);
369 : :
370 : : // store number of equations in PDE system
371 : : // nspec: species mass conservation equations,
372 : : // 3: momentum equations,
373 : : // 1: total energy equation.
374 : 0 : gideck.get< tag::ncomp >() =
375 : 0 : gideck.get< tag::multispecies, tag::nspec >() + 3 + 1;
376 : : }
377 : :
378 : : // number of species, for future use
379 : 189 : std::size_t nspec(1);
380 [ - + ]: 189 : if (gideck.get< tag::pde >() == inciter::ctr::PDEType::MULTISPECIES)
381 : 0 : nspec = gideck.get< tag::multispecies, tag::nspec >();
382 : :
383 : : // add depvar to deck::depvars so it can be selected as outvar later
384 [ + - ]: 189 : tk::grm::depvars.insert( gideck.get< tag::depvar >()[0] );
385 : :
386 : : // Assemble material blocks
387 : : // ---------------------------------------------------------------------------
388 : :
389 : : // solid counters
390 : 189 : std::size_t tmat(0), imatcntr(0), mtypei(0), isolcntr(0);
391 : 189 : bool is_solid(false);
392 : 378 : std::set< std::size_t > matidset;
393 : :
394 : : // material vector
395 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["material"].valid()) {
[ + + ]
396 : :
397 : : // size material map vectors
398 : 97 : std::size_t nmat(1);
399 [ + + ]: 97 : if (gideck.get< tag::pde >() == inciter::ctr::PDEType::MULTIMAT)
400 : 33 : nmat = gideck.get< tag::multimat, tag::nmat >();
401 [ + - ]: 97 : gideck.get< tag::matidxmap, tag::eosidx >().resize(nmat);
402 [ + - ]: 97 : gideck.get< tag::matidxmap, tag::matidx >().resize(nmat);
403 [ + - ]: 97 : gideck.get< tag::matidxmap, tag::solidx >().resize(nmat);
404 : :
405 : : // size material vector appropriately
406 : : // size of the material vector is the number of distinct types of materials
407 [ + - ][ + - ]: 194 : sol::table sol_mat = lua_ideck["material"];
408 [ + - ][ + - ]: 97 : gideck.get< tag::material >().resize(sol_mat.size());
409 : :
410 : : // store material properties
411 [ + + ]: 194 : for (std::size_t i=0; i<gideck.get< tag::material >().size(); ++i) {
412 : :
413 [ + - ][ + - ]: 97 : checkBlock< inciter::ctr::materialList::Keys >(sol_mat[i+1], "material");
[ + - ][ + - ]
414 : :
415 : 97 : auto& mati_deck = gideck.get< tag::material >()[i];
416 : : // eos
417 [ + - ][ + - ]: 291 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::MaterialType, inciter::ctr::Material >(
[ + - ]
418 [ + - ]: 194 : sol_mat[i+1], "eos", mati_deck.get< tag::eos >(),
419 : : inciter::ctr::MaterialType::STIFFENEDGAS);
420 : :
421 : : // material ids in this eos (default is for compflow i.e. single mat)
422 [ + - ][ + - ]: 291 : storeVecIfSpecd< uint64_t >(
[ + - ]
423 [ + - ]: 194 : sol_mat[i+1], "id", mati_deck.get< tag::id >(),
424 [ + - ]: 194 : std::vector< uint64_t >(1,1));
425 : :
426 : : // Track total number of materials in multiple material blocks (eos's)
427 : 97 : tmat += mati_deck.get< tag::id >().size();
428 : :
429 : : // Check for repeating user specified material ids
430 [ + + ]: 247 : for (auto midx : mati_deck.get< tag::id >()) {
431 [ + - ][ + - ]: 150 : if (!matidset.count(midx))
432 [ + - ]: 150 : matidset.insert(midx);
433 : : else
434 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Repeating material id specified");
[ - - ]
435 : : }
436 : :
437 : 97 : std::size_t ntype = mati_deck.get< tag::id >().size();
438 : : // cv
439 [ + - ][ + - ]: 97 : if (!sol_mat[i+1]["cv"].valid())
[ + - ][ + + ]
440 [ + - ][ + - ]: 70 : sol_mat[i+1]["cv"] = std::vector< tk::real >(ntype, 717.5);
[ + - ][ + - ]
441 [ + - ][ + - ]: 97 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "cv", ntype, mati_deck.get< tag::cv >());
[ + - ][ + - ]
442 : :
443 : : // reset solid-marker
444 : 97 : is_solid = false;
445 : :
446 : : // Stiffened-gas materials
447 [ + - ]: 97 : if (mati_deck.get< tag::eos >() ==
448 : : inciter::ctr::MaterialType::STIFFENEDGAS) {
449 : : // gamma
450 [ + - ][ + - ]: 97 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "gamma", ntype,
[ + - ][ + - ]
451 : : mati_deck.get< tag::gamma >());
452 : :
453 : : // pstiff
454 [ + - ][ + - ]: 97 : if (!sol_mat[i+1]["pstiff"].valid())
[ + - ][ + + ]
455 [ + - ][ + - ]: 94 : sol_mat[i+1]["pstiff"] = std::vector< tk::real >(ntype, 0.0);
[ + - ][ + - ]
456 [ + - ][ + - ]: 97 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "pstiff", ntype,
[ + - ][ + - ]
457 : : mati_deck.get< tag::pstiff >());
458 : :
459 : : // mu (dynamic viscosity) and 'viscous' keyword
460 [ + - ][ + - ]: 97 : if (!sol_mat[i+1]["mu"].valid())
[ + - ][ + - ]
461 [ + - ][ + - ]: 97 : sol_mat[i+1]["mu"] = std::vector< tk::real >(ntype, 0.0);
[ + - ][ + - ]
462 : 0 : else gideck.get< tag::multimat, tag::viscous >() = true;
463 [ + - ][ + - ]: 97 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "mu", ntype, mati_deck.get< tag::mu >());
[ + - ][ + - ]
464 : : }
465 : : // Small-shear solid materials
466 [ - - ]: 0 : else if (mati_deck.get< tag::eos >() ==
467 : : inciter::ctr::MaterialType::SMALLSHEARSOLID) {
468 : : // gamma
469 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "gamma", ntype,
[ - - ][ - - ]
470 : : mati_deck.get< tag::gamma >());
471 : :
472 : : // pstiff
473 [ - - ][ - - ]: 0 : if (!sol_mat[i+1]["pstiff"].valid())
[ - - ][ - - ]
474 [ - - ][ - - ]: 0 : sol_mat[i+1]["pstiff"] = std::vector< tk::real >(ntype, 0.0);
[ - - ][ - - ]
475 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "pstiff", ntype,
[ - - ][ - - ]
476 : : mati_deck.get< tag::pstiff >());
477 : :
478 : : // mu
479 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "mu", ntype,
[ - - ][ - - ]
480 : : mati_deck.get< tag::mu >());
481 : :
482 : : // yield_stress
483 [ - - ][ - - ]: 0 : if (!sol_mat[i+1]["yield_stress"].valid())
[ - - ][ - - ]
484 : 0 : sol_mat[i+1]["yield_stress"] =
485 [ - - ][ - - ]: 0 : std::vector< tk::real >(ntype, 300.0e+06);
[ - - ][ - - ]
486 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "yield_stress", ntype,
[ - - ][ - - ]
487 : : mati_deck.get< tag::yield_stress >());
488 : :
489 : : // assign solid
490 : 0 : is_solid = true;
491 : : }
492 : : // Godunov-Romenski aluminum materials
493 [ - - ]: 0 : else if (mati_deck.get< tag::eos >() ==
494 : : inciter::ctr::MaterialType::GODUNOVROMENSKIALUMINUM) {
495 : : // gamma
496 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "gamma", ntype,
[ - - ][ - - ]
497 : : mati_deck.get< tag::gamma >());
498 : :
499 : : // mu
500 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "mu", ntype,
[ - - ][ - - ]
501 : : mati_deck.get< tag::mu >());
502 : :
503 : : // yield_stress
504 [ - - ][ - - ]: 0 : if (!sol_mat[i+1]["yield_stress"].valid())
[ - - ][ - - ]
505 : 0 : sol_mat[i+1]["yield_stress"] =
506 [ - - ][ - - ]: 0 : std::vector< tk::real >(ntype, 300.0e+06);
[ - - ][ - - ]
507 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "yield_stress", ntype,
[ - - ][ - - ]
508 : : mati_deck.get< tag::yield_stress >());
509 : :
510 : : // assign solid
511 : 0 : is_solid = true;
512 : : }
513 : : // JWL materials
514 [ - - ]: 0 : else if (mati_deck.get< tag::eos >() == inciter::ctr::MaterialType::JWL) {
515 : : // w_gru
516 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "w_gru", ntype,
[ - - ][ - - ]
517 : : mati_deck.get< tag::w_gru >());
518 : :
519 : : // a_jwl
520 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "A_jwl", ntype,
[ - - ][ - - ]
521 : : mati_deck.get< tag::A_jwl >());
522 : :
523 : : // b_jwl
524 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "B_jwl", ntype,
[ - - ][ - - ]
525 : : mati_deck.get< tag::B_jwl >());
526 : :
527 : : // R1_jwl
528 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "R1_jwl", ntype,
[ - - ][ - - ]
529 : : mati_deck.get< tag::R1_jwl >());
530 : :
531 : : // R2_jwl
532 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "R2_jwl", ntype,
[ - - ][ - - ]
533 : : mati_deck.get< tag::R2_jwl >());
534 : :
535 : : // rho0_jwl
536 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "rho0_jwl", ntype,
[ - - ][ - - ]
537 : : mati_deck.get< tag::rho0_jwl >());
538 : :
539 : : // de_jwl
540 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "de_jwl", ntype,
[ - - ][ - - ]
541 : : mati_deck.get< tag::de_jwl >());
542 : :
543 : : // Pr_jwl
544 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "Pr_jwl", ntype,
[ - - ][ - - ]
545 : : mati_deck.get< tag::Pr_jwl >());
546 : :
547 : : // rhor_jwl
548 [ - - ][ - - ]: 0 : if (sol_mat[i+1]["rhor_jwl"].valid()) {
[ - - ][ - - ]
549 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "rhor_jwl", ntype,
[ - - ][ - - ]
550 : : mati_deck.get< tag::rhor_jwl >());
551 : : }
552 : : // Tr_jwl
553 [ - - ][ - - ]: 0 : else if (sol_mat[i+1]["Tr_jwl"].valid()) {
[ - - ][ - - ]
554 [ - - ][ - - ]: 0 : checkStoreMatProp(sol_mat[i+1], "Tr_jwl", ntype,
[ - - ][ - - ]
555 : : mati_deck.get< tag::Tr_jwl >());
556 : : }
557 : : else
558 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Either reference density or reference temperature must be "
[ - - ]
559 : : "specified for JWL equation of state (EOS).");
560 : : }
561 : :
562 : : // Generate mapping between material index and eos parameter index
563 : 97 : auto& eosmap = gideck.get< tag::matidxmap, tag::eosidx >();
564 : 97 : auto& idxmap = gideck.get< tag::matidxmap, tag::matidx >();
565 : 97 : auto& solidxmap = gideck.get< tag::matidxmap, tag::solidx >();
566 [ + + ]: 247 : for (auto midx : mati_deck.get< tag::id >()) {
567 : 150 : midx -= 1;
568 : 150 : eosmap[midx] = mtypei;
569 : 150 : idxmap[midx] = imatcntr;
570 [ - + ]: 150 : if (is_solid) {
571 : : // add to solid-counter
572 : 0 : ++isolcntr;
573 : 0 : solidxmap[midx] = isolcntr;
574 : : }
575 : 150 : ++imatcntr;
576 : : }
577 : : // end of materials for this eos, thus reset index counter
578 : 97 : imatcntr = 0;
579 : : // increment material-type/eos-type index counter
580 : 97 : ++mtypei;
581 : : }
582 : :
583 : : // Error checking on material ids
584 : : // -------------------------------------------------------------------------
585 : :
586 : : // Total number of materials
587 [ - + ]: 97 : if (tmat != nmat)
588 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("The total number of materials in all the material blocks (" +
[ - - ][ - - ]
[ - - ]
589 : : std::to_string(tmat) +
590 : : ") is not equal to the number of materials specified 'nmat'.");
591 : :
592 : : // Contiguous and 1-based material ids
593 [ - + ]: 97 : if (*matidset.begin() != 1)
594 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Material ids specified in material blocks not one-based. "
[ - - ]
595 : : "Material ids must begin with one.");
596 : 97 : std::size_t icount(1);
597 [ + + ]: 247 : for (auto midx : matidset) {
598 [ - + ]: 150 : if (midx != icount)
599 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Material ids specified in material blocks have a gap. "
[ - - ]
600 : : "Material ids must be contiguous.");
601 : 150 : ++icount;
602 : : }
603 : :
604 : : // Set up number of PDEs for multimat
605 [ + + ]: 97 : if (gideck.get< tag::pde >() == inciter::ctr::PDEType::MULTIMAT) {
606 : 33 : auto ntot = nmat + nmat + 3 + nmat;
607 : : // if solid EOS, add components
608 : 33 : const auto& solidx = gideck.get< tag::matidxmap, tag::solidx >();
609 [ + + ]: 119 : for (std::size_t i=0; i<solidx.size(); ++i) {
610 [ - + ]: 86 : if (solidx[i] > 0)
611 : 0 : ntot += 9;
612 : : }
613 : 33 : gideck.get< tag::ncomp >() = ntot;
614 : : }
615 : : }
616 : :
617 : : // Mesh specification block (for overset)
618 : : // ---------------------------------------------------------------------------
619 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["mesh"].valid()) {
[ + + ]
620 [ + - ][ + - ]: 24 : const sol::table& lua_mesh = lua_ideck["mesh"];
621 : 12 : auto& mesh_deck = gideck.get< tag::mesh >();
622 [ + - ][ + - ]: 12 : mesh_deck.resize(lua_mesh.size());
623 : :
624 [ + + ]: 26 : for (std::size_t i=0; i<mesh_deck.size(); ++i) {
625 : :
626 [ + - ][ + - ]: 14 : checkBlock< inciter::ctr::meshList::Keys >(lua_mesh[i+1], "mesh");
[ + - ][ + - ]
627 : :
628 : : // filename
629 [ + - ][ + - ]: 28 : storeIfSpecd< std::string >(lua_mesh[i+1], "filename",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
630 : 14 : mesh_deck[i].get< tag::filename >(), "");
631 : :
632 : : // location
633 [ + - ][ + - ]: 28 : storeVecIfSpecd< tk::real >(lua_mesh[i+1], "location",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
634 : 14 : mesh_deck[i].get< tag::location >(), {0.0, 0.0, 0.0});
635 [ - + ]: 14 : if (mesh_deck[i].get< tag::location >().size() != 3)
636 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Mesh location requires 3 coordinates.");
[ - - ]
637 : :
638 : : // orientation
639 [ + - ][ + - ]: 28 : storeVecIfSpecd< tk::real >(lua_mesh[i+1], "orientation",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
640 : 14 : mesh_deck[i].get< tag::orientation >(), {0.0, 0.0, 0.0});
641 [ - + ]: 14 : if (mesh_deck[i].get< tag::orientation >().size() != 3)
642 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Mesh orientation requires 3 rotation angles.");
[ - - ]
643 : :
644 : : // velocity
645 [ + - ][ + - ]: 28 : storeVecIfSpecd< tk::real >(lua_mesh[i+1], "velocity",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
646 : 14 : mesh_deck[i].get< tag::velocity >(), {0.0, 0.0, 0.0});
647 [ - + ]: 14 : if (mesh_deck[i].get< tag::velocity >().size() != 3)
648 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Mesh velocity requires 3 components.");
[ - - ]
649 : :
650 : : // Transfer object
651 [ + + ]: 14 : if (i > 0) {
652 [ + - ]: 2 : gideck.get< tag::transfer >().emplace_back( 0, i );
653 : :
654 : : // assign depvar
655 : 2 : ++depvar_cnt;
656 [ + - ]: 2 : gideck.get< tag::depvar >().push_back(depvar_cnt);
657 : :
658 : : // add depvar to deck::depvars so it can be selected as outvar later
659 [ + - ]: 2 : tk::grm::depvars.insert(depvar_cnt);
660 : : }
661 : : }
662 : : }
663 : : else {
664 : : // TODO: remove double-specification of defaults
665 : 177 : auto& mesh_deck = gideck.get< tag::mesh >();
666 [ + - ]: 177 : mesh_deck.resize(1);
667 : 177 : mesh_deck[0].get< tag::filename >() =
668 [ + - ]: 354 : gideck.get< tag::cmd, tag::io, tag::input >();
669 [ + - ]: 177 : mesh_deck[0].get< tag::location >() = {0.0, 0.0, 0.0};
670 [ + - ]: 177 : mesh_deck[0].get< tag::orientation >() = {0.0, 0.0, 0.0};
671 [ + - ]: 177 : mesh_deck[0].get< tag::velocity >() = {0.0, 0.0, 0.0};
672 : : }
673 : :
674 [ - + ][ - - ]: 189 : Assert(gideck.get< tag::mesh >().size() == gideck.get< tag::depvar >().size(),
[ - - ][ - - ]
675 : : "Number of depvar not equal to the number of meshes.");
676 : :
677 : : // Field output block
678 : : // ---------------------------------------------------------------------------
679 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["field_output"].valid()) {
[ + - ]
680 : :
681 [ + - ][ + - ]: 189 : checkBlock< inciter::ctr::fieldOutputList::Keys >(lua_ideck["field_output"],
[ + - ][ + - ]
682 : : "field_output");
683 : :
684 : 189 : auto& fo_deck = gideck.get< tag::field_output >();
685 : :
686 : : // interval iteration
687 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< uint32_t >(
[ + - ][ + - ]
688 : : lua_ideck["field_output"], "interval",
689 : : fo_deck.get< tag::interval >(),
690 : : std::numeric_limits< uint32_t >::max());
691 : :
692 : : // interval physical time
693 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< tk::real >(
[ + - ][ + - ]
694 : : lua_ideck["field_output"], "time_interval",
695 : : fo_deck.get< tag::time_interval >(),
696 : : std::numeric_limits< tk::real >::max());
697 : :
698 : : // interval time range
699 [ + - ][ + - ]: 189 : storeVecIfSpecd< tk::real >(
[ + - ][ + - ]
700 : : lua_ideck["field_output"], "time_range",
701 : : fo_deck.get< tag::time_range >(), {});
702 : :
703 : : // refined mesh field output
704 [ + - ][ + - ]: 189 : storeIfSpecd< bool >(
[ + - ][ + - ]
705 : : lua_ideck["field_output"], "refined", fo_deck.get< tag::refined >(),
706 : : false);
707 : 189 : gideck.get< tag::cmd, tag::io, tag::refined >() = fo_deck.get< tag::refined >();
708 : :
709 : : // filetype
710 [ + - ][ + - ]: 189 : storeOptIfSpecd< tk::ctr::FieldFileType, tk::ctr::FieldFile >(
[ + - ][ + - ]
711 : : lua_ideck["field_output"], "filetype", fo_deck.get< tag::filetype >(),
712 : : tk::ctr::FieldFileType::EXODUSII);
713 : :
714 : : // sidesets for field output
715 [ + - ][ + - ]: 189 : storeVecIfSpecd< uint64_t >(
[ + - ][ + - ]
716 : : lua_ideck["field_output"], "sideset", fo_deck.get< tag::sideset >(), {});
717 : :
718 : : // Assign outvar
719 : 189 : auto& foutvar = fo_deck.get< tag::outvar >();
720 : 189 : std::size_t nevar(0), nnvar(0), tensorcompvar(0);
721 : 189 : std::size_t nmat(1);
722 [ + + ]: 189 : if (gideck.get< tag::pde >() == inciter::ctr::PDEType::MULTIMAT)
723 : 33 : nmat = gideck.get< tag::multimat, tag::nmat >();
724 : :
725 : : // elem aliases
726 : 378 : std::vector< std::string > elemalias;
727 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["field_output"]["elemvar"].valid())
[ + - ][ + + ]
728 [ + - ][ + - ]: 84 : nevar = sol::table(lua_ideck["field_output"]["elemvar"]).size();
[ + - ][ + - ]
729 [ + - ][ + - ]: 189 : storeVecIfSpecd< std::string >(
[ + - ][ + - ]
730 : : lua_ideck["field_output"], "elemalias", elemalias,
731 [ + - ][ + - ]: 378 : std::vector< std::string >(nevar, ""));
732 : :
733 : : // node aliases
734 : 378 : std::vector< std::string > nodealias;
735 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["field_output"]["nodevar"].valid())
[ + - ][ + + ]
736 [ + - ][ + - ]: 40 : nnvar = sol::table(lua_ideck["field_output"]["nodevar"]).size();
[ + - ][ + - ]
737 [ + - ][ + - ]: 189 : storeVecIfSpecd< std::string >(
[ + - ][ + - ]
738 : : lua_ideck["field_output"], "nodealias", nodealias,
739 [ + - ][ + - ]: 378 : std::vector< std::string >(nnvar, ""));
740 : :
741 : : // error check on aliases
742 [ - + ]: 189 : if (elemalias.size() != nevar)
743 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("elemalias should have the same size as elemvar.");
[ - - ]
744 [ - + ]: 189 : if (nodealias.size() != nnvar)
745 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("nodealias should have the same size as nodevar.");
[ - - ]
746 : :
747 : : // element variables
748 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["field_output"]["elemvar"].valid()) {
[ + - ][ + + ]
749 [ + + ]: 469 : for (std::size_t i=0; i<nevar; ++i) {
750 [ + - ][ + - ]: 770 : std::string varname(lua_ideck["field_output"]["elemvar"][i+1]);
[ + - ][ + - ]
751 [ + - ]: 770 : std::string alias(elemalias[i]);
752 : : // add extra outvars for tensor components
753 [ - + ]: 385 : if (varname.find("_tensor") != std::string::npos) tensorcompvar += 8;
754 [ + - ]: 385 : addOutVar(varname, alias, gideck.get< tag::depvar >(), nmat,
755 : 385 : nspec, gideck.get< tag::pde >(), tk::Centering::ELEM, foutvar);
756 : : }
757 : : }
758 : :
759 : : // node variables
760 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["field_output"]["nodevar"].valid()) {
[ + - ][ + + ]
761 [ + + ]: 263 : for (std::size_t i=0; i<nnvar; ++i) {
762 [ + - ][ + - ]: 446 : std::string varname(lua_ideck["field_output"]["nodevar"][i+1]);
[ + - ][ + - ]
763 [ + - ]: 446 : std::string alias(nodealias[i]);
764 : : // add extra outvars for tensor components
765 [ - + ]: 223 : if (varname.find("_tensor") != std::string::npos) tensorcompvar += 8;
766 [ + - ]: 223 : addOutVar(varname, alias, gideck.get< tag::depvar >(), nmat,
767 : 223 : nspec, gideck.get< tag::pde >(), tk::Centering::NODE, foutvar);
768 : : }
769 : : }
770 : :
771 [ - + ][ - - ]: 189 : Assert(foutvar.size() == (nevar + nnvar + tensorcompvar),
[ - - ][ - - ]
772 : : "Incorrectly sized outvar vector.");
773 : : }
774 : : else {
775 : : // TODO: remove double-specification of defaults
776 : 0 : auto& fo_deck = gideck.get< tag::field_output >();
777 : 0 : fo_deck.get< tag::interval >() =
778 : 0 : std::numeric_limits< uint32_t >::max();
779 : 0 : fo_deck.get< tag::time_interval >() =
780 : 0 : std::numeric_limits< tk::real >::max();
781 [ - - ]: 0 : fo_deck.get< tag::time_range >() = {};
782 : 0 : fo_deck.get< tag::refined >() = false;
783 : 0 : fo_deck.get< tag::filetype >() = tk::ctr::FieldFileType::EXODUSII;
784 [ - - ]: 0 : fo_deck.get< tag::sideset >() = {};
785 : : }
786 : :
787 : : // Diagnostics output block
788 : : // ---------------------------------------------------------------------------
789 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["diagnostics"].valid()) {
[ + + ]
790 : :
791 [ + - ][ + - ]: 100 : checkBlock< inciter::ctr::diagnosticsList::Keys >(lua_ideck["diagnostics"],
[ + - ][ + - ]
792 : : "diagnostics");
793 : :
794 : 100 : auto& diag_deck = gideck.get< tag::diagnostics >();
795 : :
796 : : // interval iteration
797 [ + - ][ + - ]: 100 : storeIfSpecd< uint32_t >(
[ + - ][ + - ]
798 : : lua_ideck["diagnostics"], "interval",
799 : : diag_deck.get< tag::interval >(), 1);
800 : :
801 : : // error norm
802 [ + - ][ + - ]: 100 : storeOptIfSpecd< tk::ctr::ErrorType, tk::ctr::Error >(
[ + - ][ + - ]
803 : : lua_ideck["diagnostics"], "error", diag_deck.get< tag::error >(),
804 : : tk::ctr::ErrorType::L2);
805 : :
806 : : // float format
807 [ + - ][ + - ]: 100 : storeOptIfSpecd< tk::ctr::TxtFloatFormatType, tk::ctr::TxtFloatFormat >(
[ + - ][ + - ]
808 : : lua_ideck["diagnostics"], "format", diag_deck.get< tag::format >(),
809 : : tk::ctr::TxtFloatFormatType::DEFAULT);
810 : :
811 : : // precision
812 [ + - ][ + - ]: 100 : storeIfSpecd< std::streamsize >(
[ + - ][ + - ]
813 : : lua_ideck["diagnostics"], "precision",
814 : : diag_deck.get< tag::precision >(), std::cout.precision());
815 : : }
816 : : else {
817 : : // TODO: remove double-specification of defaults
818 : 89 : auto& diag_deck = gideck.get< tag::diagnostics >();
819 : 89 : diag_deck.get< tag::interval >() = 1;
820 : 89 : diag_deck.get< tag::error >() = tk::ctr::ErrorType::L2;
821 : 89 : diag_deck.get< tag::format >() = tk::ctr::TxtFloatFormatType::DEFAULT;
822 : 89 : diag_deck.get< tag::precision >() = std::cout.precision();
823 : : }
824 : :
825 : : // History output block
826 : : // ---------------------------------------------------------------------------
827 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["history_output"].valid()) {
[ + + ]
828 : :
829 [ + - ][ + - ]: 5 : checkBlock< inciter::ctr::historyOutputList::Keys >(
[ + - ][ + - ]
830 : : lua_ideck["history_output"], "history_output");
831 : :
832 : 5 : auto& hist_deck = gideck.get< tag::history_output >();
833 : :
834 : : // interval iteration
835 [ + - ][ + - ]: 5 : storeIfSpecd< uint32_t >(
[ + - ][ + - ]
836 : : lua_ideck["history_output"], "interval",
837 : : hist_deck.get< tag::interval >(),
838 : : std::numeric_limits< uint32_t >::max());
839 : :
840 : : // interval time
841 [ + - ][ + - ]: 5 : storeIfSpecd< tk::real >(
[ + - ][ + - ]
842 : : lua_ideck["history_output"], "time_interval",
843 : : hist_deck.get< tag::time_interval >(),
844 : : std::numeric_limits< tk::real >::max());
845 : :
846 : : // interval time range
847 [ + - ][ + - ]: 5 : storeVecIfSpecd< tk::real >(
[ + - ][ + - ]
848 : : lua_ideck["history_output"], "time_range",
849 : : hist_deck.get< tag::time_range >(), {});
850 : :
851 : : // point probes
852 [ + - ][ + - ]: 5 : if (lua_ideck["history_output"]["point"].valid()) {
[ + - ][ + - ]
853 [ + - ][ + - ]: 10 : const sol::table& sol_pt = lua_ideck["history_output"]["point"];
[ + - ]
854 [ + - ][ + - ]: 5 : hist_deck.get< tag::point >().resize(sol_pt.size());
855 : :
856 [ + + ]: 14 : for (std::size_t i=0; i<hist_deck.get< tag::point >().size(); ++i) {
857 : 9 : auto& pti = hist_deck.get< tag::point >()[i];
858 [ + - ][ + - ]: 27 : storeIfSpecd< std::string >(
[ + - ][ + - ]
859 [ + - ]: 18 : sol_pt[i+1], "id", pti.get< tag::id >(), "p");
860 [ + - ][ + - ]: 27 : storeVecIfSpecd< tk::real >(
[ + - ]
861 [ + - ]: 18 : sol_pt[i+1], "coord", pti.get< tag::coord >(), {});
862 : : }
863 : : }
864 : :
865 : : // float format
866 [ + - ][ + - ]: 5 : storeOptIfSpecd< tk::ctr::TxtFloatFormatType, tk::ctr::TxtFloatFormat >(
[ + - ][ + - ]
867 : : lua_ideck["history_output"], "format", hist_deck.get< tag::format >(),
868 : : tk::ctr::TxtFloatFormatType::DEFAULT);
869 : :
870 : : // precision
871 [ + - ][ + - ]: 5 : storeIfSpecd< std::streamsize >(
[ + - ][ + - ]
872 : : lua_ideck["history_output"], "precision",
873 : : hist_deck.get< tag::precision >(), std::cout.precision());
874 : :
875 : : // error check point
876 [ + + ]: 14 : for (std::size_t i=0; i<hist_deck.get< tag::point >().size(); ++i) {
877 [ - + ]: 9 : if (hist_deck.get< tag::point >()[i].get< tag::coord >().size() != 3)
878 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Three reals required for point coordinates in history_output.");
[ - - ]
879 : : }
880 : : }
881 : : else {
882 : : // TODO: remove double-specification of defaults
883 : 184 : auto& hist_deck = gideck.get< tag::history_output >();
884 : 184 : hist_deck.get< tag::interval >() =
885 : 184 : std::numeric_limits< uint32_t >::max();
886 : 184 : hist_deck.get< tag::time_interval >() =
887 : 184 : std::numeric_limits< tk::real >::max();
888 [ + - ]: 184 : hist_deck.get< tag::time_range >() = {};
889 : 184 : hist_deck.get< tag::precision >() = std::cout.precision();
890 [ + - ]: 184 : hist_deck.get< tag::point >().resize(0);
891 : : }
892 : :
893 : : // ALE block
894 : : // ---------------------------------------------------------------------------
895 : 189 : gideck.get< tag::ale, tag::ale >() = false;
896 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["ale"].valid()) {
[ + + ]
897 : 10 : auto& ale_deck = gideck.get< tag::ale >();
898 : 10 : ale_deck.get< tag::ale >() = true;
899 : :
900 : : // Mesh velocity smoother
901 : : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::MeshVelocitySmootherType,
902 [ + - ][ + - ]: 10 : inciter::ctr::MeshVelocitySmoother >(lua_ideck["ale"], "smoother",
[ + - ][ + - ]
903 : : ale_deck.get< tag::smoother >(), inciter::ctr::MeshVelocitySmootherType::NONE);
904 : :
905 : : // Mesh velocity
906 : : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::MeshVelocityType,
907 [ + - ][ + - ]: 10 : inciter::ctr::MeshVelocity >(lua_ideck["ale"], "mesh_velocity",
[ + - ][ + - ]
908 : : ale_deck.get< tag::mesh_velocity >(), inciter::ctr::MeshVelocityType::SINE);
909 : :
910 : : // Mesh motion direction
911 [ + - ][ + - ]: 10 : storeVecIfSpecd< std::size_t >(lua_ideck["ale"], "mesh_motion",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
912 : : ale_deck.get< tag::mesh_motion >(), { 0, 1, 2 });
913 : :
914 : : // Mesh force
915 [ + - ][ + - ]: 10 : storeVecIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["ale"], "meshforce",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
916 : : ale_deck.get< tag::meshforce >(), { 0, 0, 0, 0 });
917 : :
918 : : // Dirichlet
919 [ + - ][ + - ]: 10 : storeVecIfSpecd< std::size_t >(lua_ideck["ale"], "dirichlet",
[ + - ][ + - ]
920 : : ale_deck.get< tag::dirichlet >(), {});
921 : :
922 : : // Symmetry
923 [ + - ][ + - ]: 10 : storeVecIfSpecd< std::size_t >(lua_ideck["ale"], "symmetry",
[ + - ][ + - ]
924 : : ale_deck.get< tag::symmetry >(), {});
925 : :
926 : : // Move sidesets with user defined function
927 [ + - ][ + - ]: 10 : if (lua_ideck["ale"]["move"].valid()) {
[ + - ][ + + ]
928 [ + - ][ + - ]: 4 : const sol::table& sol_mv = lua_ideck["ale"]["move"];
[ + - ]
929 [ + - ][ + - ]: 2 : ale_deck.get< tag::move >().resize(sol_mv.size());
930 : :
931 [ + + ]: 4 : for (std::size_t i=0; i<ale_deck.get< tag::move >().size(); ++i) {
932 : 2 : auto& mvi = ale_deck.get< tag::move >()[i];
933 [ + - ][ + - ]: 6 : storeOptIfSpecd< tk::ctr::UserTableType, tk::ctr::UserTable >(
[ + - ]
934 [ + - ]: 4 : sol_mv[i+1], "fntype", mvi.get< tag::fntype >(),
935 : : tk::ctr::UserTableType::POSITION);
936 [ + - ][ + - ]: 6 : storeVecIfSpecd< uint64_t >(
[ + - ]
937 [ + - ]: 4 : sol_mv[i+1], "sideset", mvi.get< tag::sideset >(), {});
938 [ + - ][ + - ]: 6 : storeVecIfSpecd< tk::real >(
[ + - ]
939 [ + - ]: 4 : sol_mv[i+1], "fn", mvi.get< tag::fn >(), {});
940 : :
941 : : // error checking on user-def function
942 [ - + ]: 2 : if (mvi.get< tag::fn >().size() % 4 != 0)
943 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Incomplete user-defined function for ALE sideset movement. An "
[ - - ]
944 : : "R->R^3 function is expected, the number of descrete entries must be "
945 : : "divisible by 4: one 'column' for the abscissa, and 3 for the "
946 : : "ordinate.");
947 : : }
948 : : }
949 : :
950 : : // dv-CFL
951 [ + - ][ + - ]: 10 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["ale"], "dvcfl", ale_deck.get< tag::dvcfl >(),
[ + - ][ + - ]
952 : : 0.01);
953 : :
954 : : // Vorticity multiplier
955 [ + - ][ + - ]: 10 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["ale"], "vortmult",
[ + - ][ + - ]
956 : : ale_deck.get< tag::vortmult >(), 0.0);
957 : :
958 : : // Mesh velocity max iterations
959 [ + - ][ + - ]: 10 : storeIfSpecd< std::size_t >(lua_ideck["ale"], "maxit",
[ + - ][ + - ]
960 : : ale_deck.get< tag::maxit >(), 5);
961 : :
962 : : // Mesh velocity max iterations
963 [ + - ][ + - ]: 10 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["ale"], "tolerance",
[ + - ][ + - ]
964 : : ale_deck.get< tag::tolerance >(), 1e-2);
965 : : }
966 : :
967 : : // AMR block
968 : : // ---------------------------------------------------------------------------
969 : 189 : gideck.get< tag::amr, tag::amr >() = false;
970 : 189 : gideck.get< tag::amr, tag::maxlevels >() = 2; // this is needed for outref
971 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["amr"].valid()) {
[ + + ]
972 : 20 : auto& amr_deck = gideck.get< tag::amr >();
973 : 20 : amr_deck.get< tag::amr >() = true;
974 : :
975 : : // Initial refinement toggle
976 [ + - ][ + - ]: 20 : storeIfSpecd< bool >(lua_ideck["amr"], "t0ref", amr_deck.get< tag::t0ref >(),
[ + - ][ + - ]
977 : : false);
978 : :
979 : : // Mesh refinement during time-stepping toggle
980 [ + - ][ + - ]: 20 : storeIfSpecd< bool >(lua_ideck["amr"], "dtref", amr_deck.get< tag::dtref >(),
[ + - ][ + - ]
981 : : false);
982 : :
983 : : // Uniform mesh refinement during time-stepping toggle
984 [ + - ][ + - ]: 20 : storeIfSpecd< bool >(lua_ideck["amr"], "dtref_uniform",
[ + - ][ + - ]
985 : : amr_deck.get< tag::dtref_uniform >(), false);
986 : :
987 : : // Mesh refinement frequency during time-stepping toggle
988 [ + - ][ + - ]: 20 : storeIfSpecd< std::size_t >(lua_ideck["amr"], "dtfreq",
[ + - ][ + - ]
989 : : amr_deck.get< tag::dtfreq >(), 3);
990 : :
991 : : // Maximum AMR levels
992 [ + - ][ + - ]: 20 : storeIfSpecd< std::size_t >(lua_ideck["amr"], "maxlevels",
[ + - ][ + - ]
993 : : amr_deck.get< tag::maxlevels >(), 2);
994 : :
995 : : // Initial AMR steps
996 [ + - ][ + - ]: 20 : storeOptVecIfSpecd< inciter::ctr::AMRInitialType, inciter::ctr::AMRInitial >(
[ + - ][ + - ]
997 : : lua_ideck["amr"], "initial", amr_deck.get< tag::initial >(), {});
998 : :
999 : : // Initial AMR coordinate based
1000 [ + - ][ + - ]: 20 : if (lua_ideck["amr"]["coords"].valid()) {
[ + - ][ + + ]
1001 : 1 : auto rmax = std::numeric_limits< tk::real >::max() / 100;
1002 : :
1003 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["amr"]["coords"], "xminus",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
1004 : : amr_deck.get< tag::coords, tag::xminus >(), rmax);
1005 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["amr"]["coords"], "xplus",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
1006 : : amr_deck.get< tag::coords, tag::xplus >(), -rmax);
1007 : :
1008 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["amr"]["coords"], "yminus",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
1009 : : amr_deck.get< tag::coords, tag::yminus >(), rmax);
1010 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["amr"]["coords"], "yplus",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
1011 : : amr_deck.get< tag::coords, tag::yplus >(), -rmax);
1012 : :
1013 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["amr"]["coords"], "zminus",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
1014 : : amr_deck.get< tag::coords, tag::zminus >(), rmax);
1015 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["amr"]["coords"], "zplus",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
1016 : : amr_deck.get< tag::coords, tag::zplus >(), -rmax);
1017 : : }
1018 : :
1019 : : // Initial AMR edgelist based
1020 [ + - ][ + - ]: 20 : storeVecIfSpecd< std::size_t >(lua_ideck["amr"], "edgelist",
[ + - ][ + - ]
1021 : : amr_deck.get< tag::edgelist >(), {});
1022 [ - + ]: 20 : if (amr_deck.get< tag::edgelist >().size() % 2 != 0)
1023 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("The number of edge-nodes, marking edges as pairs of nodes, used "
[ - - ]
1024 : : "for explicit tagging of edges for initial mesh refineoment, is odd "
1025 : : "(it must be even).");
1026 : :
1027 : : // Error type for AMR
1028 [ + - ][ + - ]: 20 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::AMRErrorType, inciter::ctr::AMRError >(
[ + - ][ + - ]
1029 : : lua_ideck["amr"], "error", amr_deck.get< tag::error >(),
1030 : : inciter::ctr::AMRErrorType::JUMP);
1031 : :
1032 : : // Tolerances for refine/de-refine
1033 [ + - ][ + - ]: 20 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["amr"], "tol_refine",
[ + - ][ + - ]
1034 : : amr_deck.get< tag::tol_refine >(), 0.2);
1035 [ + - ][ + - ]: 20 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["amr"], "tol_derefine",
[ + - ][ + - ]
1036 : : amr_deck.get< tag::tol_derefine >(), 0.05);
1037 : : }
1038 : :
1039 : : // p-refinement block
1040 : : // ---------------------------------------------------------------------------
1041 : 189 : gideck.get< tag::pref, tag::pref >() = false;
1042 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["pref"].valid()) {
[ + + ]
1043 : 12 : auto& pref_deck = gideck.get< tag::pref >();
1044 : 12 : pref_deck.get< tag::pref >() = true;
1045 : :
1046 : : // p-ref indicator type
1047 : : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::PrefIndicatorType,
1048 [ + - ][ + - ]: 12 : inciter::ctr::PrefIndicator >(lua_ideck["pref"], "indicator",
[ + - ][ + - ]
1049 : : pref_deck.get< tag::indicator >(),
1050 : : inciter::ctr::PrefIndicatorType::SPECTRAL_DECAY);
1051 : :
1052 : : // p-ref max degrees-of-freedom per cell
1053 [ + - ][ + - ]: 12 : storeIfSpecd< std::size_t >(lua_ideck["pref"], "ndofmax",
[ + - ][ + - ]
1054 : : pref_deck.get< tag::ndofmax >(), 10);
1055 : :
1056 : : // p-ref tolerance
1057 [ + - ][ + - ]: 12 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["pref"], "tolref",
[ + - ][ + - ]
1058 : : pref_deck.get< tag::tolref >(), 0.5);
1059 : :
1060 : : // error checking on the tolerance
1061 [ + - ][ - + ]: 12 : if (pref_deck.get< tag::tolref >() < 0.0 || pref_deck.get< tag::tolref >() > 1.0)
[ - + ]
1062 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("The p-refinement tolerance must be a real number "
[ - - ]
1063 : : "between 0.0 and 1.0, both inclusive.");
1064 : : }
1065 : :
1066 : : // Boundary conditions block
1067 : : // ---------------------------------------------------------------------------
1068 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["bc"].valid()) {
[ + + ]
1069 : 278 : std::set< std::size_t > totalmesh;
1070 [ + - ][ + - ]: 278 : const sol::table& sol_bc = lua_ideck["bc"];
1071 : 139 : auto& bc_deck = gideck.get< tag::bc >();
1072 [ + - ][ + - ]: 139 : bc_deck.resize(sol_bc.size());
1073 : :
1074 [ + + ]: 280 : for (std::size_t i=0; i<bc_deck.size(); ++i) {
1075 : :
1076 [ + - ][ + - ]: 141 : checkBlock< inciter::ctr::bcList::Keys >(sol_bc[i+1], "bc");
[ + - ][ + - ]
1077 : :
1078 [ + - ][ + - ]: 282 : storeVecIfSpecd< std::size_t >(sol_bc[i+1], "mesh",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
1079 : 141 : bc_deck[i].get< tag::mesh >(), {1});
1080 : : // collect meshes for error checking
1081 [ + - ]: 141 : totalmesh.insert(bc_deck[i].get< tag::mesh >().begin(),
1082 : 141 : bc_deck[i].get< tag::mesh >().end());
1083 : :
1084 [ + - ][ + - ]: 282 : storeVecIfSpecd< uint64_t >(sol_bc[i+1], "dirichlet",
[ + - ][ + - ]
1085 : 141 : bc_deck[i].get< tag::dirichlet >(), {});
1086 : :
1087 [ + - ][ + - ]: 282 : storeVecIfSpecd< uint64_t >(sol_bc[i+1], "symmetry",
[ + - ][ + - ]
1088 : 141 : bc_deck[i].get< tag::symmetry >(), {});
1089 : :
1090 [ + - ][ + - ]: 282 : storeVecIfSpecd< uint64_t >(sol_bc[i+1], "inlet",
[ + - ][ + - ]
1091 : 141 : bc_deck[i].get< tag::inlet >(), {});
1092 : :
1093 [ + - ][ + - ]: 282 : storeVecIfSpecd< uint64_t >(sol_bc[i+1], "outlet",
[ + - ][ + - ]
1094 : 141 : bc_deck[i].get< tag::outlet >(), {});
1095 : :
1096 [ + - ][ + - ]: 282 : storeVecIfSpecd< uint64_t >(sol_bc[i+1], "farfield",
[ + - ][ + - ]
1097 : 141 : bc_deck[i].get< tag::farfield >(), {});
1098 : :
1099 [ + - ][ + - ]: 282 : storeVecIfSpecd< uint64_t >(sol_bc[i+1], "extrapolate",
[ + - ][ + - ]
1100 : 141 : bc_deck[i].get< tag::extrapolate >(), {});
1101 : :
1102 [ + - ][ + - ]: 282 : storeVecIfSpecd< uint64_t >(sol_bc[i+1], "noslipwall",
[ + - ][ + - ]
1103 : 141 : bc_deck[i].get< tag::noslipwall >(), {});
1104 : :
1105 : : // Time-dependent BC
1106 [ + - ][ + - ]: 141 : if (sol_bc[i+1]["timedep"].valid()) {
[ + - ][ + + ]
1107 [ + - ][ + - ]: 4 : const sol::table& sol_tdbc = sol_bc[i+1]["timedep"];
[ + - ]
1108 : 2 : auto& tdbc_deck = bc_deck[i].get< tag::timedep >();
1109 [ + - ][ + - ]: 2 : tdbc_deck.resize(sol_tdbc.size());
1110 : :
1111 [ + + ]: 4 : for (std::size_t j=0; j<tdbc_deck.size(); ++j) {
1112 [ + - ][ + - ]: 4 : storeVecIfSpecd< uint64_t >(sol_tdbc[j+1], "sideset",
[ + - ][ + - ]
1113 : 2 : tdbc_deck[j].get< tag::sideset >(), {});
1114 [ + - ][ + - ]: 4 : storeVecIfSpecd< tk::real >(sol_tdbc[j+1], "fn",
[ + - ][ + - ]
1115 : 2 : tdbc_deck[j].get< tag::fn >(), {});
1116 : :
1117 : : // error checking on user-def function
1118 [ - + ]: 2 : if (tdbc_deck[j].get< tag::fn >().size() % 6 != 0)
1119 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Incomplete user-defined function for time-dependent BC. An "
[ - - ]
1120 : : "R->R^5 function is expected, the number of descrete entries must "
1121 : : "be divisible by 6: one 'column' for the abscissa, and 5 for the "
1122 : : "ordinate.");
1123 : : }
1124 : : }
1125 : :
1126 : : // Stagnation point
1127 [ + - ][ + - ]: 282 : storeVecIfSpecd< tk::real >(sol_bc[i+1], "stag_point",
[ + - ][ + - ]
1128 : 141 : bc_deck[i].get< tag::stag_point >(), {});
1129 [ + + ][ - + ]: 142 : if (!bc_deck[i].get< tag::stag_point >().empty() &&
1130 [ - + ]: 1 : bc_deck[i].get< tag::stag_point >().size() % 3 != 0)
1131 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("BC stagnation point requires 3 coordinate values for each "
[ - - ]
1132 : : "point. Thus, this vector must be divisible by 3.");
1133 : :
1134 : : // Stagnation radius
1135 [ + - ][ + - ]: 141 : storeIfSpecd< tk::real >(sol_bc[i+1], "radius",
[ + - ][ + - ]
1136 : 141 : bc_deck[i].get< tag::radius >(), 0.0);
1137 : :
1138 : : // Velocity for inlet/farfield
1139 [ + - ][ + - ]: 282 : storeVecIfSpecd< tk::real >(sol_bc[i+1], "velocity",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
1140 : 141 : bc_deck[i].get< tag::velocity >(), {0.0, 0.0, 0.0});
1141 [ - + ]: 141 : if (bc_deck[i].get< tag::velocity >().size() != 3)
1142 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("BC velocity requires 3 components.");
[ - - ]
1143 : :
1144 : : // Pressure for inlet/outlet/farfield
1145 [ + - ][ + - ]: 141 : storeIfSpecd< tk::real >(sol_bc[i+1], "pressure",
[ + - ][ + - ]
1146 : 141 : bc_deck[i].get< tag::pressure >(), 0.0);
1147 : :
1148 : : // Density for inlet/outlet/farfield
1149 [ + - ][ + - ]: 141 : storeIfSpecd< tk::real >(sol_bc[i+1], "density",
[ + - ][ + - ]
1150 : 141 : bc_deck[i].get< tag::density >(), 0.0);
1151 : :
1152 : : // Temperature for inlet/outlet/farfield
1153 [ + - ][ + - ]: 141 : storeIfSpecd< tk::real >(sol_bc[i+1], "temperature",
[ + - ][ + - ]
1154 : 141 : bc_deck[i].get< tag::temperature >(), 0.0);
1155 : :
1156 : : // Mass fractions for inlet/farfield
1157 [ + - ][ + - ]: 141 : storeVecIfSpecd< tk::real >(sol_bc[i+1], "mass_fractions",
[ + - ][ + - ]
1158 : 141 : bc_deck[i].get< tag::mass_fractions >(),
1159 [ + - ]: 282 : std::vector< tk::real >(nspec, 1.0/static_cast<tk::real>(nspec)));
1160 [ - + ]: 141 : if (bc_deck[i].get< tag::mass_fractions >().size() != nspec)
1161 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("BC mass fraction has incorrect number of species. "
[ - - ][ - - ]
1162 : : "Expected " + std::to_string(nspec));
1163 : :
1164 : : // Material-id for inlet/outlet/farfield
1165 [ + - ][ + - ]: 141 : storeIfSpecd< std::size_t >(sol_bc[i+1], "materialid",
[ + - ][ + - ]
1166 : 141 : bc_deck[i].get< tag::materialid >(), 1);
1167 : : }
1168 : :
1169 : : // error checking on number of meshes
1170 [ - + ]: 139 : if (totalmesh.size() != gideck.get< tag::mesh >().size())
1171 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Total meshes (" + std::to_string(gideck.get< tag::mesh >().size()) +
[ - - ][ - - ]
[ - - ][ - - ]
[ - - ]
1172 : : ") not equal to the meshes on which BC's are specified (" +
1173 : : std::to_string(totalmesh.size()));
1174 : :
1175 : : // error checking on mesh ids
1176 : 139 : std::size_t ic(1);
1177 [ + + ]: 280 : for (const auto& im : totalmesh) {
1178 [ - + ][ - - ]: 141 : if (im != ic) Throw("Non-contiguous mesh ids in BC-mesh");
[ - - ][ - - ]
1179 : 141 : ++ic;
1180 : : }
1181 : : }
1182 [ + + ][ + - ]: 68 : else if (gideck.get< tag::scheme >() == inciter::ctr::SchemeType::ALECG ||
1183 [ + - ]: 18 : gideck.get< tag::scheme >() == inciter::ctr::SchemeType::OversetFE)
1184 [ + - ]: 50 : gideck.get< tag::bc >().resize(1);
1185 : : // error checking for unspecified BC's
1186 : : else
1187 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("No boundary conditions specified in input file.");
[ - - ]
1188 : :
1189 : : // Initial condition block
1190 : : // ---------------------------------------------------------------------------
1191 [ + - ][ + - ]: 189 : if (lua_ideck["ic"].valid()) {
[ + + ]
1192 : 11 : auto& ic_deck = gideck.get< tag::ic >();
1193 : :
1194 [ + - ][ + - ]: 11 : checkBlock< inciter::ctr::icList::Keys >(lua_ideck["ic"], "ic");
[ + - ][ + - ]
1195 : :
1196 : : // background IC values
1197 [ + - ][ + - ]: 11 : storeIfSpecd< std::size_t >(lua_ideck["ic"], "materialid",
[ + - ][ + - ]
1198 : : ic_deck.get< tag::materialid >(), 1);
1199 : :
1200 [ + - ][ + - ]: 11 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["ic"], "pressure",
[ + - ][ + - ]
1201 : : ic_deck.get< tag::pressure >(), 0.0);
1202 : :
1203 [ + - ][ + - ]: 11 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["ic"], "temperature",
[ + - ][ + - ]
1204 : : ic_deck.get< tag::temperature >(), 0.0);
1205 : :
1206 [ + - ][ + - ]: 11 : storeVecIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["ic"], "mass_fractions",
[ + - ][ + - ]
1207 : : ic_deck.get< tag::mass_fractions >(),
1208 [ + - ]: 22 : std::vector< tk::real >(nspec, 1.0/static_cast<tk::real>(nspec)));
1209 [ - + ]: 11 : if (ic_deck.get< tag::mass_fractions >().size() != nspec)
1210 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("IC mass fraction has incorrect number of species. "
[ - - ][ - - ]
1211 : : "Expected " + std::to_string(nspec));
1212 : :
1213 [ + - ][ + - ]: 11 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["ic"], "density",
[ + - ][ + - ]
1214 : : ic_deck.get< tag::density >(), 0.0);
1215 : :
1216 [ + - ][ + - ]: 11 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["ic"], "energy",
[ + - ][ + - ]
1217 : : ic_deck.get< tag::energy >(), 0.0);
1218 : :
1219 [ + - ][ + - ]: 11 : storeVecIfSpecd< tk::real >(lua_ideck["ic"], "velocity",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
1220 : : ic_deck.get< tag::velocity >(), {0.0, 0.0, 0.0});
1221 [ - + ]: 11 : if (ic_deck.get< tag::velocity >().size() != 3)
1222 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Velocity in IC requires 3 components.");
[ - - ]
1223 : :
1224 : : // IC box
1225 [ + - ][ + - ]: 11 : if (lua_ideck["ic"]["box"].valid()) {
[ + - ][ + + ]
1226 [ + - ][ + - ]: 6 : const sol::table& lua_box = lua_ideck["ic"]["box"];
[ + - ]
1227 : 3 : auto& box_deck = ic_deck.get< tag::box >();
1228 [ + - ][ + - ]: 3 : box_deck.resize(lua_box.size());
1229 : :
1230 [ + + ]: 7 : for (std::size_t i=0; i<box_deck.size(); ++i) {
1231 : :
1232 [ + - ][ + - ]: 4 : checkBlock< inciter::ctr::boxList::Keys >(lua_box[i+1], "box");
[ + - ][ + - ]
1233 : :
1234 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< std::size_t >(lua_box[i+1], "materialid",
[ + - ][ + - ]
1235 : 4 : box_deck[i].get< tag::materialid >(), 1);
1236 : :
1237 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "volume",
[ + - ][ + - ]
1238 : 4 : box_deck[i].get< tag::volume >(), 0.0);
1239 : :
1240 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "mass",
[ + - ][ + - ]
1241 : 4 : box_deck[i].get< tag::mass >(), 0.0);
1242 : :
1243 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "density",
[ + - ][ + - ]
1244 : 4 : box_deck[i].get< tag::density >(), 0.0);
1245 : :
1246 [ + - ][ + - ]: 8 : storeVecIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "velocity",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
1247 : 4 : box_deck[i].get< tag::velocity >(), {0.0, 0.0, 0.0});
1248 [ - + ]: 4 : if (box_deck[i].get< tag::velocity >().size() != 3)
1249 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Velocity in IC box requires 3 components.");
[ - - ]
1250 : :
1251 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "pressure",
[ + - ][ + - ]
1252 : 4 : box_deck[i].get< tag::pressure >(), 0.0);
1253 : :
1254 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "energy",
[ + - ][ + - ]
1255 : 4 : box_deck[i].get< tag::energy >(), 0.0);
1256 : :
1257 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "energy_content",
[ + - ][ + - ]
1258 : 4 : box_deck[i].get< tag::energy_content >(), 0.0);
1259 : :
1260 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "temperature",
[ + - ][ + - ]
1261 : 4 : box_deck[i].get< tag::temperature >(), 0.0);
1262 : :
1263 [ + - ][ + - ]: 4 : storeVecIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "mass_fractions",
[ + - ][ + - ]
1264 : 4 : box_deck[i].get< tag::mass_fractions >(),
1265 [ + - ]: 8 : std::vector< tk::real >(nspec, 1.0/static_cast<tk::real>(nspec)));
1266 [ - + ]: 4 : if (box_deck[i].get< tag::mass_fractions >().size() != nspec)
1267 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("IC box mass fraction has incorrect number of species. "
[ - - ][ - - ]
1268 : : "Expected " + std::to_string(nspec));
1269 : :
1270 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "xmin",
[ + - ][ + - ]
1271 : 4 : box_deck[i].get< tag::xmin >(), 0.0);
1272 : :
1273 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "xmax",
[ + - ][ + - ]
1274 : 4 : box_deck[i].get< tag::xmax >(), 0.0);
1275 : :
1276 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "ymin",
[ + - ][ + - ]
1277 : 4 : box_deck[i].get< tag::ymin >(), 0.0);
1278 : :
1279 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "ymax",
[ + - ][ + - ]
1280 : 4 : box_deck[i].get< tag::ymax >(), 0.0);
1281 : :
1282 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "zmin",
[ + - ][ + - ]
1283 : 4 : box_deck[i].get< tag::zmin >(), 0.0);
1284 : :
1285 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "zmax",
[ + - ][ + - ]
1286 : 4 : box_deck[i].get< tag::zmax >(), 0.0);
1287 : :
1288 [ + - ][ + - ]: 8 : storeVecIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "orientation",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
1289 : 4 : box_deck[i].get< tag::orientation >(), {0.0, 0.0, 0.0});
1290 [ - + ]: 4 : if (box_deck[i].get< tag::orientation >().size() != 3)
1291 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Orientation in IC box requires 3 rotation angles.");
[ - - ]
1292 : :
1293 [ + - ][ + - ]: 12 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::InitiateType, inciter::ctr::Initiate >(
[ + - ]
1294 [ + - ]: 12 : lua_box[i+1], "initiate", box_deck[i].get< tag::initiate >(),
1295 : : inciter::ctr::InitiateType::IMPULSE);
1296 : :
1297 [ + - ][ + - ]: 8 : storeVecIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "point",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
1298 : 4 : box_deck[i].get< tag::point >(), {0.0, 0.0, 0.0});
1299 [ - + ]: 4 : if (box_deck[i].get< tag::point >().size() != 3)
1300 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Point in IC box requires 3 coordinates.");
[ - - ]
1301 : :
1302 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "init_time",
[ + - ][ + - ]
1303 : 4 : box_deck[i].get< tag::init_time >(), 0.0);
1304 : :
1305 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "front_width",
[ + - ][ + - ]
1306 : 4 : box_deck[i].get< tag::front_width >(), 0.0);
1307 : :
1308 [ + - ][ + - ]: 4 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_box[i+1], "front_speed",
[ + - ][ + - ]
1309 : 4 : box_deck[i].get< tag::front_speed >(), 0.0);
1310 : : }
1311 : : }
1312 : :
1313 : : // IC mesh-block
1314 [ + - ][ + - ]: 11 : if (lua_ideck["ic"]["meshblock"].valid()) {
[ + - ][ + + ]
1315 [ + - ][ + - ]: 2 : const sol::table& lua_meshblock = lua_ideck["ic"]["meshblock"];
[ + - ]
1316 : 1 : auto& mblk_deck = ic_deck.get< tag::meshblock >();
1317 [ + - ][ + - ]: 1 : mblk_deck.resize(lua_meshblock.size());
1318 : :
1319 [ + + ]: 2 : for (std::size_t i=0; i<mblk_deck.size(); ++i) {
1320 : :
1321 [ + - ][ + - ]: 1 : checkBlock< inciter::ctr::meshblockList::Keys >(lua_meshblock[i+1],
[ + - ][ + - ]
1322 : : "meshblock");
1323 : :
1324 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< std::size_t >(lua_meshblock[i+1], "blockid",
[ + - ][ + - ]
1325 : 1 : mblk_deck[i].get< tag::blockid >(), 0);
1326 [ - + ]: 1 : if (mblk_deck[i].get< tag::blockid >() == 0)
1327 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Each IC mesh block must specify the mesh block id.");
[ - - ]
1328 : :
1329 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< std::size_t >(lua_meshblock[i+1], "materialid",
[ + - ][ + - ]
1330 : 1 : mblk_deck[i].get< tag::materialid >(), 1);
1331 : :
1332 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_meshblock[i+1], "energy_content",
[ + - ][ + - ]
1333 : 1 : mblk_deck[i].get< tag::energy_content >(), 0.0);
1334 : :
1335 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_meshblock[i+1], "volume",
[ + - ][ + - ]
1336 : 1 : mblk_deck[i].get< tag::volume >(), 0.0);
1337 [ + - ][ - + ]: 2 : if (mblk_deck[i].get< tag::energy_content >() > 0.0 &&
1338 [ - + ]: 1 : mblk_deck[i].get< tag::volume >() < 1e-12)
1339 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Mesh block volume must be specified, if energy content is "
[ - - ]
1340 : : "used to initialize block");
1341 : :
1342 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_meshblock[i+1], "mass",
[ + - ][ + - ]
1343 : 1 : mblk_deck[i].get< tag::mass >(), 0.0);
1344 : :
1345 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_meshblock[i+1], "density",
[ + - ][ + - ]
1346 : 1 : mblk_deck[i].get< tag::density >(), 0.0);
1347 : :
1348 [ + - ][ + - ]: 2 : storeVecIfSpecd< tk::real >(lua_meshblock[i+1], "velocity",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
1349 : 1 : mblk_deck[i].get< tag::velocity >(), {0.0, 0.0, 0.0});
1350 [ - + ]: 1 : if (mblk_deck[i].get< tag::velocity >().size() != 3)
1351 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Velocity in IC meshblock requires 3 components.");
[ - - ]
1352 : :
1353 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_meshblock[i+1], "pressure",
[ + - ][ + - ]
1354 : 1 : mblk_deck[i].get< tag::pressure >(), 0.0);
1355 : :
1356 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_meshblock[i+1], "energy",
[ + - ][ + - ]
1357 : 1 : mblk_deck[i].get< tag::energy >(), 0.0);
1358 : :
1359 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_meshblock[i+1], "temperature",
[ + - ][ + - ]
1360 : 1 : mblk_deck[i].get< tag::temperature >(), 0.0);
1361 : :
1362 [ + - ][ + - ]: 1 : storeVecIfSpecd< tk::real >(lua_meshblock[i+1], "mass_fractions",
[ + - ][ + - ]
1363 : 1 : mblk_deck[i].get< tag::mass_fractions >(),
1364 [ + - ]: 2 : std::vector< tk::real >(nspec, 1.0/static_cast<tk::real>(nspec)));
1365 [ - + ]: 1 : if (mblk_deck[i].get< tag::mass_fractions >().size() != nspec)
1366 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("IC meshblock mass fraction has incorrect number of species. "
[ - - ][ - - ]
1367 : : "Expected " + std::to_string(nspec));
1368 : :
1369 [ + - ][ + - ]: 3 : storeOptIfSpecd< inciter::ctr::InitiateType, inciter::ctr::Initiate >(
[ + - ]
1370 [ + - ]: 3 : lua_meshblock[i+1], "initiate", mblk_deck[i].get< tag::initiate >(),
1371 : : inciter::ctr::InitiateType::IMPULSE);
1372 : :
1373 [ + - ][ + - ]: 2 : storeVecIfSpecd< tk::real >(lua_meshblock[i+1], "point",
[ + - ][ + - ]
[ + - ]
1374 : 1 : mblk_deck[i].get< tag::point >(), {0.0, 0.0, 0.0});
1375 [ - + ]: 1 : if (mblk_deck[i].get< tag::point >().size() != 3)
1376 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Point in IC meshblock requires 3 coordinates.");
[ - - ]
1377 : :
1378 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_meshblock[i+1], "init_time",
[ + - ][ + - ]
1379 : 1 : mblk_deck[i].get< tag::init_time >(), 0.0);
1380 : :
1381 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_meshblock[i+1], "front_width",
[ + - ][ + - ]
1382 : 1 : mblk_deck[i].get< tag::front_width >(), 0.0);
1383 : :
1384 [ + - ][ + - ]: 1 : storeIfSpecd< tk::real >(lua_meshblock[i+1], "front_speed",
[ + - ][ + - ]
1385 : 1 : mblk_deck[i].get< tag::front_speed >(), 0.0);
1386 : : }
1387 : : }
1388 : : }
1389 : : else {
1390 : : // TODO: remove double-specification of defaults
1391 : 178 : auto& ic_deck = gideck.get< tag::ic >();
1392 : 178 : ic_deck.get< tag::materialid >() = 1;
1393 : 178 : ic_deck.get< tag::pressure >() = 0.0;
1394 : 178 : ic_deck.get< tag::temperature >() = 1.0;
1395 : 178 : ic_deck.get< tag::density >() = 0.0;
1396 : 178 : ic_deck.get< tag::energy >() = 0.0;
1397 [ + - ]: 178 : ic_deck.get< tag::velocity >() = {0.0, 0.0, 0.0};
1398 : 178 : ic_deck.get< tag::mass_fractions >() =
1399 [ + - ]: 356 : std::vector< tk::real >(nspec, 1.0/static_cast<tk::real>(nspec));
1400 : : }
1401 : 189 : }
1402 : :
1403 : : void
1404 : 388 : LuaParser::checkStoreMatProp(
1405 : : const sol::table table,
1406 : : const std::string key,
1407 : : std::size_t vecsize,
1408 : : std::vector< tk::real >& storage )
1409 : : // *****************************************************************************
1410 : : // Check and store material property into inpudeck storage
1411 : : //! \param[in] table Sol-table which contains said property
1412 : : //! \param[in] key Key for said property in Sol-table
1413 : : //! \param[in] vecsize Number of said property in Sol-table (based on number of
1414 : : //! materials that are of the same eos type
1415 : : //! \param[in,out] storage Storage space in inputdeck where said property is
1416 : : //! to be stored
1417 : : // *****************************************************************************
1418 : : {
1419 : : // check validity of table
1420 [ + - ][ - + ]: 388 : if (!table[key].valid())
1421 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Material property '" + key + "' not specified");
[ - - ][ - - ]
1422 [ + - ][ + - ]: 388 : if (sol::table(table[key]).size() != vecsize)
[ - + ]
1423 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("Incorrect number of '" + key + "'s specified. Expected " +
[ - - ][ - - ]
[ - - ][ - - ]
1424 : : std::to_string(vecsize));
1425 : :
1426 : : // store values from table to inputdeck
1427 [ + - ][ + - ]: 388 : storeVecIfSpecd< tk::real >(table, key, storage,
1428 [ + - ]: 776 : std::vector< tk::real >(vecsize, 0.0));
1429 : 388 : }
1430 : :
1431 : : void
1432 : 608 : LuaParser::addOutVar(
1433 : : const std::string& varname,
1434 : : const std::string& alias,
1435 : : std::vector< char >& depv,
1436 : : std::size_t nmat,
1437 : : std::size_t nspec,
1438 : : inciter::ctr::PDEType pde,
1439 : : tk::Centering c,
1440 : : std::vector< inciter::ctr::OutVar >& foutvar )
1441 : : // *****************************************************************************
1442 : : // Check and store field output variables
1443 : : //! \param[in] varname Name of variable requested
1444 : : //! \param[in] alias User specified alias for output
1445 : : //! \param[in] depv List of depvars
1446 : : //! \param[in] nmat Number of materials configured
1447 : : //! \param[in] nspec Number of species configured
1448 : : //! \param[in] pde Type of PDE configured
1449 : : //! \param[in] c Variable centering requested
1450 : : //! \param[in,out] foutvar Input deck storage where output vars are stored
1451 : : // *****************************************************************************
1452 : : {
1453 : : // index-based quantity specification
1454 : : // ----------------------------------
1455 [ + + ]: 608 : if (varname.length() == 2) {
1456 : 75 : auto qty = varname.at(0);
1457 [ + - ][ + - ]: 75 : auto j = std::stoul(std::string{varname.at(1)}) - 1;
1458 : :
1459 [ + + ]: 75 : if (pde == inciter::ctr::PDEType::MULTIMAT) {
1460 : : // multimat/matvar quantities
1461 [ - + ]: 28 : if (qty == 'D') { // density
1462 : : foutvar.emplace_back(
1463 [ - - ][ - - ]: 0 : inciter::ctr::OutVar(c, varname, alias, inciter::densityIdx(nmat,j)) );
[ - - ]
1464 : : }
1465 [ + - ]: 28 : else if (qty == 'F') { // volume fraction
1466 : : foutvar.emplace_back(
1467 [ + - ][ + - ]: 28 : inciter::ctr::OutVar(c, varname, alias, inciter::volfracIdx(nmat,j)) );
[ + - ]
1468 : : }
1469 [ - - ]: 0 : else if (qty == 'M') { // momentum
1470 : : foutvar.emplace_back(
1471 [ - - ][ - - ]: 0 : inciter::ctr::OutVar(c, varname, alias, inciter::momentumIdx(nmat,j)) );
[ - - ]
1472 : : }
1473 [ - - ]: 0 : else if (qty == 'E') { // specific total energy
1474 : : foutvar.emplace_back(
1475 [ - - ][ - - ]: 0 : inciter::ctr::OutVar(c, varname, alias, inciter::energyIdx(nmat,j)) );
[ - - ]
1476 : : }
1477 [ - - ]: 0 : else if (qty == 'U') { // velocity (primitive)
1478 : : foutvar.emplace_back(
1479 [ - - ][ - - ]: 0 : inciter::ctr::OutVar(c, varname, alias, inciter::velocityIdx(nmat,j)) );
[ - - ]
1480 : : }
1481 [ - - ]: 0 : else if (qty == 'P') { // material pressure (primitive)
1482 : : foutvar.emplace_back(
1483 [ - - ][ - - ]: 0 : inciter::ctr::OutVar(c, varname, alias, inciter::pressureIdx(nmat,j)) );
[ - - ]
1484 : : }
1485 : : else {
1486 : : // error out if incorrect matvar used
1487 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("field_output: matvar " + varname + " not found");
[ - - ][ - - ]
1488 : : }
1489 : : }
1490 [ - + ]: 47 : else if (pde == inciter::ctr::PDEType::MULTISPECIES) {
1491 : : // multispecies/matvar quantities
1492 [ - - ]: 0 : if (qty == 'D') { // density
1493 : : foutvar.emplace_back(
1494 [ - - ][ - - ]: 0 : inciter::ctr::OutVar(c, varname, alias,
1495 [ - - ]: 0 : inciter::multispecies::densityIdx(nspec,j)) );
1496 : : }
1497 [ - - ]: 0 : else if (qty == 'M') { // momentum
1498 : : foutvar.emplace_back(
1499 [ - - ][ - - ]: 0 : inciter::ctr::OutVar(c, varname, alias,
1500 [ - - ]: 0 : inciter::multispecies::momentumIdx(nspec,j)) );
1501 : : }
1502 [ - - ]: 0 : else if (qty == 'E') { // specific total energy
1503 : : foutvar.emplace_back(
1504 [ - - ][ - - ]: 0 : inciter::ctr::OutVar(c, varname, alias,
1505 [ - - ]: 0 : inciter::multispecies::energyIdx(nspec,j)) );
1506 : : }
1507 : : else {
1508 : : // error out if incorrect matvar used
1509 [ - - ][ - - ]: 0 : Throw("field_output: matvar " + varname + " not found");
[ - - ][ - - ]
1510 : : }
1511 : : }
1512 : : else {
1513 : : // quantities specified by depvar
1514 [ + + ]: 114 : for (const auto& id : depv)
1515 [ + + ]: 67 : if (std::tolower(qty) == id) {
1516 [ + - ][ + - ]: 47 : foutvar.emplace_back( inciter::ctr::OutVar(c, varname, alias, j) );
[ + - ]
1517 : : }
1518 : : }
1519 : : }
1520 : : // analytic quantity specification
1521 : : // -------------------------------
1522 [ + + ]: 533 : else if (varname.find("analytic") != std::string::npos) {
1523 [ + - ][ + - ]: 58 : foutvar.emplace_back( inciter::ctr::OutVar(c, varname, alias, 0) );
[ + - ]
1524 : : }
1525 : : // name-based tensor quantity specification
1526 : : // ----------------------------------------
1527 [ - + ]: 475 : else if (varname.find("_tensor") != std::string::npos) {
1528 [ - - ]: 0 : std::string namet(varname);
1529 : : // remove the "_tensor" from the varname
1530 [ - - ]: 0 : for (std::size_t i=0; i<7; ++i) namet.pop_back();
1531 : :
1532 [ - - ]: 0 : for (std::size_t i=1; i<=3; ++i) {
1533 [ - - ]: 0 : for (std::size_t j=1; j<=3; ++j) {
1534 [ - - ][ - - ]: 0 : std::string tij(namet + std::to_string(i) + std::to_string(j));
[ - - ][ - - ]
1535 [ - - ][ - - ]: 0 : foutvar.emplace_back( inciter::ctr::OutVar(c, tij, alias, 0, tij) );
1536 : : }
1537 : : }
1538 : : }
1539 : : // name-based quantity specification
1540 : : // ---------------------------------
1541 : : else {
1542 [ + - ]: 475 : foutvar.emplace_back( inciter::ctr::OutVar(c, varname, alias, 0, varname) );
1543 : : }
1544 : 608 : }
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